Don en zijn team zijn erop uit om de voormalige radicale Benjamin Polk te beschermen tegen een vastberaden sluipschutter die hem dood wil, en die de FBI leidt in een kat-en-muisachtervolging terwijl hij zijn prooi nadert.

Wanneer twee FBI-agenten, onderdeel van een eenheid onder leiding van Dons voormalige mentor, worden gedood tijdens een vuurgevecht met bankovervallers, moet het team onderzoeken wat er precies is gebeurd. Ook maken Charlie en Amita zich zorgen als Larry ervoor kiest om een conferentie in Genève niet bij te wonen.

Don en zijn team worden ingeschakeld om te onderzoeken wie er achter een dodelijke gokring zit die een Russisch roulettetoernooi met hoge inzetten organiseert. Don en Charlie maken zich ook zorgen over Alans financiële gezondheid.

Het team probeert de dochter van een geneticus te vinden die volgens hen is ontvoerd door de onstabiele moeder. Ze maken zich echter zorgen over de zaak wanneer ze bewijs vinden dat suggereert dat het jonge meisje een kloon was. Ondertussen bespreken Charlie en Amita het hebben van kinderen en Liz onthult een duister geheim.

Het team onderzoekt een ontmantelde luchtmachtbasis nadat daar een vrouw dood is gevonden, maar hun onderzoek wordt onderbroken door paranormale gebeurtenissen.

Een sluwe computerhacker snijdt de grond van onder een undercoveroperatie om een cybercrimineel op te pakken. Zijn acties leiden tot een territoriumoorlog die zijn leven in gevaar brengt.

Terwijl hij een misdadiger opspoort die een heroïnebende in een gevangenis runt, wordt agent Ian Edgerton een moordverdachte wanneer de informant die hij ontmoet dood wordt, en een wanhopige Edgerton over de rand stuurt wanneer hij een lid van Don's team gijzelt.

Charlie en Don roepen met tegenzin de hulp in van de gevangengenomen oplichter John Buckley om hen te helpen een boef te vangen die Buckley's M.O. om de diamantbeurs te beroven.

Wanneer het team een overval op een gepantserde auto vol geld van de Federal Reserve verijdelt en rekeningen terugkrijgt die terug te voeren zijn op de beruchte D.B. Cooper overval, ze roepen agent Roger Bloom in, die aan de Cooper-zaak werkte, voor hulp bij het onderzoek. Henry Winkler keert terug als voormalig FBI-agent Roger Bloom en Michael Hogan, de oom van de gedode chauffeur van een gepantserde auto en een hoofdrolspeler in het onderzoek.

Charlie ontmoet zijn wiskundige equivalent wanneer loterijagent Jane helpt bij het onderzoek naar een complexe zwendel waarbij onverkochte loten worden gestolen.

De bende gebruikt hun wiskunde, en een onwillige wapenhandelaar genaamd Randall P., om een ontbrekende lading nieuwe, dodelijke maar defecte aanvalswapens op te sporen die verborgen zijn tussen de duizenden containers in een van de drukste havens van LA.

Het Numbers-team volgt een seriemoordenaar die het op Johns heeft.

Het Numbers-team jaagt op een bende criminelen die het op een onwaarschijnlijke plaats van het misdrijf heeft gemunt: een op televisie uitgezonden entertainmentprijsuitreiking.

Het team onderzoekt de dood van twee mannen die deel uitmaakten van een groep vrienden die als jonge jongens seksueel waren misbruikt door een leraar. Ook krijgen Charlie en Amita een fantastische baan die hun trouwplannen in de war kan brengen.

Nadat Charlie en Amita zijn getrouwd en zijn begonnen met de voorbereidingen voor hun avontuur in Londen, zetten ze hun huwelijksgeluk een beetje in bedwang wanneer ze het team helpen Don te helpen de verblijfplaats van zijn wapen op te sporen nadat het vermist is geraakt.