Na de gebeurtenissen van 'The Janus List' ontsnapt Colby uit hechtenis. Don en het team gaan achter hem aan, maar misschien is niet alles wat het lijkt.

Wanneer een auto een drukke coffeeshop aanrijdt, ontdekt het team dat de fatale handeling misschien geen ongeluk was.

Don, Charlie en het team proberen een seriemoordenaar te stoppen die schijnbaar geobsedeerd is door mensen die op bijbelse figuren lijken.

Overvallen, de held van het verhalenboek zou trots zijn geweest om Don en Charlie plaag te claimen terwijl ze proberen een weldoende dief te vangen die zijn buit aan een goed doel schenkt.

Don voelt zich verantwoordelijk voor een verloren leven. Het slachtoffer zat in het getuigenbeschermingsprogramma, maar zij was niet de enige die geheimen bewaarde... wat verbergt Don?

Wanneer een man dood wordt gevonden, betreedt het team de wereld van alternatieve realiteitsgames. Hun onderzoek leidt echter tot gevaar voor een geliefde.

Wanneer een rijke erfgename wordt ontvoerd, racen Don en het team tegen de klok in de hoop haar te vinden. De beweegredenen achter haar verdwijning zijn echter niet wat ze lijken.

Het team onderzoekt de diefstal van een grafisch stripboek.

Don en het team hebben weinig verhaal wanneer een voormalige FBI-onderaannemer een teamlid gijzelt.

Charlies leven komt in gevaar als Don hem betrekt in de zaak van een vermiste verslaggever.

Een slechte zaak wordt erger wanneer Don en het team een politieagent moeten achtervolgen die vermoedelijk onuitsprekelijke misdaden heeft gepleegd.

Don en het team breken een methlab af, maar wanneer Don het gevoel heeft dat de organisatie meer is dan alleen de buitenkant, wordt zijn intuïtie op de proef gesteld.

Don komt Robin Brooks tegen tijdens een onderzoek naar informanten en een schaakmeester.

Don en zijn team jagen op een ex-marinier die wordt gezocht voor moord. Dingen worden echter verwarrend wanneer de familie van de marinier wordt ontvoerd. Zit er meer achter deze zaak dan op het eerste gezicht lijkt?

Don en het team moeten een religieuze sekte onderzoeken nadat tientallen volgelingen zijn vergiftigd.

Wanneer een muzikant wordt vermoord, moeten Don en zijn team racen om de daders te vinden. Ze hebben Charlie's hulp nodig, maar hij heeft het druk met Amita's ouders die op bezoek komen.

In de seizoensfinale werken Don en Charlie samen aan een zaak die er uiteindelijk toe leidt dat ze het tegen elkaar opnemen over hun persoonlijke overtuigingen, en een teamlid zal voor altijd weglopen.