In the season finale, Don and Charlie work together on a case that ends up with them going head to head about their personal beliefs, and one team member will walk away forever.

El equipo de Eppes investiga el secuestro de varios hombres. Los sujetos tenían en común su pertenecía al Fondo Internacional de Pakistán (FIP), una organización no gubernamental que financia diferentes proyectos en Pakistán y Bangladesh. Los policías piensan que se trata de una célula de la Yihad. Charlie está muy afectado con el caso, ya que uno de los presuntos miembros es investigador y amigo suyo. Por otro lado, la agente Megan lleva un tiempo dudando si seguir con su brillante carrera en el FBI o dar a su vida un giro y terminar su doctorado.

Due giovani pakistani vengono rapiti e trovati morti. Essi fanno parte di un'organizzazione (FIP) che raccoglie fondi per aiutare lo sviluppo dell'agricoltura in Pakistan e in Bangladesh. La FIP è però sospettata di finanziare con il denaro ricevuto delle organizzazioni terroristiche. Un collega di Charlie, bioingegnere pakistano, viene quindi arrestato per aver inviato una ricerca secretata riguardo alla modifica dei geni delle piante per renderle più resistenti alla siccità e agli insetti; tale gesto viene però interpretato come un tentativo di inviare del materiale utile a fabbricare degli agenti patogeni. Si scopre che i due giovani assassinati avevano un legame con un'altra persona all'interno dell'organizzazione. Allora si presume che il denaro possa essere stato speso per l'acquisto di armi, ed indagando si scopre che un membro dell'organizzazione è un trafficante d'armi irlandese. Perde sempre più consistenza, allora, l'ipotesi iniziale che una cellula terroristica stesse preparando degli attentati contro edifici scolastici. Il sequestro e l'omicidio dei due giovani non viene più interpretato come il segnale di un attacco imminente da parte di una cellula terroristica che li ha uccisi per evitare fughe di notizie riguardo all'attentato, ma sono state delle azioni svolte a fugare definitivamente i sospetti che i due morti avevano avuto riguardo ai commerci dell'organizzazione dopo l'ingresso in essa del nuovo membro, (il trafficante d'armi). Alla fine Charlie stesso invia in Pakistan la restante parte della ricerca del suo amico, consegnandosi poi all'FBI.

In de seizoensfinale werken Don en Charlie samen aan een zaak die er uiteindelijk toe leidt dat ze het tegen elkaar opnemen over hun persoonlijke overtuigingen, en een teamlid zal voor altijd weglopen.

Don et Charlie planchent sur un cas délicat de terrorisme où ils confrontent ardemment leurs opinions. Deux enlèvements par un groupe armé ont conduit le FBI jusqu'à une organisation humanitaire pakistanaise. Puis, un scientifique et ami de Charlie est arrêté ; ce qui met ce dernier en porte-à-faux avec le FBI et lui pose un cas de conscience professionnelle lorsque ses théories prouvent l'innocence de ce suspect. Dans cette ambiance particulièrement tendue, un membre de l'équipe de Don envisage de quitter le FBI...

Charlie éppen az egyik egyetemi professzor barátjával beszélget, amikor megérkeznek az FBI-os kollégái, és letartóztatják a pakisztáni származású Sanjrani-t. Charlie szóhoz sem jut a döbbenettől, amikor Colby közli vele, hogy azt gyanítják, hogy a professzor egy terrorista sejt tagja. A szervezet fegyveresei ugyanis elraboltak két embert, de az elhárító részleg szerint ez csak félrevezetés, mert a sejt valószínűleg sokkal nagyobb akcióra készül.

Zwei Mitglieder des Pakistan International Fund (PIF) werden ermordet – das FBI vermutet, dass eine islamistische Terrororganisation dafür verantwortlich ist. Es stellt sich heraus, dass ein gewisser Shane O’Hanahan, ein ehemaliger Waffenschmuggler der IRA, die PIF unterwandert hat. Charlie befindet sich in einem Zwiespalt, weil ein Kollege von ihm mit dem Fall in Zusammenhang gebracht wird. Auch Megan hat zu kämpfen: Sie steckt in einer persönlichen Krise und verlässt das Team.