Après le retentissement de la liste de Janus au sein du FBI, Don doute des confessions de Colby, interpellé comme agent double et emprisonné avec son complice Dwayne pour crime de haute trahison envers les états-Unis. Durant leur transfert de prison, un commando les libère. Don se lance à leurs trousses, persuadé de leur innocence et de l'implication d'un agent haut placé du FBI

Un jeune acteur se trouve mêlé avec sa bande d'amis à un homicide qui a eu lieu dans la baignoire de sa somptueuse villa d'Hollywood. La victime était une hôtesse qui profitait d'un trafic de vidéos extorquant les stars montantes du cinéma. En parallèle, le retour de Colby au bureau ne fait pas l'unanimité...

L'équipe de Don est dépêchée sur le lieu d'un crash de voiture dans la vitrine d'une cafétéria où l'accident a fait un mort. Le FBI enquête alors dans le milieu du tuning et des courses de voitures sauvages à Los Angeles. D'après les premières conclusions, il se pourrait que cet accident n'en soit pas un. Durant l'investigation, le FBI propose à Colby, réhabilité avec les honneurs, d'intégrer le siège à Washington

En plus des compétences de Charlie, le FBI fait appel à une numérologue pour traquer un serial killer. Celui-ci sélectionnerait ses victimes en fonction des ressemblances avec les apôtres bibliques pour réaliser son propre chemin de croix. Pour les besoins de l'enquête, David sollicite l'aide de Colby. En dehors de cela, Charlie est fier d'éditer son premier livre mêlant mathématiques et amitié

Aux vues des victimes élues par un voleur professionnel et des risques encourus pour les détrousser, le FBI recherche un véritable Robin des bois - qui restitue les butins à ses heureux propriétaires ou offre les récompenses à des oeuvres de charité. Pendant ce temps, Charlie se soucie de voir Amita préoccupée à l'idée de le présenter à ses parents, hindous et traditionalistes...

Au retour d'une soirée passée en compagnie de Don, Léa, témoin bénéficiant d'un programme de protection, est abattue chez elle sous les yeux de son fils. Contraint de collaborer avec le Marshall Yaegger puis avec les Stups, l'équipe du FBI découvre avec stupéfaction que l'assassin de Léa, criminel et trafiquant notoire, est aussi sous protection...

Le meurtre d'un assistant du procureur du Kansas en Californie propulse Don et son équipe dans l'univers d'un jeu de réalité alternative auquel s'adonnent des milliers d'internautes. Joueuse expérimentée, Amita accepte d'aider le FBI en servant d'appât pour arrêter les tricheurs désireux de remporter la mise fixée à plus de cinq millions de dollars. Charlie, accaparé par la sortie de son livre, est inquiet de la voir s'exposer à un tel danger...

Un groupuscule anti-libéral et anti-capitaliste, revendique l'enlèvement de la jeune, belle et sulfureuse héritière de l'empire Pierce. Pour négocier sa libération, l'équipe de Don est secondée par un spécialiste du kidnapping, Jeff Upchurch. Si les revendications des terroristes sont claires et visent le magna Pierce, celles de sa fille, qui prend ensuite part aux opérations et aux violences de ses ravisseurs, le sont moins

Sur un salon dédié à la bande-dessinée, un collectionneur se fait dérober le premier numéro d'un titre très prisé et attendu par les fans, qu'il comptait vendre aux enchères à prix d'or. Ravi d'aider le FBI à retrouver le coupable et son faussaire, Charlie doit aussi composer avec un journaliste venu interviewer sa famille et ses proches pour dresser son portrait d'auteur surdoué et altruiste

Un matin, un des meilleurs agents de surveillance du FBI devenu paranoïaque, pénètre armé dans le bâtiment fédéral, tire sur un employé et se réfugie dans l'ascenseur où il prend David en otage. Pour sortir son agent de cette situation, Don s'en remet à la théorie de la chambre chinoise de Charlie ; mais, il est aussi tenté d'ordonner l'assaut aux troupes d'élite de Tim King. Pendant ce temps escompté, Megan enquête sur les raisons de cet acte désespéré avec Liz, sur le départ pour intégrer les Stups

Suite à un dépôt de plainte pour viol accusant un officier de police, le FBI enquête et découvre que nombre de forfaits similaires ont été commis dans la région depuis plusieurs années et classés sans suite. Megan est particulièrement troublée par cette affaire que la collaboratrice de la police de Los Angeles gère avec fermeté

En donnant l'assaut dans un laboratoire clandestin, l'équipe de Don contrôle par hasard un individu en possession de suffisamment de matériel et d'armes à feu pour fomenter un attentat. Après enquête, le FBI relie l'inconnu à un groupuscule antiétatique particulièrement actif. Don doit alors monter une opération pour stopper les poseurs de bombes, sans aucune preuve ni aucune autorisation...

à l'approche du procès d'un chef de gang de Los Angeles, deux témoins à charge sont exécutés et le dernier est en cavale. Pour le retrouver, le FBI travaille en relation avec le bureau du procureur représenté par Robin, une ex petite-amie de Don. Puis, l'équipe découvre que le criminel a commandité les meurtres depuis de sa cellule au cours de parties d'échecs avec un adolescent. Pendant qu'Amita et Larry décodent le langage du jeu, Charlie effectue un stage de maniement des armes à feu...

Le FBI enquête sur l'enlèvement de la famille d'un marin. En vérifiant la situation de ce dernier, tout indique qu'il s'est mis en infraction suite à ce kidnapping. L'équipe de Don se met alors en quête de la famille Porter en espérant trouver par la même occasion le marin en cavale, également à la recherche des siens. Pour traiter ce dossier, Don collabore avec les services de Robin et de Liz...

Le FBI s'intéresse de près à une secte religieuse après que de nombreux fidèles ont été empoisonnés...

Lorsqu'une star du rap est assassinée et les membres d'une maison de production éliminés, le FBI soupçonne une rivalité entre leaders de groupes. Sur cette affaire, Don a besoin de l'aide précieuse de son frère pour décoder un programme d'analyse musicale. Mais, l'esprit de Charlie est accaparé par une tout autre affaire : rencontrer les parents d'Amita, venus spécialement de New Delhi voir leur fille et rencontrer son futur époux...

Don et Charlie planchent sur un cas délicat de terrorisme où ils confrontent ardemment leurs opinions. Deux enlèvements par un groupe armé ont conduit le FBI jusqu'à une organisation humanitaire pakistanaise. Puis, un scientifique et ami de Charlie est arrêté ; ce qui met ce dernier en porte-à-faux avec le FBI et lui pose un cas de conscience professionnelle lorsque ses théories prouvent l'innocence de ce suspect. Dans cette ambiance particulièrement tendue, un membre de l'équipe de Don envisage de quitter le FBI...