Colby Granger und Dwayne Carter können aus der Haft fliehen. Als sich Colby auf Charlies Handy meldet, erklärt er ihm, dass er nur vorgegeben habe, für die Chinesen zu spionieren, um über Dwayne an dessen Verbindungsmann im Justizministerium heranzukommen und so das Leck dort zu finden. Sein angeblicher Führungsoffizier war ein gewisser Kirkland. Der wird jedoch tot aufgefunden und weist deutliche Folterspuren auf. Charlie erstellt daraufhin eine Vertrauensmetrik über Colby.

Dem FBI wird ein Videoband zugespielt, auf dem ein unbekannter Kameramann im Haus des Schauspielers Brett Chandler eine Leiche in der Badewanne findet. Da sich das Gesicht der Frau teilweise unter Wasser befindet, entwirft Charlie ein Programm, um das Bild ihres Gesichtes zu entzerren. Der Computer spuckt zu dem Foto einen Namen aus: Andrea Barton. Es stellt sich jedoch heraus, dass die Frau quicklebendig ist und für den Escort-Service von Leslie Dennis arbeitet.

Ein Auto rast in ein voll besetztes Straßencafé, ein Mensch stirbt. Don und sein Team erkennen schnell, dass dieser Zwischenfall kein herkömmlicher Unfall ist, es stellt sich heraus, dass vor dem Café des Öfteren illegale Straßenrennen stattfinden. Kyle Clippard, den Don anfänglich für den Fahrer hält, wurde ohnmächtig ins Krankenhaus eingeliefert, wo man bei ihm eine für einen Autounfall seltsame Verletzung findet: Er hatte einen Fußtritt gegen den Kopf abbekommen.

Don und sein Team sind mit einem Mörder konfrontiert, der offenbar einem religiösen Wahn verfallen ist. Seine Opfer lässt er auf die gleiche Weise sterben wie die Apostel Christi. Zunächst nimmt das FBI den Ex-Marine Clay Porter als Verdächtigen fest, ihm wird vorgeworfen, im Irak Kriegsgefangene gefoltert zu haben, aber nach Porters Verhaftung geht die Mordserie weiter. Charlie kommt mit seinen Berechnungen nicht mehr weiter und zieht eine Expertin für Numerologie zu Rate.

Bei einem Einbruch in eine Bank wurden mehrere Bankschließfächer aufgebrochen. Es stellt sich heraus, dass alle Besitzer der Schließfächer offensichtlich Dreck am Stecken haben. Charlie rekonstruiert die Vorgehensweise des Täters und kann so Piennar, einen Ex-Söldner, überführen. Piennar will sich an Pete Friscia, dem Direktor der Bank, rächen, weil der vor einigen Jahren ein Haus abfackeln ließ, das obdachlose jugendliche Ausreißer beherbergt hat.

Leah Wexford, eine Kronzeugin in einem Mafiaprozess, wird, kurz nachdem sie mit Don essen war, von einem Killer ermordet. Charlie erstellt eine sogenannte CART-Analyse über seinen Bruder, um festzustellen, ob er eine Mitschuld am Tod von Leah Wexford trägt, denn Don hatte vor fünf Jahren ein Verhältnis mit ihr. McGurn, der Pate einer Mafia-Familie, den Don zuerst verdächtigt, streitet ab, den Mordauftrag an Leah gegeben zu haben.

Amita, die Freundin von Charly, macht bei einem Online-Rollenspiel mit, bei dem es ein Preisgeld von einer Million Dollar zu gewinnen gibt. Als jedoch mehrere Teilnehmer im Anschluss an ein Spiel umgebracht werden, soll Amita online gegen den vom FBI verdächtigten Mörder spielen. Doch der kennt inzwischen ihre wahre Identität.

Ella Pierce, eine milliardenschwere Dollar-Erbin und Tochter eines bekannten Geschäftsmannes, wird plötzlich entführt. Die Kontaktaufnahme der Kidnapper mit ihrem Vater Warren Pierce scheitert, weil er nicht auf die Forderungen eingeht. Charlie versucht, hinter die Taktik der Kidnapper zu kommen, während Don und Megan auf ein anderes Geheimnis stoßen: Ella Pierce hat die Entführung selbst inszeniert. Doch dann ist plötzlich ihr Vater verschwunden.

Ein Unbekannter hat ein sehr wertvolles Comic-Heft gestohlen und 14 Fälschungen davon anfertigen lassen. Agent Don Eppes und seine Kollegen vom FBI werden auf den Fall angesetzt, weil bei dem Raub ein Mann umgekommen ist. Charlie ist dem Täter schon sehr bald auf der Spur: Er findet heraus, dass der berühmte Maler Ross Moore in armen Verhältnissen lebt und schwer erkrankt ist. Er erhält Unterstützung von einem glühenden Verehrer, dessen Hilfe scheinbar grenzenlos ist.

Ben Blakely, ein Subunternehmer des FBI, stürmt das Gebäude, schießt Agent Devane nieder und nimmt David als Geisel. Das Team um Don Eppes gerät unter Druck. Die Nachforschungen ergeben, dass Agent Devane Blakely die Anweisung gab, einige Gegner des Gouverneurs zu beschatten. Diese wiederum entdeckten die Überwachung und ließen Blakely selbst bespitzeln. Er erhielt daraufhin keine Aufträge mehr und stand vor dem Ruin seiner Karriere – er musste einen Ausweg finden.

Don und sein Team müssen sich mit einer Reihe von Vergewaltigungen auseinandersetzen, für die mit großer Wahrscheinlichkeit ein Polizist verantwortlich ist. Megan kämpft bei diesem Fall mit alten Wunden, denn ihrer Freundin ist vor Jahren dasselbe passiert. Durch die Zeugenaussage von Josie Biggs kommt Charlie dem Täter auf die Spur. Im benachbarten Bezirk haben sich nämlich die betroffenen Frauen mit einem ansteckenden Trippererreger angesteckt.

Bei einer Razzia nehmen Don und sein Team den Drogenbaron Isaac Meechum gefangen, der mit seiner Bande ‚America Front‘ einen Anschlag auf eine Bank verüben wollte. Obwohl sich Issac nicht verhandlungsbereit zeigt, gelingt es Charlie, das Versteck der Gruppierung ausfindig zu machen und stößt dort auf diverse Bauteile für eine Bombe. Als das Team das Haus stürmt, kommt es zu einer Explosion.

In einem Gerichtsverfahren werden zwei Zeugen umgebracht. Ausgerechnet die Staatsanwältin und Ex-Freundin von Don, Robin Brooks, wird zur Hauptverdächtigen. Doch dann gerät sie selbst in Gefahr, und Don erschießt die Auftragsmörderin, kurz bevor sie Robin ermordet hätte. Die Spur führt ihn und seine Freunde zu einem 14-jährigen Schachprofi, in dessen Notizbuch mit Schachlektionen kodierte Mordfälle enthalten sind. Plötzlich steht der Junge selbst auf der Abschussliste.

Drei Männern brechen in ein Haus ein und entführen einen Vater und dessen Tochter, einzig die jüngere Tochter kann fliehen. Später identifiziert das Mädchen zwei der Männer als Marines, die auch ihrem Verwandten Clay Porter nicht unbekannt sind. Er war mit einem der Kidnapper im Irak und hatte Wachdienst, als der einen Einheimischen zu Tode gefoltert hat, weil er ihm nicht das Versteck von Millionen von Dollar sagen wollte. Angeblich soll Porter den geheimen Ort kennen.

In einer christlichen Gemeinde ereignet sich ein Giftanschlag – zahlreiche Menschen erkranken tödlich, doch die Mitglieder lehnen jegliche Hilfe von Ärzten ab, weil es ihr Glaube verbietet. Don und Robin gelingt es dennoch, sich Zugang zu der Gemeinde zu verschaffen. Kurze Zeit später explodiert ein Gebäude und der Anführer stirbt. Charlie findet heraus, dass er ein vermeintlicher Betrüger war und dessen Sohn ebenfalls in die Geschäfte verwickelt ist.

Der Rapper Start Hunter wird auf offener Straße ermordet. Als David und Liz seine Frau nach dem Tathergang befragen, beginnt plötzlich ein gefährlicher Schusswechsel, bei dem Derek schwer verletzt wird. Angeblich hat Hunter ein äußerst schwieriges Mathematikprogramm entwickelt, was sofort Charlie und Larry auf den Plan ruft. Hunter soll diverse Radiosender bestochen haben, damit sie seine Musik spielen und die Songs eines anderen Rappers nicht veröffentlichen.

Zwei Mitglieder des Pakistan International Fund (PIF) werden ermordet – das FBI vermutet, dass eine islamistische Terrororganisation dafür verantwortlich ist. Es stellt sich heraus, dass ein gewisser Shane O’Hanahan, ein ehemaliger Waffenschmuggler der IRA, die PIF unterwandert hat. Charlie befindet sich in einem Zwiespalt, weil ein Kollege von ihm mit dem Fall in Zusammenhang gebracht wird. Auch Megan hat zu kämpfen: Sie steckt in einer persönlichen Krise und verlässt das Team.