Charlie deve aiutare Don a mettersi sulle tracce di Crystal Hoyle, una bellissima ex insegnante di storia che in compagnia di un suo studente e fidanzato, Buck, commette rapine e omicidi in diversi stati americani. Non è facile prenderli, perché sembrano agire in modo casuale. I ragionamenti di Charlie serviranno a capire le mosse di Crystal, ma con ritardo.

Il team di Don deve ritrovare Megan che è stata rapita da Crystal Hoyle. Quest'ultima chiede uno scambio di ostaggi: è disposta a lasciare libera Megan se ottiene in cambio il rilascio del suo amante adolescente Buck, in carcere per omicidio e rapina. Don si ritrova a varcare limiti che non pensava avrebbe mai attraversato, pur di ritrovare la collega.

Un quadro di Camille Pissarro da 22 milioni di dollari viene trafugato da un museo. Si scopriranno dei collegamenti tra quel quadro e il partito nazista tedesco.

Un'interprete del consolato cinese viene investita fuori da un locale e l'indagine porta a una possibile talpa all'interno del dipartimento di giustizia. Intanto Charlie si interroga sul perché Larry non l'abbia consultato per la pubblicazione di un articolo.

Si indaga su una serie di attacchi autostradali apparentemente casuali.

Partendo da una serie di attacchi ad alcune sottostazioni elettriche, l'FBI cerca di capire quale sia il vero obiettivo di questi sabotaggi.

Un giocatore di una divisione minore di baseball viene trovato morto a causa di un uso letale di steroidi.

Il campo da gioco di una scuola elementare sprofonda all'improvviso uccidendo un insegnante e ferendo diversi bambini. Gli agenti dell'FBI indagano sulla ditta che ha pavimentato il campo scoprendo che è stato usato un nuovo prodotto derivato da rifiuti tossici.

Due strani omicidi, un suicidio e un tentativo di suicidio portano le indagini dell'FBI al progetto Brutus, un segreto che il governo ha tenuto nascosto per anni. Un programma ideato dalla CIA negli anni '60 per condizionare, tramite trattamenti chimici, prigionieri di guerra e detenuti per farne armi da guerra contro i nemici.

Si cerca un serial killer che uccide dei pedofili. Nel frattempo Larry parte per la missione spaziale.

Si indaga sul capo di una setta religiosa che pratica la poligamia.

Dall'affondamento di uno yacht, Charlie si troverà a lavorare contemporaneamente per l'NSA e per Don.

Due agenti vengono uccisi in una rapina a un ristorante. Si indaga per fermare la banda. Nel frattempo Don visita lo psichiatra dell'FBI

Il ritrovamento del corpo di un poliziotto morto negli anni novanta riapre il caso, rimasto insoluto, del suo omicidio.

Un lottatore di Arti marziali miste muore durante un allenamento. Il suo sparring partner è un amico di David.

Mentre Don è dal terapista, un ragazzo viene rapito per un riscatto di 3.200.000 $.

Partendo da una serie di morti sospette, segnalate a Charlie da un'amica, si arriva a scoprire un grosso broglio elettorale. Grazie ad una intenzionale pubblicazione accademica di Charlie, la notizia arriva ai media e scoppia lo scandalo. Questa volta ad aiutare il giovane Eppes nei suoi calcoli c'è Oswald, un giovane particolarmente dotato.

Un aereo cade nei boschi vicino Los Angeles e sul luogo dell'impatto viene ucciso un ranger.

Si indaga su una serie di lettere esplosive, che sembrerebbero prodotte da una persona già scagionata una volta.

Un condannato a morte comincia a dare informazioni sul suo passato pur di rivedere la figlia. Nel frattempo Larry torna dallo spazio.

Si indaga su una cellula di terroristi che potrebbe compiere un attentato.

Un camion carico di medicinali e 50 milioni di dollari diretti allo Zambia viene rubato. Nel frattempo Don continua ad andare dall'analista, questa volta con Charlie.

Un uomo che ha piazzato delle cariche su un ponte chiede di parlare con Charlie e Don. Il suo intento sarà quello di fare conoscere una lista di spie che fanno il doppiogioco.