Don et Charlie viennent à l'aide de l'agent Edgerton, qui tente de stopper Buck, un adolescent de 17 ans et Cristal, l'un de ses professeurs. Ceux-ci sèment en effet la terreur autour d'eux après avoir tué le père du jeune homme. Arrivés à Los Angeles, leur mode opératoire change, et le meurtre d'un concessionnaire semble être commis pour des raisons plus personnelles : Crystal avait eu une relation avec lui alors qu'elle n'avait que 15 ans...

Don apprend que Crystal a enlevé Megan, et qu'elle ne sera relâchée qu'en échange de la libération de Buck. Au même moment, la jeune femme découvre que Crystal a eu une fille avec un homme marié et qu'elle l'a abandonnée. Par chance, Charlie trouve une formule mathématique qui permet de retrouver les deux femmes, mais Crystal réussi à s'echapper

Une célèbre toile de Pissaro est volée dans un musée de Los Angeles. Les soupçons de Don se portent d'abord sur les principaux voleurs connus du FBI, et il demande à Charlie de réduire la liste des suspects. Alors qu'il découvre que l'auteur du crime s'est fait tuer, il apprend que le tableau avait été volé à une famille juive par les nazis.

Michelle Kim, une jeune traductrice de l'ambassade de Chine, est renversée par une voiture à la sortie d'un bar. Rapidement, la thèse de l'accident est écartée et le FBI apprend qu'elle était suspectée d'espionnage. Alors que Don demande son aide à Charlie, celui-ci découvre que Larry a publié un article sans l'avoir consulté auparavant.

Un père de famille est atteint par une balle à la tête alors qu'il roulait sur l'autoroute en ramenant ses enfants à la maison. Le FBI fait le lien avec 7 autres attaques ayant eu lieu peu auparavant. Selon Charlie, celles-ci ne seraient que des coïncidences sans liens entre elles, mais Megan réussi à prouver qu'elles ne sont l'oeuvre que d'une seule personne.

Alors que Don se rapproche de Liz, une centrale éléctrique est attaquée et un homme meurt dans l'attentat. Une partie de la ville se retrouve dans le noir. Le FBI découvre alors que c'est la seconde coupure de courant en deux jours. Charlie tente de prévoir où aura lieu la prochaine attaque, en pensant que celle-ci aura un impact plus important, mais ses prédictions s'avèrent fausses. En effet, une troisième centrale est attaquée, mais la coupure n'atteint qu'une partie minime de la ville.

Un joueur de base ball, ancienne gloire devenu remplaçant s'effondre durant un entrainement. Le FBI apprend qu'il prenait des stéroïdes pour remonter à son meilleur niveau, mais que la dose qu'il avait consommé était mortelle. La thèse de l'accident est ainsi abandonnée, au profit de celle du meurtre. Un jeune adapte des paris en ligne est tout d'abord suspecté, mais Don découvre qu'il est en fait l'auteur d'une équation complèxe capable de déceler quels sont les joueurs de base ball consommant des produits illicites. Charlie décide alors de prendre le jeune mathématicien sous son aile.

Des travaux près d'une école causent un effondrement de terrain, dans lequel plusieurs enfants et une enseignante sont gravement blessés. Un procureur fédéral compte sur le soutient du FBI pour prouver que cet accident résulte de malfaçons dans la construction de ce terrain de jeux des années auparavant. Mais l'équipe de Don réalise que quelque chose de beaucoup plus grâve se cache derrière les fraudes de l'entreprise chargée des travaux: elle serait en effet responsable de maladies incurables chez bon nombre des élèves de ces écoles.

Un sénateur est tué lors d'une conférence, malgré les tentatives de Don et de son équipe pour localiser le tueur parmis les personnes présentes. L'assassin, un homme d'origine asiatique, se suicide avant que les policiers puissent connaître les raisons de son geste. Alors que le FBI songe à un acte isolé, lié a une vengeance, un second meurtre est commis dans les mêmes circonstances. Alors qu'ils tentent de résoudre cette affaire, Don et Charlie sont surpris par la décision de Larry de participer à une mission spatiale.

Un homme est tué alors qu'il pénétrait dans une maison inhabitée. C'est le troisième meurtre de la sorte en quelques semaines, et le FBI se met à la recherche d'un tueur en série, mais devant le manque de points communs entre les affaires, Charlie propose son aide. En analysant les différentes maisons dans lesquelles les meurtres ont eu lieu, il pense être capable de déterminer un modèle, la maison idéale du tueur. Pendant ce temps, Larry se prépare pour son voyage dans l'espace, mais ses projets sont contrariés.

Charlie et Amita se rendent à une conférence de mathématiques quand une jeune fille est retrouvée, battue et épuisée, au bord d'une route. Elle s'est enfuie d'une caravane, dans le désert, car le gourou d'une secte prônant la polygamie des hommes l'a forcée à l'épouser puis l'a violée. Charlie annule alors son voyage pour se mettre à la recherche de cet homme et de ses adeptes. Une sorte de carte attire son attention, mais il n'arrive pas à la déchiffrer.

Un corps est remonté de l'océan par un groupe scolaire en sortie. Don et son équipe s'intéressent très vite au Cheeta, un yacht de course disparu en mer quelques semaines auparavant, donnant lieu à une véritable chasse au trésor chez certaines personnes peu recommandables. Charlie tente de localiser l'endroit où le corps a été coulé, mais la NSA lui demande de faire une autre recherche, concernant la même affaire : retrouver le yacht, qui pourrait transporter des armes.

Plusieurs restaurants sont attaqués par des hommes armés qui volent les sacs et les portefeuilles des clients. La police, qui surveille les endroits à risque, perd 2 de ses agents lors d'un de ces braquages. Le FBI découvre que les assaillants seraient des mercenaires à Los Angeles pour retrouver un ancien général de l'armée mexicaine protégeant 3 enfants de ces tueurs.

La plaque d'un policier disparu depuis 17 ans est retrouvée sur un terrain vague. Des fouilles mettent à jour le corps de l'agent Everett, qui a été tué avec son arme de service. Les soupçons se portent immédiatement sur un ex-chef de gang, qui avait juré la perte d'Everett deux semaines seulement avant le meurtre, après la mort de son frère.

David Sinclair finit par arrêter l'un de ses amis d'enfance du Bronx, devenu boxeur, dont deux rivaux sont décédés par l'ingestion d'un poison mortel. C'est la première fois que David revoit Ben, en froid depuis la mort de leur ami commun dix ans auparavant.

Le fils d'un producteur de musique rap et ancien membre d'un gang de Los Angeles est enlevé en plein jour. Pendant que Don s'entretient avec le psychologue du FBI, son équipe joue un contre la montre. L'équipe, dirigée par Megan, dispose d'une heure pour déjouer le plan des ravisseurs, exigeant une rançon faramineuse.

Charlie est alerté par une amie d'une série de morts suspectes, concernant des statisticiens. Lorsque cette amie décède à son tour, le FBI cherche alors des corrélations entre ces personnes et découvre qu'elles ont toutes participé à la dernière campagne électorale...

Les frères Eppes se rendent sur les lieux d'un crash d'avion transportant les cadres d'une société spécialisée dans la technologie de défense. L'enquête révèle que l'avion transportait le prototype d'un nouveau lance-missile, mais aussi que l'ordinateur de vol était piégé, ce qui amène le FBI à soulever une bien plus vaste affaire...

Don enquête sur une série d'explosions visant des responsables de recherches sur les biotechnologies. Les suspects sont un professeur émérite et son élève ingénieur militaire sous les barreaux depuis ses dernières activités terroristes. Le FBI sollicite Charlie pour déterminer le fabriquant des bombes et la prochaine menace. Seulement, sur cet épineux dossier, les frères sont en désaccords sur le véritable responsable de ces violences...

Dans le couloir de la mort d'une prison fédérale, les membres d'un ancien gang tuent un détenu, un repenti qui a confessé ses crimes. Très vite, Don pressent que le mobile ne se limite pas au règlement de comptes mais cache une affaire bien plus complexe...

Toute l'équipe est mobilisée pour stopper un terroriste projetant d'utiliser un gaz neurotoxique dans une réserve d'eau de Los Angeles...

De l'argent et des médicaments d'une valeur de 50 millions de dollars, destinés à l'aide humanitaire en Zambie, sont volés. Les membres du FBI s'aperçoivent qu'ils ne sont pas les seuls à vouloir récupérer cette cargaison. Don et Liz envisagent de révéler leur relation amoureuse...

Un homme menace de faire exploser plusieurs bombes si Charlie ne répond pas correctement aux questions qu'il lui pose. Ces questions sont en fait codées et Charlie découvre que l'homme est un espion international disposant d'une liste d'agents doubles issus d'agences gouvernementales, qui délivrent des informations top secrètes à des pays ennemis. Les noms figurant sur cette liste pourraient bouleverser l'avenir de l'équipe...