A Gyilkos számok második évadának sugárzása 2005. május 23-a és 2006. május 19-e között történt az USA-ban. Néhány változás történt a szereposztásban Terry Lake-et Megan Reeves váltja fel, és a csapathoz Colby Granger csatlakozik. Charlie tudományos kihívások elé néz és egy új elméleten dolgozik (Cognitive Emergence Theory - Kognitív felbukkanás elmélete). Larry eladja lakását és "nomád" életstílusba kezd és Megannal romantikus kapcsolatba kezd. Amita a Harvardról kap asszisztensi állásajánlatot, de nem fogadja el és Charlie-val kezd romantikus kapcsolatba. Alan Eppes ismét dolgozni és randevúzni kezd, noha még sem ő sem Charlie nem heverték ki a veszteséget amit a feleség és édesanya halála jelent számukra.

24 épisodes | Saison produite en 2005-2006 | 1ère diffusion : septembre 2005 sur CBS (U.S.A.)

連邦地裁判事の妻を殺した犯人を捕まえるため、FBI捜査官ドン･エプスは天才的頭脳を持つ弟チャーリーと、FBIアカデミーの新卒業生メーガン･リーブスの協力を求める。

Season two has several changes to Don's FBI team: Terry Lake is reassigned to Washington and two new members join Don and David Sinclair: Megan Reeves and Colby Granger. Charlie is challenged on one of his long-standing mathematical workpieces and starts work on a new theory, cognitive emergence theory.