FBI-Agent Don Eppes will einen Serienvergewaltiger zur Strecke bringen, doch ihm fehlt jegliche Spur. Sein Bruder Charlie, ein Mathematikgenie, entwickelt eine Gleichung, mit deren Hilfe er die Basis des Täters errechnen kann. Obwohl Don den Fähigkeiten seines Bruders eher skeptisch gegenübersteht, lässt er sich auf die ungewöhnliche Ermittlungsmethode ein. Es beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit, denn der Täter hat bereits sein nächstes Opfer ausgewählt.

Don ermittelt gegen eine Bankräuber-Bande, auf deren Konto bereits 16 Überfälle gehen. Sein Bruder Charlie schafft es, mit einer Formel den Ort des nächsten Überfalls zu berechnen. Doch als Don und seine Kollegen die „Gentlemen- Gauner“ überführen wollen, gerät die Situation außer Kontrolle: Die sonst gewaltlosen Überfälle enden in einem Blutbad, und auch Don gerät in große Gefahr. Charlie gibt sich die Schuld für das Fiasko und will die Polizeiarbeit an den Nagel hängen.

Eine geheimnisvolle Seuche breitet sich in L.A. aus, das FBI wird hinzugezogen, um Schlimmeres zu verhindern. Bei der Epidemie handelt es sich um die Spanische Grippe, da die Erreger jedoch vor Jahren ausgestorben sind, muss es sich um einen biologischen Terroranschlag handeln. Mit Charlies mathematischen Fähigkeiten sucht Don nach dem Ursprungsort der Seuche. Dabei stoßen sie auf den mysteriösen Wissenschaftler Grolsh, der in einem Gen-Labor arbeitet.

Charlie findet die Leiche eines Studenten. Er macht sich große Vorwürfe, denn der Tote war noch wenige Tage zuvor bei ihm, um sich einen Rat einzuholen. Doch Charlie fällt auf, dass der junge Student zu weit aufgeschlagen ist, als dass der Sturz von der Brücke ein Selbstmord gewesen sein könnte. Er überzeugt Don, die Ermittlung aufzunehmen. Dabei stoßen sie auf eine ominöse Baufirma. Musste der Student sterben, weil er einem Pfusch auf die Spur gekommen war?

Die kleine Emily wird an ihrem Geburtstag von zwei Clowns entführt. Schnell stellt Charlie fest, dass die Entführer es nicht auf ein Lösegeld abgesehen haben, sondern auf eine mathematische Formel, die Emilys Vater Ethan Burdick seit geraumer Zeit zu lösen versucht. Auf die Lösung dieser Formel ist nicht nur ein hohes Preisgeld ausgesetzt, man kann damit auch sämtliche Verschlüsselungen im Internet decodieren. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt.

Eine Serie von Zugunglücken erweist sich für das FBI als sorgfältig geplante Anschläge. Die codierten Bekennerschreiben werfen allerdings selbst für Charlie Rätsel auf. Klar ist aber, dass jemand versucht, spektakuläre Zugunfälle nachzustellen. Und ein Vorfall fehlt noch: das Bahnunglück am Cajon-Pass, bei dem 37 Menschen starben. Dies deckt sich auch mit den Angaben im Bekennerbrief. Für sieben Zahlen und einen Buchstaben haben die Ermittler aber immer noch keine Erklärung.

Eine Reihe von Ladenüberfällen erschüttert Los Angeles. Die schwer bewaffneten Täter haben es ausschließlich auf Bargeld abgesehen. Merkwürdig ist, dass alle diese Läden wenige Stunden zuvor von zwei jungen Männern besucht wurden und die sind jetzt tot. Sie wurden erschossen. Alles deutet darauf hin, dass sie zu einer Fälscherbande gehören, auf deren Konto die Entführung der Grafik-Künstlerin Margo Hughes geht. Sie soll den Verbrechern bei der Herstellung der Blüten helfen.

Trevor Riley, vom FBI wegen Investmentbetrugs gesucht, wird erdrosselt in seiner Wohnung aufgefunden. Die Tat erinnert an den Mord an Lisa Bayle, der vor einem Jahr passierte. Ihr Mörder Cliff Howard sitzt allerdings in Haft. In Don kommen Zweifel an Howards Schuld hoch, und er bittet Charlie, den Fall Bayle neu zu überprüfen. Dabei stoßen sie auf Rileys Nachbarn Mark Andric, einen – wie sich herausstellt – ehemaligen serbischen Leutnant, der eine Affäre mit Lisa Bayle hatte.

Ein Heckenschütze hält L.A. mit einer Mordserie in Atem. Don und Charlie erhalten Unterstützung von Agent Edgerton, einem Scharfschützenausbilder des FBI. Erste Ermittlungen führen zu Wayne Osborne. Da sich der mehrfach Vorbestrafte aber als Trittbrettfahrer entpuppt, vermutet Charlie noch mehr Nachahmer. Erst als Don die Tatorte genauer analysiert, fällt ihm ein Name ein: Nathan Crane, ein Versager, der Scharfschütze werden wollte, aber aus der Armee geflogen ist.

Diebe haben einen Laster mit radioaktivem Material in ihre Gewalt gebracht. Sie drohen, eine „schmutzige Bombe“ in L.A. zu zünden, wenn nicht 20 Millionen Dollar an sie gezahlt werden. Während Don sich auf die Spuren des Trucks macht, versucht Charlie herauszufinden, wo in L.A. die Bombe den größten Schaden anrichten könnte. Sie finden heraus, dass die Aktion der Bande von deren eigentlichen Coup ablenken soll: ein Kunstraub im großen Stil.

Ein mysteriöses Flugobjekt über L.A. ist von mehreren Augenzeugen gesichtet worden – doch weder zivile, noch militärische Radaranlagen haben etwas registriert. Auf der Suche nach einer Erklärung stößt Don auf die Flugzeugbastler David Croft und Lane Gosnell. Wie sich herausstellt, ist Gosnell an dem fraglichen Abend bei einem Probeflug tödlich verunglückt. Alles deutet darauf hin, dass das Seitenruder manipuliert worden ist. Steckt dahinter Sabotage? Charlie zweifelt daran.

Don und seine Kollegen verfolgen zwei Verbrecher, die bei einem Unfall aus einem Gefängnisbus geflohen sind. Er wird von Cooper unterstützt, einem Zielfahnder der Abteilung „Fugitive Recovery“. Reed, ein Agent der DEA, funkt jedoch dem FBI dazwischen, und McDowd, einer der Flüchtigen, kann entkommen. Über einen Algorithmus kann Charlie aber erkennen, wo sich McDowd aufhält – auf dem Territorium der Zee Boys. Wenig später findet Don deren Anführer Choi tot auf.