Alicia regresa a casa y su padre le dice que todos pensaban que había muerto. Sus fantasiosos relatos sobre un Conejo Blanco parlante y un lugar mágico llamado el País de las Maravillas provocan que acabe internada en un centro psiquiátrico. Allí el doctor Lydgate la convence para que se someta a una intervención que le hará olvidar el dolor. Justo antes de la operación la Jota de Corazones la rescata y la lleva con el conejo. Este le cuenta que Cyrus, su gran amor, sigue con vida. Entonces, los tres saltan al portal que los lleva de vuelta al País de las Maravillas, donde Alicia emprende la búsqueda de Cyrus. Sin embargo, el malvado Jafar y la Reina Roja tienen otros planes para ella.

En el País de las Maravillas, Alicia urde un plan para encontrar a Cyrus y utiliza su botella como cebo para averiguar a quién se enfrenta y quiénes son sus verdaderos amigos. Mientras tanto, la Reina Roja y Jafar se enfrentan. Gracias a un flashback, los espectadores se enteran de cómo se enamoraron Alicia y Cyrus y de cómo terminó Cyrus en el País de las Maravillas.

Will Scarlet, que resulta ser la gran Jota de Corazones, ha entrado en el grupo de Robin Hood y convence a todos para robar el oro que oculta Maléfica en su castillo. Además, él se lleva un espejo encantado, lo que le traerá graves consecuencias. Mientras, en el País de las Maravillas, Cyrus consigue engañar a Jafar y a la Reina Roja para que envíen a un Magnapresa a acabar con Alicia, que descubre algo que ha estado ocultando el Conejo Blanco.

Cuando la vida de Jota corre peligro, Alicia tiene que decidir si utiliza uno de sus tres preciados deseos, a pesar de las consecuencias que podría traerles a Cyrus y a ella. Gracias a Lagartija, su nueva amiga, se entera de algunos detalles de la vida de Jota. Mientras Cyrus planea su huida. Por otro lado, la decisión de Jafar de matar a la Jota pone a la Reina Roja en jaque porque se debate entre lo que siente por él y su deseo de conseguir lo que quiere. En diversos flashbacks, conocemos la historia de Jafar y descubrimos qué quiere en realidad de Cyrus.

En un flashback, vemos como Will Scarlet y Anastasia saltan a través del espejo hasta el País de las Maravillas a pesar de la oposición de la madre de ella, que no acepta a Will. Ambos se dan cuenta enseguida de que la vida en el País de las Maravillas no es exactamente como se habían imaginado. Después de ser humillados en el baile de palacio, Ana convence a Will para robar las joyas de la corona y salir así de la pobreza, pero el rey la pilla con las manos en la masa y le hace una propuesta que no puede rechazar: que se case con él y sea su reina a cambio de no ser juzgada. Mientras tanto, en la actualidad, la Reina Roja convence a Alicia para que la ayude a conseguir unos polvos mágicos a cambio de información sobre Cyrus. Este ha logrado escapar de la torre de Jafar y deja al Conejo Blanco en una situación muy comprometida.

Jafar visita el centro psiquiátrico y el doctor Lydgate le da información sobre Alicia. Mientras, en el País de las Maravillas, Alicia se dirige al Bosque Negro. Por su parte, Jota, que ha salido de su hechizo con la ayuda de una inesperada aliada, va en busca de Alicia y la encuentra en un lugar muy peligroso. Cyrus hace lo que puede para despistar a la Reina Roja. En un flashback, Alicia regresa a casa de su padre, a la Inglaterra Victoriana, después de perder a Cyrus.

Cuando Alicia descubre que su padre está en el País de las Maravillas, comienzan a intentar arreglar su relación. Al final, Alicia tiene que tomar una decisión difícil. En un flashback, Jafar, aún niño, está destrozado por la muerte de su madre. Descubrimos qué lo convirtió en el despiadado villano que es ahora.

En un flashback, descubrimos más cosas sobre Cyrus. Mientras, Alicia busca al Conejo Blanco para intentar entender cómo ha actuado. Por otra parte, el desprecio que la Reina Roja y Jafar se tienen acaba en guerra y se desata el caos. Su enfrentamiento pondrá a todos en peligro, tendrá graves consecuencias y lo cambiará todo.

Lagartija saca a la Jota de la botella y tiene la oportunidad de cumplir sus sueños gracias a los tres deseos. Cyrus y Alicia, muy a su pesar, se alían con la Reina Roja para ir a buscar y a rescatar a la Jota. Unos campesinos secuestran a la reina para que pague por su cruel reinado. Por su parte, Jafar ha ocupado el castillo de la Reina Roja y se entera de la existencia de un temible monstruo llamado "Galimatazo", con el que quiere aliarse.

Alicia y Cyrus descubren algo alarmante sobre los presos de Jafar y cambian sus planes. Por su parte, la Reina Roja está en grave peligro y nadie, salvo la Jota, puede ayudarla. Debe darle a Jafar una información que busca desesperadamente.

En un flashback, la Jota persigue a Alicia por orden de Cora y termina haciendo un trato para recuperar su corazón. En el País de las Maravillas del presente, la amistad de Alicia y la Jota peligra cuando éste le roba para ayudar a Jafar. Mientras tanto, el Galimatazo intenta liberarse de Jafar, que por su parte debe enfrentarse a su antigua compañera.

El todopoderoso Jafar consigue obligar a su padre a quererlo y a Anastasia a pensar que está enamorada de él. Cuando Alicia, Amara y Cyrus escapan, Jafar apresa al Galimatazo e invoca a un ejército de soldados muertos que le obedecen. Mientras, Alicia y el Conejo Blanco reúnen su propio ejército para combatir a Jafar y salvar al reino. Alicia y Jafar se enfrentan por fin en el Pozo de las Maravillas.