Cuando D'Artagnan y su padre van camino de París, son asaltados por unos mosqueteros que asesinan al padre. Cuando llega a la capital francesa, D'Artagnan va en busca de Athos para vengar la muerte de su progenitor. Entonces descubren que todo forma parte de un complot orquestado por el cardenal Richelieu.

Los tres mosqueteros y D'Artagnan se prestan a un plan para averiguar las intenciones del ladrón de una gran cantidad de pólvora. Descubren así un complot para acabar con la vida de los reyes de Francia. Richelieu está detrás de todo, con la ayuda inestimable de su bella espía.

Los mosqueteros son enviados a Le Havre para capturar al corsario Emile Bonnaire y llevarlo de vuelta a París, donde va a ser castigado por romper un tratado comercial con Francia. Esta misión aparentemente sencilla pronto se transforma en una traicionera batalla, ya que deben derrotar a un gran número de enemigos del comerciante que quieren capturarlo. Además, Athos se ve obligado a enfrentarse a su pasado, que amenaza con engullirlo.

Tras una noche de celebraciones con motivo de su cumpleaños, Porthos se despierta con un cadàver junto a él y sin ningún recuerdo de lo sucedido durante las horas previas. Después de ser condenado a muerte injustamente, es llevado a la peligrosa Corte de los Milagros, en las calles donde se crió.

Aramis y D'Artagnan deben conducir a una mujer joven y a su bebé desde un pueblo en las afueras de París hasta palacio. Sin embargo, su tarea se frustra cuando un grupo de hombres armados secuestra al bebé. Mientras tanto, la partida de caza real se ve interrumpida por la repentina aparición de la desterrada madre del Rey, María de Medici, que busca protección frente a un asesino desconocido.

Después de la trágica muerte de una joven bajo la carroza real, las investigaciones de los mosqueteros les llevan hasta una ilustrada mujer de alta cuna, Ninon, quien es acusada de brujería. Los mosqueteros se ven obligados a dejar a un lado su enemistad con el cardenal Richelieu cuando la vida de este se pone en peligro, lo que les da la oportunidad de salvar a esta mujer extraordinaria.

Los mosqueteros tienen la tarea de llevar a París al temible Labarge, un intendente regional, bajo arresto por el asesinato de dos mosqueteros. Los Guardias Rojos, molestos por el trato de los mosqueteros hacia él, inician una lucha feroz entre los dos regimientos.

La vida de la reina Ana corre un peligro mortal. Mientras tanto, el rey Luis cena con el conde Mellendorf, un rico banquero alemán que está buscando un buen partido francés para su bella hija. Por su parte, los mosqueteros intentan conducir a Ana de regreso a París, pero se ven obligados a buscar refugio en un convento fortificado donde Aramis se encuentra cara a cara con su pasado.

Una inesperada ruptura entre los mosqueteros amenaza con hacer que sus miembros vayan cada uno por su lado. Athos toma a una mujer como rehén en la plaza, y los mosqueteros se sorprenden al descubrir que se trata de Milady de Winter. Además, Athos se enfurece cuando se entera de que D'Artagnan la conoce, poniendo al límite su amistad.