朱咲高中里2年级的山田龙，初中时代是个不良少年，为着高中生活的美好憧憬努力学习而来到这所私立名牌学校，却因不太能融入班级氛围而成绩下降。一天因为被提示状态不适于升级，感觉被老师和周围的同学们当成傻瓜，山田急躁着上了楼梯，同时遇到了学校里的优等生白石的身影。山田愤然起了追赶的决心，却因脚下打滑失去平衡，并抱住晴朗，两个人互相纠缠着从台阶滚落晕倒了。

在超自然现象研究部的活动室中，白石和山田龙，以及学生会副会长宫村虎之介找到了“魔女传说”的笔记，都对笔记本上写的内容掩饰不住惊讶。三人试图查明这是什么谜语，但在关键的地方破损了而找不到线索。继而，与宫村争夺下届学生会长宝座的另一个学生会副会长小田切宁宁出现了。宁宁叫出了山田，在朱咲高中的后院里跟他说“从以前开始很在意山田君的事情……”并不顾受到突然告白感到困惑的山田，将脸靠近企图亲吻他。山田害怕会发生身体交换的事，总之是试图阻止的，然而被强行夺走了嘴唇。

山田龙明白了通过使用接吻可以复制魔女的能力，为了寻找着魔女，成为超自然现象研究部的一员。然而期间糟糕的是，决定着山田是否升级的补习和考试迫近了。山田图谋着和上次一样与白石交换通过补考，但遭到其“自力更生突破呗”的拒绝，无奈之下接受补习。补习课上，山田对斜前面坐着的大冢芽子的样子有些在意。芽子在教科书下暗藏了素描本，从刚才开始就一直描绘着什么。补习课结束后山田说着“让我看看”随便取阅芽子的素描簿。看到描绘了漂亮漫画的作品后，不禁无意识地说出“下次再画的话让我看见吧”，突然之间就被芽子亲吻了。“只是小小回礼。”芽子说，但这句话的背后并不只是这样。

超自然现象研究部的成员们发现了不需要与魔女之间接吻也有的“特殊能力”。从有“心灵感应”能力的大冢芽子那里听到，与泷川诺亚“明明接吻了却没能读出心情”，想着这样肯定是魔女的山田龙，为调查诺亚持有的魔女能力立马就行动起来。那个时候，学生会办公室中在讨论最近校内频繁发生的“某个事件”及有关对策。飞鸟美琴看到了受害学生名单后有一些发现，她注意到被害者都是来自同一所中学的一年级学生。学生会长山崎春马认为，接下来只剩下一个人被攻击的可能性很高，为了防止有一样表征的诺亚发生同一事件，向宫村虎之介和小田切宁宁发出了命令。

山田龙从泷川诺亚那里听说了有《魔女传说·下卷》的笔记本，准备着朝这样的地方前进时被猿岛玛利亚叫住了。想要尽早得到笔记的山田答“今后吧，去了可不行啊！”玛利亚听到这样说，侵入了他目的地的场所，被学生会长山崎春马发现后，作为惩罚勒令俩人在海边捡拾垃圾。宫村虎之介，乘应着山田捡垃圾这事儿，提出了超自然现象研究部海边集训计划。合宿的除白石丽、伊藤雅等成员以外，宫村抱着“在海边很多泳装女郎是必要的”想法，因此也邀请大冢芽子和玛利亚参加了。随后，众人转移去了宫村家的别墅。

猿岛玛利亚因自己拥有的能力而苦恼，山田龙对此无法置之不理，从泷川诺亚听到魔女传说笔记的下卷上写了“魔女消灭”这样的话，因为学生会长山崎春马加上，走向学生会室。山田拼命地请求想要看到魔女传说笔记本下卷，而春马敷衍散漫躲闪着。山田恼羞成怒了尝试着强行突破，这时学生会长的秘书飞鸟美琴挡住在他面前。山田在美琴手下毫无抵抗的方法，为设法从这个被拘捕的状况逃出去，抓住间隙与美琴接触想靠亲吻交换身体逃出去。

在内部网站刊载了的内衣小偷照片，就像是山田龙被变形了的图像似的，宫村虎之介拍摄过山田在海边把垃圾捡起来的身姿。伊藤雅认为宫村肯定是背叛者“双重间谍”无疑，并告诉了白石丽和山田。山田不想相信雅的话，却意气消沉着。丽简直看不下去了，通过接吻交换身体成了山田去探听宫村的口风。然而，不是很熟悉有些事情原因发生的领域结果被识破了，丽对山田讲这种事情果然还是男人之间说的方式比较好。超自然现象研究部里，宫村拜访了山田，会长侯选人猪濑润也加入了谈话，听到找到第7位魔女是当学生会长的条件。