Automne 1776, à Setauket, dans l'Etat de New York. Les colonies américaines cherchent à s'émanciper du joug britannique, dans la sueur et le sang. Abe Woodhull, jeune fermier, aspire à une vie calme auprès de sa famille, sans prendre parti. Le destin semble lui réserver un autre sort. Le jeune homme est embarqué bien malgré lui dans une série de quiproquos et d'injustices qui vont l'amener à prendre position. Choisira-t-il la sécurité en se rangeant aux côtés des loyalistes et de l'armée britannique ? Ou prendra-t-il tous les risques pour aider ses compatriotes en devenant l'un des premiers espions des futurs Etats-Unis d'Amérique ? Ben Tallmadge, un ami d'enfance, a pris les armes dans l'armée continentale. Après être tombé dans un traquenard et avoir échappé de peu aux Rangers de la Reine, celui-ci tente de convaincre sa hiérarchie de l'importance d'avoir un informateur dans le camp adverse...

Un officier royale de l'armée britannique a été assassiné. Malheureusement, tout désigne Anne. Abraham doit réussir à élucider le meurtre et à trouver le coupable avant qu'Anna ne soit incuplée et condamnée. Pendant ce temps, Ben et Caleb interrogent John Graves Simco...

Alors qu'il tente d'échapper aux Anglais lancés à sa poursuite, Ben est trahi par sa propre milice. De leur côté, Abraham et Richard se rendent à New York...

Caleb et Benjamin cherchent un moyen de faire parvenir leurs renseignements au général Washington. Abraham et Richard, eux, ont reçu l'ordre de déterrer des pierres tombales...

Caleb et Ben suivent de mystérieux ordres, qui émanent d'ils ne savent où. Pendant ce temps, l'armée du général George Washington pénètre en territoire ennemi...

En route pour New York, Abraham est pris en embuscade par un patriote désespéré. Pendant ce temps, le général Washington charge Ben d'une tâche : créer le premier réseau d'espionnage américain...

De retour à Setauket, Simcoe obtient l'autorisation d'enquêter au sein des familles Tallmadge et Brewster. Sur le navire-prison, Robert Rogers découvre que Samuel est décédé et tente de glaner quelques précieux renseignements auprès de Selah Strong.

Abe et Anna se rendent à New York. Malgré les réticences d'Abe, Anna décide de se rendre à une fête réservée aux hommes, organisée par l'espion britannique John Andre. Elle a l'intention d'y récolter des informations sur les stratégies ennemies.

Simcoe initie une véritable chasse aux sorcières politique, afin de découvrir qui sont les conspirateurs rebelles à Setauket. Pendant ce temps, Washington confie une mission à Ben.

Mary se bat contre l'idée qu'Abe est un espion rebelle : elle a beaucoup de mal à s'y faire. Pendant ce temps, Caleb et Ben mènent un raid pour sauver les familles patriotes...

La situation est toujours aussi confuse. Les partisans des Anglais et ceux qui défendent l'indépendance de l'Amérique, sous la houlette de Washington, se livrent une guerre sans merci. Dans ce contexte tendu, un espion envoie, depuis Londres, un message qui peut modifier l'équilibre des forces. Mary, quant à elle, tente d'empêcher Abe de relancer son réseau d'agents secrets. Benedict Arnold arrive au camp. La seconde saison d'une série historique fort bien reconstituée, sur une période méconnue de l'histoire américaine.

Abe recueille des informations à New York. Il espère que ces données stratégiques pourront servir aux troupes de Washington. Le cruel Simcoe, de son côté, trouve un moyen d'échapper à son châtiment. Aussi craint que détesté, il garde toute sa capacité de nuisance. John Andre attend un message important à Philadelphie. Il y rencontre Peggy Shippen.

Ben, qui sait qu'un traître sévit dans le camp, met tout en oeuvre pour le démasquer. Il lui tend un piège, en espérant que le coupable mordra à l'hameçon. Le juge Woodhull apprend que son fils, Abe, conspire avec le major Hewlett. Il décide aussitôt de prendre des mesures. Pendant ce temps, de leur côté, Caleb et Robert Rogers ont une vive altercation...

Abe, qui a clairement choisi son camp, celui des rebelles, acquiert une plus grande confiance en lui. Il tente de recruter un nouvel agent, mais se méfie de tout le monde. Entre les traîtres, les agents doubles et les espions, il ne sait pas à qui faire confiance. De leur côté, Caleb et Rogers font tout pour mettre à mal le réseau de renseignements qui alimente Londres. Le passé d'André éclate au grand jour.

Abe, toujours à New York, fait une dernière tentative pour recruter un espion. Il a failli plusieurs fois être démasqué, ce qui le conduit à prendre d'énormes précautions. Cela nuit à la réussite de sa mission et lui fait perdre beaucoup de temps. De son côté, Ben doit déterminer qui, parmi ses proches, est un agent double. Il est vital, d'un point de vue stratégique, qu'il identifie la taupe. Il lui faudra ensuite choisir entre deux actions : utiliser le traître pour qu'il transmette de faux renseignements à l'ennemi, ou l'éliminer...

Mary supplie Richard de l'aider à sortir Abe de prison. De son côté, Anna doit séduire Simcoe. Quant à Ben et Caleb, ils prévoient de délivrer Hewlett de ses ravisseurs.

Washington doit faire face à des problèmes personnels. Il reçoit l'aide inattendue de Billy Lee, un esclave. De son côté, Abe, en prison, a bien du mal à ne pas être démasqué. Il tente l'impossible pour que son secret ne soit pas découvert. Il en va de sa vie.

Caleb navigue dans le port de New York. Après bien des tergiversations, la France devient une alliée solide des rebelles. Le roi a choisi son camp, certain que le soutien de la Grande-Bretagne aux loyalistes ne pourra se prolonger bien longtemps, tant les dépenses de guerre engagées sont élevées. André et Peggy réfléchissent ensemble à un plan audacieux.

Abe rentre de la prison avec des informations de première importance. Il entend bien en profiter pour améliorer la situation stratégique des rebelles à la couronne britannique. Du côté des loyalistes, de nouvelles tensions naissent entre Hewlett et Simcoe. Arnold apporte son aide à Peggy, qui se trouvait en bien mauvaise posture.

Abe cherche toujours un moyen d'aider les rebelles qui se battent avec le général Washington : il envisage d'assassiner le major Hewlett. De son côté, Ben participe à la bataille de Monmouth. Benedict Arnold, quant à lui, espère toujours séduire Peggy Shippen. Celle-ci, promise à un autre, investie d'une mission d'espionnage, ne peut ni lui dire la vérité ni l'éconduire sans ménagement...

Des soldats rebelles, qui renseignaient les Britanniques, sont pendus au camp de Washington. Pendant ce temps, chez les Woodhull, le père d'Abraham a des doutes sur les activités de son fils. De fait, Abe cherche toujours à récupérer la grille de cryptage du major Hewlett. Il demande à sa femme de l'aider. A Philadelphie, Benedict Arnold, commandant de la ville, présente à mademoiselle Shippen la nouvelle demeure où il entend vivre avec elle...

Le juge Woodhull dénonce son fils Abe au major Hewlett, mais grâce à Anna et à Mary, Abe réussit à partir avec son fils. Il se réfugie dans une ferme abandonnée. Là, il retrouve Robert Rogers, qui veut toujours connaître les secrets de son réseau d'espions. Pendant ce temps, le général Arnold, accusé de trahison, se plaint à Washington d'être calomnié. Ce dernier lui propose de passer en court martiale pour laver son honneur. A Setauket, le major Hewlett, influencé par Anna, accepte de passer un pacte avec Abe pour se débarrasser définitivement de Simcoe...

A Setauket, Anna Strong doit faire un choix : soit protéger Abe, soit sauver le major Hewlett. Après mûre réflexion, elle décide d'écouter son coeur. Une dispute entre Hewlett et le juge Woodhull vient toutefois contrecarrer ses projets. Pendant ce temps, le piège mis au point pour assassiner Simcoe prend forme. Ben et ses hommes l'attendent de pied ferme. Robert Rogers, caché dans la forêt, suit l'opération de près. A Philadelphie, le général Arnold se croit lavé des soupçons de trahison, mais le Congrès lui met des bâtons dans les roues...

Blessé à l'abdomen par les royalistes, poursuivi dans la forêt, Benjamin Talmadge s'évanouit près d'une maison isolée. Recueilli et soigné par la propriétaire des lieux, une femme qui vit seule, le soldat lui ment sur son identité. A Philadelphie, le général Arnold prend connaissance des exigences du major Andre. Manipulé par Peggy Shippen, l'officier de l'armée continentale s'apprête à livrer des informations capitales aux Britanniques. A Setauket, Anna Strong décide tout faire pour protéger le major Hewlett. Elle est prête, pour cela, à le faire démettre de ses fonctions. Le juge Woodhull lui apporte involontairement son aide lorsqu'il tente d'empêcher le mariage d'Anna avec Hewlett...

Anna Strong, qui a trouvé refuge au camp du général Washington aux côtés de Ben et de Caleb, espère reprendre ses activités d'espionnage. Elle est déçue d'apprendre qu'elle est écartée des opérations. A Setauket, le retour de Simcoe fait des vagues. Abe tente de sauver sa vie en mettant Simcoe sur la trace de Rogers. De son côté, le major Andre fait fabriquer de faux dollars pour inonder le marché des rebelles et faire s'effondrer leur système monétaire. Ben se lance à la poursuite des acheteurs chargés d'écouler les liasses...

Simcoe, lancé sur les traces de Rogers par Abe, resserre la nasse autour du fuyard. Par un incroyable concours de circonstance, Rogers, Anna Strong, Abe et Caleb se retouvent chez les Townsend le soir de Thanksgiving. A cette occasion, le réseau d'espionnage patiemment mis en place vacille. Pendant ce temps, à Philadelphie, le général Arnold se sent trahi par le major Andre. Il se tourne à nouveau vers le général Washington pour obtenir l'aide qu'il espère. Peggy Shippen, quant à elle, apprend l'infidélité du major Andre et se désespère...

A Setauket, le lieutenant Simcoe ne croit plus aux mensonges de Abe et menace de l'exécuter. Pour sauver sa vie, Abe lui montre la cache de Rogers et le fait passer pour l'espion de Washington. Simcoe, qui doute de cette version, décide néanmoins de tendre un piège à Rogers. Pendant ce temps, à Philadelphie, le général Arnold s'apprête à défendre son honneur au tribunal. Au camp de Middlebrook, Talmadge retrouve Sarah, qui a été capturée pour avoir participé à une embuscade des loyalistes...

Anna Strong est envoyée à New York pour obtenir des informations d'Abigail. Pour obtenir un laisser-passer, elle écrit au major Hewlett, qui accepte de la rencontrer. Townsend, de son côté, découvre une information capitale pour la survie de Washington et de ses troupes. Il se rend à Setauket pour en informer Abe. Caleb relaie son message jusqu'au camp de Washington, qui décide de prendre la milice pro-britannique par surprise. Pendant ce temps, Simcoe, toujours à la recherche de Rogers, sème les cadavres derrière lui...

Le général Arnold a obtenu de Washington le commandement du camp de West Point. Il y prend ses fonctions, accompagné par sa femme, Peggy Shippen, devenue Peggy Arnold. Il continue de négocier avec les Anglais pour trahir son camp. Une visite surprise de Washington le place dans une position délicate. Pendant ce temps à Setauket, Abe essaie de dresser les fermiers et les soldats de l'armée régulière anglaise contre Simcoe. Son manège ne passe pas inaperçu. Robert Rogers, lancé sur les traces du major Andre, prépare sa vengeance...

Sur le point de pendre Abe, Simcoe est arrêté in extremis par le juge Woodhull, qui réclame un procès équitable pour son fils. Simcoe y consent. C'est le magistrat en personne qui devra jouer le rôle du procureur. Sans surprise, Abe est condamné à mort. A West Point, après la trahison du général Arnold, Washington compte ses forces. Considéré comme une bien piètre prise par les Anglais, Arnold reçoit le grade de brigadier. Andre, prisonnier des rebelles, a été condamné à mort pour espionnage. Peggy se désespère. A New York, Robert Townsend reprend ses activités au sein du réseau Culper...

Benedict Arnold arrête des espions à New York. Abe complote pour détruire des approvisionnements britanniques essentiels, mais il aura besoin de l'aide de son père.

Lorsque l'un des membres de Culper Ring est capturé, Arnold cherche à l'interroger avec l'aide d'un impitoyable colonel Simcoe.

La stratégie d’Abe pour sauver Caleb prend une tournure mortelle. Anna doit prendre une décision contraignante. Benedict Arnold soupçonne que Peggy garde un secret.

Alors qu'une rébellion troublante commence à s'installer dans le camp, Culper Ring évalue qu'il doit développer un nouveau chemin. Benenedict Arnold fait la découverte d'un nouvel allié improbable. Rivington décide d'enseigner à Townsend une leçon mémorable.

Cherchant à se venger de Simcoe, Abe se rend à New York où il rencontre Benedict Arnold. Un visiteur du passé d'Anna arrive sur le terrain continental.

Le complot visant à enlever Benedict Arnold est lancé, alors que l'opération de New York prend un tournant. Peggy prend enfin conscience du secret caché de Cicéron et George Washington et les Français discutent de la stratégie.

Le plan de Ben pour kidnapper Benedict Arnold interfère avec le plan d'Abe de tuer Simcoe. Les loyautés changent et les vieux ennemis sont des alliés.

Abe se retrouve dangereusement jetés au milieu d’une bataille acharnée, comme Ben décide finalement de lancer un appel direct au général Washington. Townsend est déterminé à tout risquer, tandis que Caleb cherche désespérément à trouver la rédemption.

Washington se dirige vers le sud pour assiéger Yorktown. Abe cherche des volontaires pour l'armée continentale et Peggy entre en travail.

Une conclusion est finalement atteinte dans la guerre d'Indépendance américaine, car le jeune pays doit maintenant lutter pour commencer son voyage de la liberté. un règlement de compte entre les ombres et les espions doit être réglé.