Dans un passé indéterminé, le Docteur sauve un garçon piégé dans un champ de mines, découvrant trop tard qu'il s'agit du jeune Davros, futur créateur des Daleks. Des siècles plus tard, un agent de Davros, Colony Sarff, est à la recherche du Docteur. Il a un important message à lui transmettre. Sur Terre, Clara est contactée par Kate Stewart, qui lui annonce que tous les avions de la planète sont figés en plein vol et que Missy a envoyé un message, demandant à rencontrer le Docteur...

En 2119, l'équipe d'une station sous-marine découvre un vaisseau extraterrestre parmi les ruines d'une cité submergée. L'épave est récupérée mais un accident provoque la mort de Moran, le chef de l'équipe. Peu après, deux fantômes commençent à terroriser les occupants de la base : celui d'un extraterrestre et celui de Moran. C'est alors que le Docteur et Clara font leur apparition dans la station sous-marine...

Le Docteur voyage jusqu'en 1980 en compagnie de Bennet et O'Donnel sur les lieux du village englouti, encore à l'air libre à cette époque. C'est à ce moment que le vaisseau extraterrestre atterrit. Prentis est encore en vie et les inscriptions n'ont pas encore été gravées sur les murs de l'appareil. Dans le futur, Clara, Cass et Lunn réalisent que le fantôme du Docteur cherche à communiquer avec eux...

En escale sur Terre, Le Docteur et Clara sont capturés par des Vikings. Après avoir tenté en vain de les impressionner, le Docteur est témoin de l'apparition dans le ciel d'un être se faisant nommer Odin. Celui-ci fait disparaître les guerriers ainsi que Clara et une jeune femme du nom d'Ashildr. Resté seul, le Docteur tente de comprendre ce qui est arrivé à sa compagne...

En recherchant un artefact extraterrestre dans l'Angleterre du XVIIe siècle, le Docteur croise la route d'Ashildr, la Viking qu'il avait rendue immortelle. Ensemble, ils retrouvent l'artefact qui s'avère être un générateur de portail interdimensionnel...

La paix que le Docteur a contribué à établir entre humains et Zygons est menacée par une faction dissidente de Zygons. Osgood, depuis la ville de Truth or Consequences, envoie un message désespéré au Docteur. Il s'agit de ces simples mots : « scénario cauchemardesque »...

Bonnie, une Zygon séparatiste cherchant à déclencher une guerre entre son espèce et les humains, a pris l'apparence de Clara et maintient cette dernière en stase afin d'accéder à ses souvenirs. Elle abat l'avion transportant le Docteur et Osgood puis crée la panique en forçant un Zygon à reprendre sa véritable apparence dans un centre commercial. Clara, enfermée dans une version onirique de son appartement, parvient à envoyer un message au Docteur pour l'aider à démasquer Bonnie...

Au XXXVIIIe siècle, un vaisseau de sauvetage aborde la station spatiale « Le Verrier », qui n'émet plus de signal. Les quatre soldats de l'équipage découvrent le Docteur et Clara avant d'être pris en chasse par des créatures humanoïdes constituées de sable. Au cours de leur fuite, ils tombent sur un occupant de la station, le professeur Rassmussen, dans une capsule de sommeil...

Rigsy appelle Clara et le Docteur à l'aide. Il n'a aucun souvenir des événements de la journée précédente et porte désormais un tatouage sur la nuque, un compte à rebours. Après examen, le Docteur en déduit qu'il a été en contact avec des extraterrestres et qu'il mourra à la fin du décompte de son tatouage...

Après la mort de Clara, le Docteur a été téléporté dans une forteresse isolée au milieu des eaux, et est poursuivi par une créature voilée. Il entend bien en sortir et venger la mort de Clara...

De retour sur Gallifrey, le Docteur compte bien faire payer Rassilon, le président des Seigneurs du temps, pour l'avoir enfermé dans son cadran de confession, et pour avoir indirectement contribué à la mort de Clara... Mais il compte également se servir de sa position de héros de guerre...