A történet a Skaro bolygón kezdődik. A lerombolt dalek ősbolygóra a Doktor érkezik, hogy találkozzon egy rejtélyes nővel aki azt állítja magáról, hogy megszökött egy dalek fogolytáborból. A Doktor érzi, hogy csapdába sétál, de túl későn akar cselekedni és a nő homlokán megjelenik a dalek szemkocsány és lelövi a Doktort.

Eközben a Földön Amy és Rory éppen válófélben van. Rory Amy fotózására érkezik a válási papírokkal. Amikor távozik, egy stylist érkezik Amy-hez, beszélgetés közben a stylist homlokán is megjelenik a dalek szemkocsány és Amy-t is eltalálják a kábító lövedékkel. Rory-t pár perccel később, a buszon kapják el a dalekok.

Nem sokkal később mindhárman egy dalek űrhajón ébrednek fel, ahol a Dalek Parlament ülésezik. A Dalek Miniszter megbízza a Doktort egy feladattal: le kell menniük a dalekok menhelybolygójára és ki kell kapcsolniuk a védőpajzsokat, hogy a dalekok elpusztíthassák selejtes és őrült fajtársaikat. A Doktornak és társainak nem csak a beszámíthatatlan dalekoktól kell tartaniuk a bolygón, hanem a planétát körülvevő nano-felhőtől is, ami minden élőt (és holtat) dalekká változtat. A Doktorék rengeteg alkalommal szorult helyzetbe kerülnek, de a bolygón rekedt űrhajó utasainak utolsó túlélője, egy Oswin nevű lány mindig segít hőseinknek. De amikor a Doktor találkozik a lánnyal, szörnyű dolgot kell megállapítania...

Egy gigantikus űrhajó sodródik a Föld felé. A Doktor üzenetet kap, hogyha nem fordítja meg a hajót fél órán belül, akkor rakétákkal elpusztítják azt. A Doktor egy különös csapatot válogat össze a feladatra: Amy, Rory és Rory apja, Brian mellett még az ókori egyiptom királynője, Nefertiti és egy Riddel nevű afrikai vadász is érkezik 1902-ből. A Doktor csapatánál, már csak a hajó "utasai" furcsábbak. Az űrhajón igazi, élő dinoszauruszok vannak. Egy kisebb nyomozás után, rájönnek, hogy ez egy ősi szilúr hajó, ami azért épült, hogy megvédje az őshüllőket a kipusztulástól. A hajón, viszont nyoma sincs a szilúr faj képviselőinek. Ennek oka az, hogy egy Solomon nevű kapzsi űrkereskedő kidobta az űrbe a hibernált szílúrokat, hogy eladja az értékes őslényeket. A hajót viszont nem képes irányítani és vészesen fogy az idő. Hogy sikerül megmenteni a dinoszauruszokat a kihalástól és mi lesz Solomon és robotjai sorsa?

A Doktor és társai egy Mercy nevű vadnyugati faluba érkeznek. A Doktornak feltűnik, hogy a faluban villanyvilágítás van, miközben azt még fel sem találták. A fogadóba érve miután kiderül, hogy idegenek érkeztek Mercy-be, a falusiak kidobják őket a városból. Ebben a pillanatban megjelenik egy kiborg, aki kis híján rálő a Doktorra. A Doktor életét Isaac, a békebíró menti meg azzal, hogy visszahívja a városba. Ugyanis a Fegyverforgató, ahogy a falusiak hívják a kiborgot, megöl mindenkit, aki el meri hagyni a város területét. Ezt pedig addig folytatja amíg át nem adják neki a doktort.

Ez a doktor, azonban nem a mi Doktorunk, hanem egy Kahler Jex nevű idegen doktor, aki állítása szerint pár éve zuhant le űrhajójával a város mellett. Ekkor a Doktor nyomozásba kezd és nem kell sok idő, mire rájön Jex és a Fegyverforgató titkaira. Pár nappal később a Fegyverforagó végül átlépi Mercy kapuját és behatol a városba, hogy végezzen Jex-el, ekkor azonban elszabadul a pokol...

A történet a Földi jelenben, a "lassú invázió" évében játszódik. Amy és Rory egy nap arra ébrednek, hogy a Földet ellepték a különös, fekete kockák. A kockák nem csinálnak semmit, és minden egyes kis részletig megegyeznek egymással. A Földre érkező Doktor sem tudja mire vélni a kockákat és végül olyan unalmasnak nyilvánítja őket, hogy inkább elmegy a TARDIS-szal kalandozni. Egy-két hét alatt az emberek megszokják a kockákat és folytatják a mindennapi életüket. Rory apja Brian videónaplót kezd vezetni a fekete kockákról. A kockák a UNIT figyelmét is felkeltették és Kate Stewart (Lethbridge-Stewart tábornok lánya) nyomozásba kezd utánuk. Egy évvel az érkezésük után, a kockák aktivizálódnak. Mindegyik másképp: van amelyik lebegni kezd, van amelyik világít, megint másik pedig zenélni kezd. Egy óra sem telik el, mire a kockák deaktiválódnak. Ezután elkezdődik rajtuk a visszaszámlálás, és amint az a végéhez ér a kockák felnyílnak és a közelükben lévő embereknek megáll a szívük. A megoldás egy, a Föld felett lebegő űrhajóban van, amin kiderül, hogy az egészet a Shakri, a világegyetem megtisztitóji tervelték ki, hogy megszabadítsák az univerzumot az emberiségtől...

2012. New York. A Doktor, Amy és Rory a Central Parkban heverésznek. A Doktor egy Melody Melone nevű detektívről szóló könyvet olvas, de az utolsó lapot kitépi, mondván, hogy nem szereti a befejezéseket. Rory elmegy, hogy kávét hozzon Amy-nek és a Doktornak, de soha nem tér vissza. Út közben elkapja egy síró angyal és 1938-ba repíti, ahol találkozik River Song-gal. Ekkor öltönyös alakok elfogják Rivert, mint Melody Melone-t.

A Doktor és Amy a könyvből tudják meg, hogy mi történt Rory-val és River-rel. A TARDIS-hoz sietnek, hogy visszamenjenek az időben, de ez nem olyan egyszerű, mert az 1938-as New York tele van időtorzulásokkal és szinte lehetetlen leszállni a TARDIS-szal. Hosszas próbálkozás után a Doktor sikeresen leparkol, egy Grayle nevű műgyűjtő házában. Grayle-nek mindene a műgyűjtés és az ősi vázák mellett elkezdte begyűjteni a síró angyalokat. Az angyalok azonban megszöknek és elárasztják a várost.

A Doktor, Amy és River már együtt vannak, de Rory még mindig nincs meg. Mint kiderül a síró kerubok (fiatal síró angyalok) kiragadták a térből és áthelyezték egy Winter Quay nevű hotelbe, ahol látja meghalni az idős önmagát. Ez mind az angyalok terve, akikkel telis tele van a szálloda. Ide érkeznek meg a Doktorék, hogy kiszabadítsák Rory-t. Hossza hajsza után felérnek a tetőre, ahol Rory egy paradoxon létrehozásával próbál megszökni az angyalok elől. A terv beválik, amikor leugranak a tetőről.

Ezután egy temetőben ébrednek fel a jelenben. Mindenki örül, hogy élve megúszták, ám ekkor feltűnik egy életbe maradt síró angyal és könnyes búcsú kíséretében elválnak az utak...

A Földet teljes egészében behálózza a Wi-Fi. De valami él a Wi-Fi-ben és emberi tudatokat tölt fel.

Clara Oswin nevelőnőként dolgozik egy családnál és internetre lenne szüksége, de nem talál, ezért utánajár, hogy ki az illetékes ez ügyben és tárcsázza a számot. Eközben a középkori Cumbriában (Északkelet-Anglia) a szerzetesek megdöbbenve tapasztalják, hogy "Szent János harangjai megszólaltak". Szent János harangjait a TARDIS külső telefonjával azonosítják, ami rejtélyes módon csörög. A Doktor felveszi a telefont és megdöbbenésére Clara van a vonal túlsó végén. A Doktor nem késlekedik, rögvest a mai Földre utazik, hogy találkozzon Claraval, de a lány eközben felcsatlakozott a Wi-Fi-re és így észrevették. A londoni Shard épületében Miss Kizlet egy titokzatos ügyfél megbízásából embereket tölt fel a hálózatba. Egy mozgó router-t, egy Kanálfejű-t küld Clara-ért. A Doktor megmenti a lányt, de ekkor kezdődnek csak el a bajok: repülőt irányítanak a házra és Kanálfejűeket küldenek értük. Vajon, mi lesz a Doktorral és Claraval és ki is ez a titokzatos "ügyfél"?

A Doktor és Clara Akhaten Gyűrűihez érkeznek. Akhaten egy óriási gázbolygó, aminek a Szaturnuszhoz hasonló keringő aszteroidagyűrűji vannak. Ezer évente a helyi rendszer lakói összegyülnek egy nagy aszteroidán, hogy megtartsák az Áldozatok Fesztiválját. A nagy tömegben Clara összeakad egy kislánnyal, akit Merry-nek hívnak és állítása szerint ő az Évek Királynője és énekelnie kell az Ősi Istenhez, hogy az fel ne ébredjen. Clara megnyugtatja az ijedt Merry-t aki így kiáll a tömeg elé és belekezd a dalba. A dolgok azonban nem úgy alakulnak, ahogy kellene. Egy energiasugár az egyik azteoridán lévő piramisba repíti Merry-t egyenesen a Múmiához. A Doktor és Clara a kislány után sietnek, de ekkor megjelennek a Múmia védelmezői, a Virrasztók is. A Doktor a szonikus csavarhúzó és Merry énekének köszönhetően kimenekíti társait a piramisból, de ekkor az Ősi Isten visszatér és pusztulás vár a világra, ha a Idő Lord és társa nem találnak ki valamit...

1983-at írunk. A hidegháborús ídőben egy szovjet tengeralattjárón hadgyakorlatot tartanak az Északi-sarkon. A tengeralattjáró tele van nukleáris töltetekkel, mellyek közül, ha egyet is kilőnek, kirobban a harmadik világháború. Azonban a töltetek mellett egy sokkal érdekesebb dolog is van a hajóban: egy jégbe fagyott mamut. Legalábbis a tengeralattjáróban utazó professzor ezt hiszi. Elmélete azonban abban a pillanatban megdől, amikor a jégtömb elolvad és a benne lévő Jégharcos tombolni kezd. Ekkor érkezik meg a Doktor és Clara, majd amint kiszállnak a TARDIS-ből, az az éppen felfrissített védelmi programának köszönhetően egy pillanat alatt eltűnik. Nem jók a kilátások: a Doktor TARDIS nélkül maradt társával és a tengeralattjáró megmaradt tizenkét utasával elvágva a külvilágtól. A tengeralattjáró megfeneklett és Skaldak Nagymarsall (ahogy a Jégharcos hívja magát) 5000 évnyi fogság után faját gyászolva el akarja pusztítani az emberiséget...

A Doktor és Clara a Caliburn házba érkeznek 1972-be. A hátborzongató házban Alec Palmer és segédje, Emma Grayling egy kísértetet keresnek. "Caliburn-i Szellem, a Sötétség Hajadona, a Kút Boszorkánya"- sorolja az elveszett lélek neveit Alec.

Azonban a Doktor nyomozásba kezd a kísértettel kapcsolatban, ezért a TARDIS segítségével bejárja az Idő-Örvényt és fényképeket készít a Föld születésétől a pusztulásáig. A képek segítségével rájön a szellem kilétére és Emma médiumi képességeinek segítségével átlép a "kísértet" világába, ahol egy félelmeses lény él a ködborította fák között...

A Doktor épp Clarat tanítja a TARDIS vezetésére, ezért lekapcsolja a hajó védelmét. Egy hulladékgyűjtő űrhajó radarja kiszúrja az értékes időgépet és rögvest begyűjti. Ez a módszer nem tesz sok jót a TARDIS-nak, így az megsérül. A Doktor kijut, de Clara elvész a végtelen fojosók és szobák útvesztőjében. Ezt követően a Doktor behívja TARDIS-ba a bajokért felelős testvéreket, akik a hulladékszállító tulajdonosai, és bezárja őket az időgépbe majd bekapcsolja az önmegsemmisítőt: 30 perc áll a testvérek rendelkezésére, hogy segítsenek a Doktornak megtalálni Clara-t. Eközben az űrhajó belsejébe múlt és jövő összefolyik, és a Harmónia Szeme is robbanásra készül. A Doktornak meg kell állapítania, hogy az egyetlen mód a megmenekülésre, ha eljutnak a TARDIS középpontjába, de az utazást akadályozzák a hajó belsejében feltűnő rejtélyes zombiszerű lények.

1893: Madame Vashtra, Jenny és Strax a viktoriánus Yorkshire-be érkeznek, hogy kiderítsék, hogy mi is ez a titokzatos karmazsin horror. Emberek tűnnek el, majd ezt követőn már csak bíborvörös holttestüket tudják azonosítani. Yorkshire-ben található Sweetville, Mrs. Gylliflower állítólagos gyufagyára, ám az emberek azt suttogják, hogy aki oda belép többé nem látják. A trió nyomozni kezd és Jenny be is jut a titokzatos gyárba, amiről kiderül, hogy nem is egy gyár. Jenny itt találja meg a karmazsinvörös Doktort, aki egy szót sem tud szolni, és alig tud mozogni. Röviddel ezután az Idő Lord helyrehozza önmagát, de a gondok csak most kezdődnek. Hová lett Clara? Mi történik az emberekkel Mrs. Gillyflower "gyárában"? És hogyan jönnek a képbe a 65 millió évvel ezelőtt élt vörös piócák? Ezentúl a Doktornak akarva - akaratlan két új utitársa lesz Clara-nak köszönhetően.

A Doktor, Clara, Artie és Angie az Univerzum legnagyobb vidámparkjába, Hedgewick Világába érkeznek. A bolygót azonban a császár parancsára lezárták és fegyveresek őrzik. Az emberekben még mindig erősen él a kiborgok emléke, de mindenki tudja, hogy nincsenek már élő kiborgok. Ekkor azonban a Kiborg Tudat irányításával Kiberatkák kezdik el végezni fejlesztő tevékenységüket és rövidesen felfejlesztik a körülöttük lévőket: a vidámparkból ittmaradt Wibbly-t, Artie-t, Angie-t és még a Doktort is. Már mindenki kompatibilis.

A Doktor összecsap az elméjébe beleköltözött Kiborg Tudattal, de a tét nagy: ha nyer megmenekülnek a gyerekek és elhagyhatják a bolygót, de ha veszít a Kiborg Tudat átveszi a Doktor elméje felett az uralmat és kiborgok milliói árasztják el az univerzumot...