Amy és Rory, valamint River Song egy-egy tardiskék színű borítékot kapnak, benne pontos hely és idő meghatározással – egy utahbeli sivatagi tó partjára invitálják őket. Odaérve a Doktor várja őket. Piknik, majd utazás 1969-be, mondja. Piknikezés közben megjelenik egy Mr. Delaware nevű öregember (ugyancsak kék borítékkal a kezében) és közli, hogy még látják majd őt, aztán egy űrhajós emelkedik ki a tóból. Az odasiető Doktort lelövi. A regenerálólódó Doktorra ismét rálő, a Doktor ekkor véglegesen meghal. Mr. Delaware egy kanna benzint hoz és közli a Doktor utolsó kívánságát: hamvasszák el... amit teljesítenek is, a Doktor teste elenyészik egy csónakban.

3 hónappal később: A Doktor fogoly, Mr Delaware és az FBI Amy, Rory és River Song után vadászik. Látszólag sikerrel. A Doktor szuperbiztos börtöne azonban csak a kívülállók számára szuperbiztos... A Doktor társai szervezetébe egy felvevőcsipet helyez, hogy megmaradjon a csendekkel való találkozások nyoma.

Ezután a kislány nyomába erednek és egy már bezárt New York-i árvaházba érnek. A házban egyedül csak Dr. Renfrew él és "az a feladatom, hogy vigyázzak a lányra..." Az egyetlen lakott szobában Amy egy meglepő fényképet talál és ismét találkozik a szkafanderes kislánnyal és a csendekkel. Segélykiáltására a többiek odarohannak, de Amynek hűlt helye, a szkafander üres... Kiderül, hogyan lehet az emberiséget az ősidőktől fogva láthatatlanul irányító csendektől megszabadulni. Ehhez kapóra jön, hogy éppen indulóban van az Apolló 11-gyel az első ember a Holdra...

Egy 17. századbeli kalózhajó Henry Avery kapitánnyal és társaival jó ideje vesztegel a szélcsendes tengeren, közben egy szirén ragadja el az embereket. Aki a legkisebb sérülést is szerzi, egy fekete pont jelenik meg a tenyerén, majd egy felbukkanó szirén énekével magához csábítja és megérintve eltünteti. A Doktor és társai is valahogy a hajóra vetődnek. Kezdetben potyautasoknak nézik őket, Amyt lotyónak, és kis híján a tengerbe hajítják őket. Kezdetben úgy tűnik, hogy a szirén a vízből bukkan elő, de a Doktor rájön, hogy a fényes, tükröződő felületekből lép elő. A helyzetet csak bonyolítja, hogy a TARDIS is eltűnik és előkerül egy igazi potyautas is, a kapitány tízéves fia. A szirén hamarosan elragadja a kapitány tífuszos fiát és a vízbe esett, fuldokló Roryt is. Az egyetlen kiút, ha a Doktor, Amy és kapitány hagyja magát is elragadni...

A Doktor egy üzenetközvetítő hiperkockát kap, amiben egy Kalóz nevű Idő Lord kér segítséget, a Doktor régi ismerőse. A hívás a világegyetemen kívülről érkezik. A téridő repedésen áthaladva egy aszteroidra, egy hatalmas roncstelepre érkeznek, ahol valami kiszívja a matrixot, a TARDIS "lelkét". A Doktort két őregember, a Nagybácsi és a Nagynéni, az Unokaöccs (egy ood), valamint Idris, egy furcsán viselkedő hölgy fogadja. Itt van még a "Ház" nevű titokzatos láthatatlan valaki, aki a többieket óvja, sőt mint hamarosan kiderül, irányítja és időnként pótolja tönkrement részeiket. A Doktor a Nagybácsi karján levő tetoválásból rájön, hogy az egykoron Kalóz karja volt... A Doktor Amyt és Roryt a TARDIS-ba küldi, sőt bezárja, hogy ne zavarják őt. A Ház azonban behatol a TARDIS-ba és a végtelen és önmagukba visszatérő folyosókon furcsa dolgok veszik kezdetüket... A Doktor megkeresi a ketrecbe zárt Idrist. A nő meglepően sok mindent tud a Doktorról és a TARDIS-ról: azt állítja, hogy annak idején nem a Doktor csaklizott el egy TARDIS-t Gallifrey-ről, hanem igazából a TARDIS csaklizta el a Doktort...

Egy igen heves napkitörés, egy napcunami miatt a TARDIS egy szigeten, egy 13. századi kolostorkastélynál materializálódik a 22. században, a kastélyból egy 1964-es Dusty Springfield szám szűrődik ki. A kastélyban egy gyár van, az öt ember Miranda Cleaves vezetésével egy rendkívül erős savat termel és pumpál a szárazföldre. A veszélyes munkához egyfajta élő ektoplazmából, amit csak "Húsnak" hívnak, tökéletes, de a sav miatt gyorsan "elhasználódó" hasonmásokat (ganger = doppelgänger) tudnak készíteni. A Hús mintha vonzaná a Doktort és kapcsolatba akarna lépni vele, ha hozzá közelít... A napcunami ide is elérkezik, egy hatalmas energiakisülés miatt mindenki elveszti az eszméletét, a hasonmások megsemmisülnek – legalábbis így hiszik a magukhoz térő emberek. A megzavart berendezés és az élő Hús azonban új hasonmásokat hoz létre. Másolatok csupán vagy egyenrangúak az "eredetiekkel"? A másolatok egy része azt hiszi, ő az eredeti, Rory identitászavarral küszködő Jennifer-másolatot pátyolgatja. Mások saválló ruhába öltözve az igazi embereket akarnák megölni, az emberek pedig megpróbálják kitalálni, ki az eredeti és ki nem...

A két Doktor láthatólag nagyon jól megvan egymással, ellentétben az emberekkel és másolataikkal. A másolatok ténykedése miatt a sav robbanással fenyeget, az emberek mentőhelikoptert kérnek a szárazföldről, igaz, hiába. Roryt a másolat Jennifer többszörösen is becsapja, sőt egyre jobban elfajzik és a végén átalakul... Amy bizalmának hullámzása a Doktorok között... Hogyan használható a szónikus csavarhúzó az ember/másolat megkülönböztetésére? Az utolsó pillanatban ki megy el a TARDIS-szal és ki marad: a Doktor vagy a másolata? Amy utolsó pillanat utáni meglepetése...

A Doktor és Rory csapatot szervez Amy felkutatására – többek között szilúrok, szontárok, judonok alkotják a csapatot, Avery kapitány, egy Dorium Maldovar nevű kék kereskedő és Lorna, egy önként csatlakozó lány a Gamma Erdőből. River Song nem csatlakozik, csak megjegyzi a börtönében, hogy eljött a Doktor sötét napja. Rory a kiborgokból erőszakkal kiszedi, hogy Amy a Demons Run nevű aszteroidán van, ami a Fejnélküli Szerzetesek bázisa. Egyik oldalon Amy újszülött lányának, Melodynak az elrablója, Madame Kovarian a Fejnélküli Szerzetesekkel és Manton ezredes katonáival, a másik oldalon a Doktor és csapata... Bár a Doktor és szövetségesei látszólag győznek az ütközetben, kiszabadítják Amyt és visszaszerzik a gyereket, Madame Kovarian kétszeres csapdát állít a Doktornak, amik részben be is jön. Milyen üzenet van a Doktor egykori bölcsőjének oldalába gallifrey-i jelekkel bevésve?... A gyerek és River Song rejtélye (majdnem) megoldódik.

Amy és Rory üzenetet hagynak a Doktornak egy autóval rajzolt gabonakör formájában.

De nemcsak a Doktor érkezik a helyszínre, hanem Amy-ék gyerekkori barátnője Mels is. Üldözi a rendőrség, ezért kényszeríti a Doktort, hogy vigye el, de közben meglövi a TARDIS-t. 1938-ban kötnek ki, Hitler dolgozószobájában. Itt a zűrzavarban egy lövés eltalálja Mels-et, aki mindenki meglepetésére regenerálódik, és új alakjában River Song-ot köszönthetjük, aki Madame Kovarian-nak köszönhetően pszichopatává vált. Eközben a Tesselecta alakváltó igazságosztó robot náci háborús bűnösökre vadászik... River Song(azaz Melody Pond)megmérgezi a Doktort, majd őrült ámokfutásra indul Berlinben. A Doktor nem tud regenerálódni, haldoklik. Hogyan menekül meg mégis River Song, a Tesselecta és Amy segítségével?

A történet egy lakótelepi házban élő 8 éves kisfiúról, George-ról szól, aki minden éjszaka retteg és sehogy sem tud elaludni. A félelme olyan erős, hogy az átjut téren és időn át egyenesen a Doktor pszichikus papírjára.

A Doktor felkeresi a kisfiú családját és megpróbálja kideríteni, hogy mi lehet George baja. Eközben Amy és Rory is nyomozásba kezd több kevesebb sikerrel. Amikor beszállnak a liftbe, az nem a legközelebbi emeletre szállítja őket, hanem egy sötét babaház belsejébe, ami telis tele van George félelmeivel: Ijesztő játékokkal, a lift hangjával és mozgó játékbabákkal. Nem kell sok idő, mire Amy is babává változik. Hogyan menekülnek meg a babaházból? Mi George legnagyobb félelme? És vajon mi történik ha a Doktor kinyitja a szekrény ajtaját, ahová George rémálmai vannak bezárva?

A Doktor, Amy és Rory az Apalapucia nevű üdülőbolygóra érkeznek.Amint kiszállnak a TARDIS-ból a beígért paradicsom helyett, egy fehér szobába érkeznek, amin egyetlen ajtó van egy zöld és egy piros gombbal. A Doktor és Rory a Zöld Horgonyt, a pár perccel később érkező Amy pedig a Vörös Vízesést nyomja meg. Így történt az, hogy elkeverednek az idősíkok között.

A bolygón lévő Kézbotok egy járványról figyelmeztetik a látogatókat, ami a két szívű fajokra (például az Idő Lordokra) halálos veszélyt jelent. A Doktor visszavonul a TARDIS-ba mielőtt megfertőződne a kórtól. Elviszik Rory-val a szobában található idő-üveget, amit GPS-nek akarnak használni Amy felkutatásának érdekében. Végül sikerrel is járnak, megtalálják Amyt, csak egy "kicsit" elkéstek. Amy-nek 36 évet kellett várnia, és ezért nem hajlandó segíteni a Doktoréknak, hogy megtalálják a fiatalabb énjét. Az idős Amy-t végül a fiatalabbik énje győzi meg, de Rory-nak választania kell, hogy melyik feleségét viszi magával a TARDIS-ba...

A TARDIS egy Földi hotelben materializálódik, amiről később kiderül, hogy nem is annyira Földi,mint amilyennek látszik. A folyosók állandóan változnak, és minden szobába az emberek megelevenedett félelmei lakoznak. A Doktor és társai itt találkoznak a hotel többi foglyával, akik tájékoztatják őket, hogy mindenki számára van egy szoba a hotelben, és ha megtalálja valaki a sajátját akkor minden megváltozik vele.

A Doktor rájön, hogy amint valaki találkozik a legnagyobb félelmével, egyből ahhoz fordul amiben a legjobban hisz. A hotelben élő Nimón(minotaurusz kinézetű idegen faj) éppen ezt használja ki. Magába szívja az emberek hitét, így azok kiüresedve meghalnak. A bajok ott kezdődnek amikor Amy is elkezdi magasztalni a Nimón-t és a Doktor rájön, hogy a lány benne, a Doktorban hisz a legjobban. Hogy sikerül megmenteni Amy életét és hogy győzik le a Nimónt? Vajon mi lesz Amy és Rory sorsa?

A Doktor miután elbúcsúzott Amy-től és Rory-tól felkeresi egy régi barátját, Craig-et. [Az albérlő (The lodger) - 2010] Időközben Craig-nek és Sophie-nak megszületett a közös gyerekük Alfie. A Doktor közli Craig-gel, hogy ért a kisbabák nyelvén és Alfie-nak nem tetszik a neve, jobban örülne, ha Viharmesternek szólítanák.

Másnap amikor Craig a közeli boltba megy Alfie-val(vagy Viharmesterrel), találkozik a Doktorral, aki bolti eladóként dolgozik. Ez mind csak álca arra, hogy kiderítse, mi okozza a rejtélyes áramingadozásokat. A nyomozás sikerrel jár, amikor a Doktor és Craig a liftben egy teleportra bukkannak, ami egy kiborg hajóra repíti őket. A Doktor és Craig nagy nehezen rájönne, hogy győzzék le a kiborgokat és ebben Alfie segít a legtöbbet. A Doktor végül elfogadja a sorsát. Itt az idő, hogy véget vessen életének és elmenjen a Silencio-tóhoz Utah-ba. Eközben Madame Kovarian rátalál River Song-ra és megtudjuk, hogy ki is az az űrhajós aki halálra sújtja az Idő Lordot...

London, 2011. április 22. délután 05:02. Egybeolvadt az idő, a világegyetem haldoklik. Ekkor a Szent Római Császár, Winston Churchill, magához hívatja a foglyul ejtett Doktort, hogy megtudja, hogy mi is történt az idővel.

A Doktor elmeséli, hogy miután beletörődött a sorsába, ki akarta deríteni, hogy miért vadászik rá a Csend. Útja során sok mindenkivel találkozik, aki segítségére lehet például a Tessellectával és Dorium Maldovar fejével. A történet végén megoldódik a Csend rejtélye, utoljára találkozunk Madame Kovariannal és az is kiderül, hogy kivel köti össze az életét River Song. Majd miután a Doktor "meghal" a lehetetlen űrhajós keze által egy kámzsás alak érkezik Doriumhoz, aki nem más mint a Doktor. Épen és egészben...