Amy Pond et Rory Williams retrouvent River Song, le Docteur et un certain Canton Everett Delaware III au bord d'un lac de l'Utah, chacun ayant reçu une mystérieuse invitation dans une enveloppe bleue. Soudain un astronaute émerge du lac et tire mortellement sur le Docteur, tandis qu'une version plus jeune de ce dernier les retrouve, ignorant le drame qui l'attend dans le futur. L'équipe se rendra en 1969 pour résoudre le mystère des enveloppes bleues ; ils rencontreront Richard Nixon et Canton, plus jeune...

Le Docteur est enfermé dans la prison parfaite. Amy, Rory et River Song sont pourchassés par le FBI à travers l’Amérique. Avec l’aide de Canton Everett Delaware III, nos héros devront faire face à l'insidieuse invasions de la Terre par le Silence...

Le TARDIS se matérialise sur un navire pirate du XVIIe siècle. L'équipage est en détresse, attaqué par une créature marine qui attire les pirates par ses chants avant de les faire disparaître. Si le capitaine est persuadé qu'il s'agit d'une sirène, le Docteur a une autre idée sur la question...

Le Docteur détecte un signal de détresse d'un Seigneur du temps au confins de l'Univers. Alors qu'il débarque avec Amy et Rory sur un astéroïde désolé, l'âme du TARDIS disparaît... Le Docteur va vite comprendre que lui et ses amis sont en danger et que l'appel de détresse est un leurre pour Seigneurs du Temps...

Le TARDIS est pris dans les premières vagues d'un tsunami solaire et se pose sur Terre, au XXIIe siècle. Le Docteur, Amy et Rory découvrent un complexe chimique, bâti dans un ancien monastère et occupé par une équipe réduite. Cette dernière fait appel à des clones qu'elle peut contrôler pour les tâches les plus dangereuses. Mais lorsque le tsunami solaire frappe la Terre, les clones se rebellent...

Le tsunami solaire progresse sur l'île. Les clones montent une rébellion tandis que les humains préparent une riposte. Le Docteur va tenter de déminer la situation avec l'aide de son propre clone...

Amy Pond a été enlevée et le Docteur lève une armée pour venir à son secours. Mais tandis que Rory et lui rassemblent d'anciens alliés pour cette mission, ses ennemis préparent un piège soigneusement dissimulé...

Le Docteur recherche Melody, la fille d'Amy et Rory. Sa quête le mènera dans le Berlin des années 1930, et le confrontera à Hitler et, surtout, à River Song, qui n'est nulle autre qu'une incarnation de Melody Pond. Mais cette dernière a été conditionnée pour assassiner le Docteur...

Le Docteur reçoit l'appel au secours d'un jeune garçon aux prises avec ses peurs, au grand dam de ses parents. Mais apaiser les craintes de cet enfant ne sera pas facile si les monstres de son imagination s'avèrent plus que réels...

Amy est prisonnière dans une unité de quarantaine réservée aux victimes d'un virus alien. Si le Docteur venait à être contaminé à son tour, il succomberait en 24 heures. Rory sera seul pour retrouver Amy à travers l'unité et les courants temporels...

Le TARDIS a été dévié de sa trajectoire et se matérialise dans un hôtel au style désuet, dont les couloirs et les pièces changent constamment de place. Amy, Rory et le Docteur vont découvrir à leurs dépens que chaque chambre révèle à son hôte son pire cauchemar...

Le Docteur a quitté Amy et Rory et voyage seul avant de faire face à son inéluctable destin. Il réserve une dernière visite à Craig Owens, son colocataire d'un temps. Mais des fluctuations électriques, de mystérieuses disparitions l'apparition furtive d'un rat argenté dans un grand magasin vont entraîner le Docteur et son ami dans une confrontation avec les Cybermen...

Le Docteur part pour son dernier voyage au lac Silencio, dans l'Utah, avec la conviction que seule sa mort peut préserver l'Univers. Mais c'est sans compter sur l'obstination de River Song...