El Doctor se ha regenerado en un hombre nuevo, pero se encuentra en peligro antes de recuperarse. La TARDIS se destruye y el destornillador sónico se funde. El nuevo Doctor sólo tiene veinte minutos para salvar al mundo, y sólo Amy Pond puede ayudarlo.

Para el primer viaje de Amy Pond en la TARDIS, el Undécimo Doctor la lleva al siglo XXXIII, done todos los ciudadanos del Reino Unido (salvo los escoceses) viven en la nave Starship UK, buscando un planeta para vivir, mientras la Tierra está siendo rostizada por llamaradas solares. El Doctor descubre que algo anda mal en la nave. Los ciudadanos les temen a "los sonrientes en las cajas" e ignoran a los niños que lloran. ¿Qué está sucediendo? ¿Qué secretos esconde Starship UK en sus profundidades? Sin importar lo que elija, el único resultado es la muerte.

Al recibir un llamado de ayuda de Winston Churchill, el Doctor y Amy Pond viajan a la Segunda Guerra Mundial. Al llegar ahí, el Doctor se reunirá con su más grande enemigo: los Daleks. ¿Pero por qué estos sobrevivientes de la Guerra de la Cascada Medusa se hacen pasar por inventos humanos? ¿Por qué no reconocen al Doctor? ¿Qué podrían haber planeado estos "Ironsides"?

La enigmática River Song choca de nuevo con la vida del Doctor, pero ella no es la única cara conocida en regresar, ¡los ángeles llorosos están de vuelta! A partir de una llamada de River Song, el Doctor es contratado para ayudar a localizar al último de los ángeles que ha escapado del crucero estelar Bizancio y se ha adentrado en el terrible Laberinto de los Muertos.

Es callejón sin salida, de ninguna manera se puede volver. Atrapados por un ejército de ángeles llorosos y una misteriosa grieta cada vez mayor, el Doctor y el grupo restante intentan escapar a través de los escombros de un crucero espacial estrellado. Mientras tanto, en la bóveda del bosque, Amy se enfrenta a un ataque mucho más mortal por parte de los ángeles.

El Undécimo Doctor lleva a Amy y a Rory en un viaje romántico a Venecia, en el año 1580, para así lograr que Amy se concentre en su relación con su prometido. Sin embargo, las cosas no son como parecen. Advertencias acerca del avance de la plaga, pese a haber sido erradicada años atrás, mientras que chicas pálidas y terroríficas, a quienes no les gusta el sol merodean por la ciudad. ¿Podría tener que ver con la escuela de la misteriosa Rosanna Calvierri?

Han pasado cinco años desde que Amy Pond viajó por última vez con el Doctor, y cuando este aterriza en su jardín, ella se enfrentará una dura elección que cambiará su vida para siempre. Tendrán que elegir cual es el mundo del sueño y cual el de la realidad.

Es el año 2020 y el más ambicioso proyecto de perforación de la historia ha penetrado la corteza terrestre más profundo que nunca antes. Pero ahora, el suelo ha empezado a rebelarse. El Undécimo Doctor, Amy y Rory llegan a un pequeño pueblo minero, y se enfrentan en una batalla con un peligro de eras pasadas.

Nuevamente el Undécimo Doctor se reunirá con miembros de la raza Siluriana. ¿Podrá esta vez prevenir la destrucción de la raza a manos de los humanos o logrará establecer la paz y traer un mejor futuro para ambas razas del planeta Tierra?

Mientras tanto, hay otras preguntas sin responder: ¿Podrá confiarse en que Ambrose mantendrá viva a Alaya? ¿Qué le sucede a la herida de Tony Mack? ¿Son los Silurianos los responsables de las tumbas vacías? ¿Qué le esperará a Mo y a Amy cuando un doctor Siluriano intente ver cómo funcionan sus cuerpos?

Al llevar a Amy a lugares tranquilos, el viaje a un museo los prepara para lo peor; el interés del Doctor se despierta cuando ve un cuadro de una iglesia hecho por Vincent van Gogh. Lo que pasa es que el Doctor encuentra una cara en la ventana de la iglesia; y no es una cara bonita, es una aterradora, oscura y curiosa con un pico y ojos malévolos. El Doctor conoce la maldad cuando la encuentra y esta cara definitivamente lo es; podría ser una amenaza para aquel que haya pintado esta cara en la iglesia. La única cosa que calmará los nervios del Doctor será un viaje en la TARDIS a 1890 para que este pueda averiguarlo a través del mismo artista.

Una misteriosa fuerza bloquea la TARDIS - con Amy dentro - al aterrizar, atrapándola en un bucle de materialización. Todo depende de que el Doctor averigüe que fuerza es, antes de que Amy se pierda para siempre junto a su hogar. Mientras investiga, descubre que en una casa de Aickman Road, la gente sube por sus escaleras, pero nunca vuelve a bajar. Para resolver este misterio, el Doctor debe hacerse pasar por un humano normal y compartir piso con Craig Owens.

Un cuadro de Van Gogh transportado durante cientos de años que proclama una profecía aterradora, un mensaje en el acantilado más antiguo del universo y un amor de al menos cien años: en 102 A.C Inglaterra, los Romanos reciben una visita sorpresa de Cleopatra. Cerca, Stonhenge contiene la Pandórica, una caja-prisión legendaria. Cuando lentamente comienza a abrirse desde dentro, terribles fuerzas descienden de los cielos. El destino se arremolina alrededor de la TARDIS. La Pandórica, que contiene la amenaza más peligrosa del universo, se está abriendo. Sólo una cosa es cierta: "La Pandórica se abrirá... el silencio caerá".

La Alianza ha atrapado al Doctor en el interior de la Pandórica, la TARDIS ha explotado con River dentro, Rory ha disparado a Amy y las grietas se han tragado todo excepto la Tierra y la Luna. El futuro de toda la existencia cuelga en las manos de una niña pequeña que sigue creyendo en las estrellas.