In London feiert ein Hersteller von Diätpillen mit seinem neuesten Produkt sensationelle Erfolge: nach Einnahme der Pille verliert ein Patient sofort an Gewicht. Doch aus dem überschüssigen Fett des Patienten schlüpfen gefährliche Aliens. Eine tödliche Gefahr, die den Doktor auf den Plan ruft.

Zusammen mit seiner Begleiterin Donna Noble reist der Doktor ins antike Pompeij des Jahres 72 nach Christus. Der Vulkanausbruch steht hier unmittelbar bevor und bedroht die Stadt. Und es kommt noch schlimmer: in der Lava des Vulkans tummeln sich gefährliche Wesen aus Stein. Sie wollen die gesamte Menschheit in ihresgleichen verwandeln. Kann der Doc die steinigen Monster stoppen?

Der Doktor reist mit Donna ins Jahr 4126 zum Planeten Ood. Die hier lebenden Aliens heißen Ood und sie werden von einer skrupellosen Firma im gesamten Weltall als Sklaven verkauft. Obwohl die Ood eine intelligente Spezies sind, verhalten sie sich extrem unterwürfig und lehnen sich nicht gegen die Versklavung auf. Als der Doc nach den Ursachen für dieses Verhalten forscht, macht er eine grausame Entdeckung.

Der Doktor wird von seiner früheren Begleiterin Martha Jones zur Hilfe gerufen. Sie arbeitet in einer Spezialeinheit zur Abwehr von gefährlichen Aliens. Martha ist besorgt über einen neuen Superkatalysator namens ATMOS, der millionenfach in Autos verbaut wurde. Die ATMOS-Technologie ist viel zu komplex, als dass ein Mensch sie hätte erfinden können. Außerdem gibt es weltweit bereits über 50 Tote, die irgendwie in Zusammenhang mit ATMOS zu stehen scheinen. Bei den Nachforschungen trifft der Doc auf einen altbekannten Feind ...

Der teuflische Masterplan der Sontaraner kommt zum Einsatz: aus den ATMOS-Katalysatoren, die in Millionen von Autos stecken, strömt plötzlich Giftgas in die Atmosphäre. Für den Doktor, Donna und Martha Jones beginnt ein Rennen gegen die Zeit, um die tödliche Giftgaswolke zu neutralisieren.

Auf dem Planeten Messaline gerät der Doktor mit seinen Begleiterinnen Donna und Martha in einen blutigen Krieg zwischen den fischartigen Hath und den Menschen. Während Martha von den Hath entführt wird, versucht der General Cobb, mit einer Klonmaschine aus der DNA des Docs die perfekte Kriegerin zu erschaffen. Findet der Doc einen Ausweg?

Auf einer Dinner Party bei Lady Clemence Eddison im Jahr 1926 treffen der Doktor und Donna auf die berühmte Krimiautorin Agatha Christie. Zu dritt kommen sie einem Juwelendieb auf die Spur und klären eine Mordserie auf.

Der Doktor und Donna reisen ins 51.Jahrhundert zur größten Bibliothek des Universums. Sie hat die Größe eines ganzen Planeten. Überrascht stellen Donna und der Doc fest, dass die Bibliothek verlassen und komplett leer ist. Nur die letzten Worte des Bibliothekars sind hier zu lesen: 'Hütet Euch vor den Schatten!' Können der Doc und Donna das Geheimnis der Bibliothek lüften?

Zusammen mit dem mysteriösen Archäologen River Song ist der Doktor auf der Flucht vor den Vashta Nerada. Diese mikroskopisch kleine Spezies tarnt sich als einfacher Schatten und skelettiert seine Opfer in Sekundenschnelle. Auf die Hilfe seiner Gefährtin Donna kann der Doc leider nicht hoffen. Sie wird in einer künstlichen Realität gefangen gehalten.

Der Doktor erholt sich auf dem kristallinen Ferienplaneten Midnight. Während einer Bustour fährt dort eine unbekannte Macht in eine Touristin namens Sky Silvestry. Unermüdlich wiederholt sie plötzlich jedes Wort, das im Bus gesprochen wird. Die Mitfahrer geraten derart in Panik, dass der Doc einschreiten muss, damit Sky nicht aus dem Bus geworfen wird. Steckt wirklich eine Bedrohung dahinter?

Donna lässt sich von einer Hellseherin die Zukunft voraussagen. Doch etwas geht schief: sie findet sich urplötzlich in einer völlig neuen Zeitlinie wieder. Mit dem Doktor ist sie in dieser neuen Zeitlinie niemals zusammengetroffen - er ist tot! Doch es naht Hilfe: Rose Tyler, die frühere Begleiterin des Doc, reist aus einem Paralleluniversum an und versucht mit Donna, die alte Zeitlinie zurückzubekommen.

Davros, der Schöpfer der Dalek, ist zurück! Er kidnappt 27 Planeten - darunter auch die Erde. Zeitgleich fallen die Dalek auf der Erde ein und planen, diese zu übernehmen. Doch der Doktor und Donna organisieren Wiederstand. Gemeinsam mit alten Bekannten wie Captain Jack Harkness, Sarah Jane Smith, Martha Jones und Rose Tyler nehmen sie den Kampf gegen die Dalek auf.

Hilflos muss der verwundete Doktor zusehen, wie Davros und seine Dalek ihren größenwahnsinnigen Zerstörungsplan weiter umsetzen. Seine letzte Hoffnung ruht auf der Geheimarmee seiner Gefährten. Sie planen, Davros höchstpersönlich anzugreifen, doch eine Prophezeiung verheißt, dass einer von ihnen dabei sterben wird.