Lancée par Adipose Industry, une nouvelle pilule qui permet de perdre du poids fait fureur à Londres. Le Docteur mène l'enquête pour découvrir ce qui se cache derrière ce médicament miracle. Au cours de ses investigations, il croise sur son chemin Donna Noble, qui cherche également à en savoir plus sur cet étrange produit...

Donna et le Docteur et Donna voyagent jusqu'à l'époque romaine dans la célèbre ville de Pompéi, avant sa destruction par l'éruption du Vésuve. Mais une fois sur place la découverte d'un ennemi très puissant fait se profiler une grande menace sur l'histoire et place les deux voyageurs du temps face à un cruel dilemme...

Le Docteur poursuit son voyage en compagnie de Donna. Ils atterrissent sur une planète enneigée. Rapidement, ils découvrent que les humains ont réduit en esclavage une espèce mystérieuse : les Oods. Quand des crimes mystérieux sont perpétrés, le Docteur décide d'enquêter sur l'étrange servilité de ces créatures...

Martha demande au Docteur de revenir sur Terre afin d'enquêter sur la mystérieuse compagnie ATMOS qui produit un appareil empêchant la pollution des voitures. Cependant, la technologie est beaucoup trop en avance sur son temps : elle est d'origine extraterrestre et a été apportée par de vieux ennemis du Docteur, les Sontariens...

Les Sontariens ont mis au point un plan meurtrier afin d'étouffer la planète. Au sein même de UNIT, il apparaît qu'un traître livre de précieuses informations à l'ennemi. Martha et Donna se trouvent dans une situation périlleuse et le Docteur a fort à faire...

Le TARDIS, avec à son bord le Docteur, Donna et Martha, échoue sur une planète inhospitalière. Ils sont pris entre les feux d’une guerre opposant des humains aux Haths. Les humains créent un clone féminin du Docteur, Jenny, elle aussi Seigneur du temps. Les deux clans cherchent tous deux à mettre la main sur « la source » pour mettre fin à leur guerre...

Donna et le Docteur débarquent dans les années 20, sur Terre et se font inviter pour un dîner en présence d'Agatha Christie... mais lorsqu'un meurtre est commis, ils se retrouvent au cœur d'une histoire digne d'un roman de l'écrivain...

Il y a cent ans, la plus grande bibliothèque de l'Univers a été scellée et tous ses occupants ont disparu. Seul un avertissement a été laissé : « comptez les ombres ». Le Docteur et Donna doivent découvrir le secret de la bibliothèque tout en évitant les Vashta Nerada, les ombres qui dévorent la chair...

Le Docteur découvre des secrets depuis longtemps oubliés mais aussi des révélations sur son futur. Alors que les ombres se remettent en marche, il fait alliance avec la mystérieuse professeure River Song...

Le Docteur et Donna prennent des vacances bien méritées sur la planète de cristal, Midnight. Alors que Donna choisit de se reposer, le Docteur décide de faire une excursion en direction de la cascade de Saphir. Bientôt, il se sent pris au piège, une étrange atmosphère le rend nerveux et impuissant...

Une mystérieuse diseuse de bonne aventure de la planète Shan Shen amène Donna à s'interroger sur un événement de son passé décisif pour elle et le Docteur. Projetée dans une réalité alternative dans laquelle le Docteur n'est plus, Donna reçoit l'aide d'une mystérieuse femme blonde venant d'un univers parallèle...

Alertés par un message de Rose Tyler, le Docteur et Donna se rendent sur la Terre au XXIe siècle grâce au TARDIS, juste à temps pour assister à la disparition de la planète. À l'autre bout de l'univers, où la Terre a été transportée parmi 26 autres planètes. Martha Jones, Jack Harkness, Sarah Jane Smith, mais aussi Rose Tyler tentent sans succès de contacter le Docteur, le seul qui puisse les sauver de l’invasion imminente des Daleks...