Pour leur premier voyage ensemble, le Docteur et Martha se transportent au XVIe siècle à Londres, au temps de Shakespeare. Ils rencontrent le célèbre dramaturge ; celui-ci est sur le point de faire jouer une de ses pièces, perdue de nos jours, écrite sous l'influence de trois sorcières...

Le Docteur revient avec Martha sur Nouvelle Terre où il avait déjà emmené Rose. Le nouveau New York, délabré, paraît presque à l'abandon. Martha se fait enlever par un jeune couple et le Docteur doit s'aventurer dans le périphérique de la ville pour la retrouver...

New York, 1930. Au lendemain de la Grande Dépression, la ville renaît. L'Empire State Building, en pleine construction, domine la ville. Dans la périphérie, les laissés-pour-compte essaient tant bien que mal de survivre. Depuis peu, des gens disparaissent chaque nuit... En enquêtant sur ces disparitions, le Docteur et Martha découvrent que les Daleks sont derrière la construction de l'Empire State Building et qu'ils kidnappent des hommes et des femmes pour en faire leurs esclaves...

Dalek Sec a réussi son expérience : le croisement entre un humain et un Dalek. Il s'apprête désormais à utiliser l'Empire State Building pour convertir l'intégralité des habitants de New York...

Le Docteur ramène Martha chez elle. Il est temps pour eux de se séparer... Mais avant de partir, le Docteur apprend une nouvelle qui l'intrigue : un certain professeur Lazarus s'apprête à mener à bien une expérience qui changera à jamais l'humanité. Intrigué il décide d'enquêter avec Martha. Ils se rendent à la fameuse soirée organisée par Lazarus pour présenter son invention et découvrent que ce dernier a trouvé un moyen de rajeunir. Mais tout ne se passe pas comme prévu...

Dans une galaxie distante, le Docteur et Martha se retrouvent coincés sur un vaisseau hors de contrôle. Les deux voyageurs ont 42 minutes pour empêcher son crash sur une étoile. Mais lorsque les membres de l'équipage deviennent l'un après l'autre possédés, le Docteur commence à manquer de temps...

En 1913, en Angleterre, un professeur des plus ordinaires, John Smith, rêve de voyages à travers le temps et l'espace dans une étrange boîte bleue. Mais quand de mystérieuses lumières apparaissent dans le ciel, Martha, la servante de John, doit le convaincre que lui seul peut sauver le monde...

La mystérieuse Famille de sang se met en chasse du Docteur. John Smith se trouve alors confronté à un déchirant dilemme : rester l'humain qu'il est, épouser sa tendre Joan et vivre la vie de famille qu'il a toujours voulue, ou accepter sa destinée de Seigneur du temps, sauvant ainsi l'humanité mais perdant au passage celle qu'il aime...

Ne pas cligner, sinon la mort va venir... Sally Sparrow est photographe. Ayant repéré une vieille maison abandonnée, elle décide d'aller y prendre des photos. Mais elle n'est pas seule, les statues représentant des anges, disséminées un peu partout, semblent bouger. Heureusement elle peut compter sur un certain Docteur qui lui a laissé des messages...

Alors que le capitaine Jack Harkness embarque clandestinement sur le TARDIS, ce dernier est propulsé aux confins de l'espace et du temps. Là-bas, Martha, le Docteur et Jack y font la connaissance du professeur Yana. Celui-ci essaie désespérément de sauver les derniers êtres humains de la fin de l'Univers en construisant un vaisseau pour Utopia...

Le Docteur, Martha et Jack retournent à Londres au début du XXIe siècle. À leur arrivée, ils découvrent que le Maître est devenu Premier ministre du Royaume-Uni sous le nom d'Harold Saxon. Celui-ci a mis au point un plan maléfique pour faire régner la terreur et soumettre l'humanité...

Un an après sa prise de pouvoir, le Maître a conquis la Terre et asservi sa population. Il retient le Docteur prisonnier et se prépare à déclencher une guerre avec le reste de l'univers. C'est désormais à Martha Jones qu'il revient de sauver le Docteur, mais aussi le monde...