Martha Jones orvostanhallgató a kórházban a reggeli vizit során egy beteg férfinél különös dupla szívhangokat hall – persze hogy a Doktor ő, John Smith álnéven készakarva került a kórházba, mert pár napja furcsa elektromos jelenséget észlelt a kórház táján. Hamarosan óriási vihar tör ki a kórház felett s a bentiek döbbenten látják, hogy az eső felfelé esik... majd több nagy villanás után odakint eltűnik London s holdbeli táj jelenik meg... Az általános pánikban Martha talpraesetten viselkedik, ez megtetszik a hirtelen "meggyógyult" Doktornak. Együtt nézik, ahogy három óriási űrhajó landol s nagy sereg szkafanderes lény indul a kórház felé... A kórházat megszálló orrszarvú fejű judoonok galaktikus rendőrök s mindössze egy földönkívüli bűnözőt keresnek, aki a kórházban rejtőzött el. Mivel a Földre nincs felhatalmazásuk, ezért a kórházat ideiglenesen a Holdra teleportálták, hogy mindenkit megvizsgálhassanak, milyen fajhoz tartozik... A Doktor és Martha hamarosan rájönnek, hogy a kórházban egy plazmavor, egy földlakónak álcázott vérszívó lény rejtőzik. A Doktor korábban készakarva beszennyezte Marthát a saját DNS-ével egy váratlan csók formájában. A judoonok így három lényt találnak a kórházban nem emberi DNS-sel... Vajon hogy derül ki, hogy a Doktor, Martha vagy az idős Mrs. Florence Finnigan közül ki a keresett bűnöző?

A Doktor és Martha 1599-ben a középkori Londonba érkeznek, hogy megnézzék a Globe színházban Shakespeare A lóvátett lovagok darabját. A nagy sikerű előadás után a szerző bejelenti, hogy másnap este bemutatják a folytatást A jóvátett lovagok címmel. Ezen Martha igencsak csodálkozik, hiszen Shakespeare-nek ilyen darabja nem maradt fenn. Az előadás készületeit azonban három boszorkány is figyelemmel kíséri. Igazi boszorkányok, varázsgömb, voodoo baba? Miért 14 szögű a Globe színház nézőtere? Miféle furcsa befejezőmondatokat ír a darabhoz Shakespeare az éjjel gyönyörű nő alakjában megjelenő boszorkány hipnotikus hatására? A Doktor persze rájön, hogy a boszorkányok valójában a karrionita nevű lények, akik szavakkal képesek olyan dolgokat véghezvinni, mint a földiek a tudomány segítségével. A három karrionita térkaput szeretne nyitni, hogy világuk lakói megszállhassák a Földet, s ehhez kell a színház és Shakespeare segítsége. Mikor rájönnek, hogy a Doktor meg akarja akadályozni a tervüket, semmitől sem riadnak vissza...

A Doktor 5.000.000.053-ba, New New Yorkba viszi Marthát, ahol már Rose-zal is járt korábban, most azonban az alsóváros egy koszos sikátorában landolnak. Marthát egy fiatal pár fegyveresen elrabolja, az utánuk rohanó Doktor egy földalatti autópályához érkezik, ahol végtelen oszlopokban és sorokban araszolnak egymás mellett és fölött a légpárnás lakóautók. A Doktor autóstoppol, egy macskaember és normál felesége veszi fel. Martha elrablói nem akarnak rosszat, a lány csak harmadik útitársként kell. Kiderül, hogy a végtelen légautóáradat már több évtizede úton van, csak évi pár mérföldet tudnak megtenni, a családok a légautókban élnek... Közben a kihalt felsővárosban régi ismerősünk, Boe Arca megérezvén a Doktor újbóli megjelenését megbízza Hame nővért, hogy mindenáron kerítse elő a Doktort. Miért repülnek az légautók már évtizedek óta bezárva a földalatti autópályán? Miféle rémségek kapnak el időnként egy-egy túl mélyre ereszkedő járművet? Miféle végső titkot árul el a haldokló Boe Arca a Doktornak?

New York, 1930, a nagy gazdasági válság ideje, ide érkezik a Doktor és Martha. A munkanélküliek nyomornegyedekben tengődnek, éjszakánként azonban rejtélyes eltűnések tartják izgalomban az embereket. Tallulah, egy varieté táncosnője a színpadralépés előtt elbúcsúzik barátjától, Laszlotól. A fiú titokzatos hangok nyomába ered a színpad mögött, aztán valami ráveti magát és elhurcolja... A világ legmagasabb épülete, az Empire State Building építése éppen befejezés előtt áll. Az építésvezetőtől a főnöke követeli, hogy a különleges tetődíszt még aznap be kell fejezni. A Doktor és Martha éppen a munkanélküliek között vizsgálódik, amikor egy építkezéshez embereket toboroznak. A gyanús munkára a Doktor és Martha is jelentkezik. A New York alatti csatornalabirintusba irányítják őket. A Doktor és társai alvilági útjuk során először egy furcsa lény maradványaiba botlanak, aztán félig ember, félig disznó lények támadnak rájuk. Egy csatornanyíláson felmászva menekülnek el, s a varieté alagsorába jutnak, ahol Tallulah pisztolyt fog rájuk s eltűnt barátját kéri rajtuk számon... vissza a csatornákba... A nagy meglepetés: négy dalek van a háttérben. Mire készülnek a dalekok a csatornában elrejtett titkos laboratóriumukban? Mire kell nekik a sok ember? Mi történt Laszloval?

A négy utolsó dalek genetikai manipulációra készül, a dalek és a humán gének összeolvasztásával egy még jobb uralkodó fajt kívánnak létrehozni. A vezérdalek magába is olvaszt egy embert. A létrejött hibrid már kissé másképp gondolkozik, rájön, hogy az emberekben értékes tulajdonságok is vannak. Mikor felismerik a Doktort, a régi ellenséget, az átalakult vezér megtiltja a többi daleknek, hogy kivégezzék. Közben nagy mennyiségű elfogott ember vár genetikai módosításra, ehhez az energiát a dalekek egy hamarosan bekövetkező napkitörésből kívánják biztosítani az Empire State Building tetejére szerelt kollektor segítségével. A három régi dalek egyre bizalmatlanabb az átalakult vezetőjükkel szemben, végül fellázadnak... Martha és Tallulah a felhőkarcoló tervrajzából igyekszik megtudni, hol lehet a dalek szerkezet... Időben hatástalanítani tudja-e a Doktor az energiakollektort? Egy villámcsapás eredménye... Miért nem engedelmeskednek az átalakított emberek a dalekoknak?... A dalekok terve végül dugába dől... pusztulás... Mi lesz a sorsa a disznóembereknek és Laszlonak?

A Doktor hazaviszi Marthát és végső búcsúra készülődik, azonban megüti a fülét, amint a tévében Lazarus professzor bejelenti, hogy ma esti kísérletével az emberiség új korszaka kezdődik. A professzor egyik közeli munkatársa éppen Martha húga, Tish... Fényes fogadáson, előkelő vendégek gyűrűjében lép be a professzor a kísérleti fülkébe, hogy néhány perccel később több évtizeddel megfiatalodva lépjen ki. A Doktor és Martha észreveszi, hogy a fiatalodáson túlmenően valami nem stimmel vele. Egy kézcsók után maradt nyálmintából kiderül, hogy a professzor DNS-e nincs rendben, változik... Az önkísérlet eredménye egy hol ember, hol szörnyeteg lény lett, s a Doktor és társa hamarosan az első áldozatokra is rábukkan. A fogadáson kitört pánik közben vajon hogyan fékezi meg a Doktor, Martha és Tish a mind éhesebb szörnyeteget?

A TARDIS egy túlmelegedett űrhajón materializálódik, ami tehetetlenül zuhan egy napba. Még 42 perc és minden elég... A Doktor kezébe veszi a szervezést, megpróbálják elérni a tartalék hajtóműveket. Kiderül, hogy valaki módszeresen tönkretette a berendezéseket... A legénység egyik tagja furcsa tünetekkel megbetegszik, majd megszállottként kezd viselkedni, egy szempillantásával elégeti a társait. A misztikus erő másokat is megszáll és láthatóan arra törekszik, hogy az űrhajó az életbenmaradottakkal együtt mielőbb a napba hulljon. Az egyre esztelenebb kavalkádban a Doktor és Martha is életveszélybe kerül, csak a másik segítségével menekülnek meg. Hogyan sikerül a 42 perces rohanás során legyűrni az akadályokat és az utolsó pillanatban beindítani a hajtóműveket?

Martha és a Doktor fejvesztve menekülnek egy "Család"-nak nevezett valakik elől, akik képesek az időörvényen át is követni a TARDIST. A Család tagjai rövidéletűek... a Doktor csak egy úton menekülhet: ha néhány hónapra biológiailag is igazi emberré válik és így megtalálhatatlan lesz... Az átváltozott Doktor, vagyis John Smith 1913-ban, egy angliai kollégiumban tanár, Martha mint szolgálólány van mellette. Az átváltozás azonban azzal is járt, hogy a Doktor nem emlékszik a múltjára és hogy kicsoda is valójában. Igaz, éjszakánként furcsa álmai, látomásai vannak, amit egy füzetbe ír le... Martha azonban mindent tud és titokban vigyáz rá. A Doktor igazi lényét egy zsebóra alakú szerkezet őrzi. A dolgok bonyolódnak: a Doktor egyre jobban összemelegedik Joan Redfern-nel, egy kolléganőjével. Martha rémülten figyeli a nem várt fejleményt. Másrészt egy diákfiú, Tim Latimer elcsaklizza a Doktor óráját, s mikor kinyitja, a közben a Földre érkezett Család megérzi a Doktor jelenlétét. Embereket szállnak meg és elkezdenek beszivárogni az iskolába, majd egy falubeli táncmulatságon sarokba szorítják a Doktort, Marthát és Joan-t...

Tim Latimer egy pillanatra kinyitja a Doktor óráját s ez megzavarja a Családot. Ez elég arra, hogy mindenki kimeneküljön s a kollégiumban elbarikádozzák magukat. A Család támadásba lendül katonáikkal együtt, amik nem mások, mint életrekeltett madárijesztők... A fegyveresen védekező diákok ellenére a Családtagok bejutnak a kollégiumba és keresik a Doktort és Latimert az órával együtt, sőt csalétkül a megtalált Tardist is az épület elé állítják, majd láthatatlan űrhajójukból a közeli falut is bombázni kezdik... A Doktor és társai egy közeli házba menekülnek. Hogyan reagál a John Smithként gondolkozó Doktor az eseményekre? Hogy segíthet Martha és Latimer az emberi tudatban vergődő Doktornak? Mi lesz a sorsa a Doktor/John Smith és Joan Redfern bimbózó kapcsolatának? Mi lesz a különös órával? Természetesen a végén a Család elnyeri méltó büntetését, s a többiek sorsa is elrendeződik.

A TARDIS rövid időre landol a cardiffi téridőhasadéknál, hogy feltöltődjön energiával. Jack Harkness kapitány ezt észreveszi és a már induló TARDIS-ra veti magát. A TARDIS-szal együtt sodródik az időörvényben, ám az akció miatt a TARDIS megzavarodik és végül 100 trillió évet ugrik előre, a világegyetem végnapjaiba. A három utast a felderítőúton emberszerű kannibálok veszik üldözőbe, csak nehezen jutnak el egy erődítménybe, ahol igazi emberek egy csoportja készülődik Yana professzor és asszisztense vezetésével, hogy egy óriás űrhajóval az "Utópia" nevű helyre utazzanak. Technikai gondjaikban a Doktor, Jack és Martha segítenek. A professzor közben különös doboló hangokat, szavakat hall egyre erősebben a fejében: "TARDIS" "regeneráció"... Miután az emberekkel teli óriás űrhajó elindult Utópia felé, Martha észreveszi, hogy a professzornál egy ugyanolyan zsebóra van, mint amilyet korábban a Doktor is használt személyisége elmentésére. Figyelmezteti a Doktort, de már késő... a professzor egy újabb zavart pillanatában kinyitja az órát... s újjászületik a Mester, a Doktor régi esküdt ellensége. Mi lesz a Mester első dolga? Mi lesz a sorsa a csapdába esett Doktornak és két társának, miközben az ajtón egy kannibál horda dörömböl?

A Doktor és társai csak Jack kézi időörvény manipulátorával menekülnek meg, a TARDIS-szal a Mester elszökött. Londonba érkeznek, ahol éppen az új miniszterelnök, Harold Saxon és felesége a választási győzelmet ünnepli. A három lelombozódott útitárs a Mestert ismeri fel benne. Miközben a Mester/Saxon a kabinet első ülésén mérgesgázzal mindenkit megöl, a feleségét egy titokzatos hölgy figyelmezteti, hogy Saxon nem is Saxon... de hiába, a Mester mindenről tud és mindenkit félreállít a levegőből előbukkanó fémgömb alakú "barátaival"... Kiderül, hogy mobiltelefon hálózatán keresztül a Doktort és társait, sőt Martha családját is figyelteti, majd elfogatja. A Doktor és társai is alig menekülnek meg. A Doktor egy szerkentyűt eszkábál össze, ami elrejti őket a felderítő eszközök elől. A miniszterelnök Saxon/Mester bejelenti a tévében, hogy másnap megérkeznek az első földönkívüli vendégek a Földre, hogy kiépítsék a hivatalos kapcsolatot... A hírre az Egyesült Államok elnöke is Londonba siet és nagyképűen át akarja venni a vezető szerepet... Mi történik a hivatalos találkozón, egy űrállomáson? Saxon/Mester előveszi igazi kártyáit... Hogyan lett a TARDIS-ból egy "paradoxon gép"? Mit tesz a Mester a Doktorral? Mik sereglenek elő egy hirtelen megnyílt térrepedésből? Úgy tűnik, a Föld sorsa megpecsételődött, a Doktor és a Mester sok évtizedes harca során a Doktor végleg vesztésre áll...

Egy éve már, hogy a Mester átvette a Földön az uralmat. Jack kapitány, az aszott öregemberré változtatott Doktor és Martha családja a foglyai. Egy elvetélt Mester elleni merénylet után helyzetük csak rosszabbodik. Martha viszont sikeresen bujkál, bejárja a Földet, hogy előkészítse a Doktor tervét a Mester ellen. Egy titkos rejtekhelyen társai elfognak és szétszednek egy toklafen gömböt - s egy korcs utópiai embermaradványt találnak benne. Hogyan akarta a Mester elpusztítani a XXI. században az emberiséget késő utódaik által, hogyan oldotta fel a paradoxont? Martha, az UNIT és Torchwood újabb dugába dőlt közös merénylet terve... Hogyan fordította visszájára és használta fel végül Martha a Mester világot behálózó, telepatikus kapcsolatokat is létrehozó telefonhálózatát? A telepatikus energia és a Doktor... A Mester halotti máglyája... Boe arca ismét...