긴급사태！에도의시간이 멈췄다! 새로운 시리즈 1화에서 해결사 사무소의 멤버를 제외한 모든 시간이 멈췄다! 그 원인은 바로, 버려진「삼천세계시계」를 아침에 일어나던 긴토키씨가 부숴버렸기 때문! 부서진 시계를 고치기 위해 이리저리 힘쓰는 해결사 사무소 멤버들. 과연 에도의 운명은 어떻게 될까?

세계의 시간이 멈춘 원인이「삼천세계시계」의 건전지가 다된 것을 깨달은 해결사 사무소 멤버들. 건전지를 바꾸려고 시도하지만, 지구에서 구할 수 없는 특별한 건전지인 모양이다. 멤버들은 건전지를 무사히 손에 넣을 수 있을까? 멈춰진 시계는 어떻게 되는 걸까?

진선조의 감찰, 야마자키는 오늘도 잠복 근무중. 반복되는 일상에 지친 야마자키 앞에 기계 가정부 타마가 나타나고, 야마자키는 사랑에 빠지게 되는데…

"세타에게 역사 공부를 가르치게 된 긴토키. 하지만 어쩐지 실제 역사와는 다른 내용으로 흘러만 가는데….

한편 신파치는 친구에게서 야한책을 잠시 맡게 되고, 이 사실을 긴토키에게 들키는데…"

사루토비는 긴토키 집 부엌에 거울을 설치해놓고 몰래 그 속에 들어가 긴토키의 있는 그대로의 모습을 훔쳐보려고 한다. 잔뜩 기대하고 숨은 사루토비 앞에 나타난 건 신파치. 뜻하지 않게 신파치의 비밀스러운 모습을 지켜보고 충격에 빠지게 되는데…

야마자키는 시시한 감찰 일을 한다며 동료들에게 인정받지 못하고 기분이 상해 거리를 돌아다니던 중 우연히 핫토리 젠조를 만난다. 그의 닌자 면허증을 보고 자신도 닌자 면허증을 따기 위해 교습소를 찾아가는데…

양이 시대에 있었던 환상의 파이브맨! 긴토키는 양이지사 동창회에 초대된다. 거기서 그를 기다리고 있는 건 양이 전쟁 시대에 함께 싸웠던 동료, 가츠라와 다츠마. 옛 기억을 떠올리는 두 사람을 본 긴토키는…

쿠로코노를 기억하지 못하는 건 긴토키와 그 동료들의 탓이었던 것인가! 다카스기가 보낸 편지를 계기로 쿠로코노를 기억해내기 시작한 긴토키와 가츠라, 다츠마. 그 기억은 양이 전쟁 시대로 거슬러 올라가는데…

히지카타는 우연히 담배 가게 주인에게 주인 없는 복권 한 장을 받게 되고, 그것이 3억에 당첨된 것을 알게 된다. 서둘러 은행에 가려고 나서는데, 우연히 긴토키를 만나게 되고, 긴토키가 그 복권의 주인임을 알게 되는데…

가부키초의 이미지가 계속해서 안 좋아지자 반상회를 열게 된다. 반상회에 나타난 신 가부키초 사천왕 시무라 타에는 가부키초 이미지를 업시키기 위해 지역 캐릭터를 만들자고 제안하는데…

남자와 여자의 정체성을 고민하는 큐베에게 낯선 점쟁이가 말을 걸고 점쟁이는 큐베에게 성별을 바꿔 지내볼 것을 권유한다. 그 순간 가부키초에는 큰 빛과 함께 그 안에 있던 모든 사람의 성별이 바뀌게 되고, 그로 인해 새로운 일들이 일어나는데

울퉁불퉁교'라고 불리는 한 과격 종교 집단에 의해 성별이 뒤바뀌어 버리게 된다. 이들은 자신들의 교의를 강제로 따르게 하자, 이 종교 집단에 대항하기 위해 이들의 눈이 되는 감시카메라부터 처리해 나가는데…

울퉁불퉁교의 본거지를 치기 위해 지하로 들어왔지만 바이러스 빔을 못 받은 쥬베와 친구들은 성별이 바뀐 채 그대로 생활해 가는데 쥬베가 늘 원했던 성별이지만 정말 이대로 살아가도 괜찮은지 고민하게 된다

살인 사건의 시체를 보고 사람들은 '사신'이 한 짓이 아닌가라는 말들이 나오고 있다. 술에 취한 긴토키는 자신도 그 정도 솜씨라 말하는 순간 어둠 속에서 정체 모를 한 인물이 자신의 목을 베어달라고 부탁해 오는데…

연쇄 살인 사건의 범인으로 아사에몬이 지목이 되면서 야에몬은 긴토키에게 아사에몬을 지켜줄 것을 부탁한다. 긴토키와 아사에몬은 오타메시고요우에게 넘겨질 시체들 사이에 몸을 숨긴 채 배를 타고 빠져나가려고 하지만 예상치 못한 난관에 봉착하고 만다.

자신의 의지로 야에몬에게 칼을 겨눈 아사에몬. 하지만 야에몬의 압도적인 힘에 고전을 하게 되고, 긴토키도 아사에몬을 돕지만 부상을 입고 만다. 절체절명의 위기에서, 야에몬은 아사에몬에게 긴토키의 진실에 대하여 이야기하는데…

여름방학 기간이라며 밤늦게 공원에서 노는 아이들을 꾸짖던 하세가와는, 어느 새 '괴담 아저씨'라고 불리우는 이야기꾼이 되었지만 이야깃거리가 떨어지자, 해결사 사무소에 도움을 요청하러 온다. 괴담을 모으고 있다는 그의 말에, 해결사 사무소 삼인방이 들려주는 무서운 이야기란?

스낵에서 타마에게 불평을 늘어 놓던 사람들이 어느 샌가 타마에게 참회를 하기 시작했다! 이를 본 긴토키는 '로봇코 참회실'을 열어, 한몫 잡으려는 야심을 품는다. 하지만 참회하러 온 사람들에게선 낯익은 애완동물이 등장하며, 그들의 참회는 모두 하나의 사건으로 이어진다.

긴토키가 쇼군 살해죄로 체포되었다! 하지만 실은 쇼군은 해결사 사무소 식구들이 저지른 일련의 사건으로 인해 기억을 잃었을 뿐이었다. 우연히 기억을 잃은 쇼군을 가츠라가 구하게 되고, 가츠라는 쇼군에게 같이 양이 활동을 하자고 권유하는데…

사람들이 북적대는 축제 거리를 순찰 돌던 히지카타와 오키타 앞에, 돌연 커플들에게 칼을 겨누는 남자가 나타난다. 그는 바로 오타에에게 데이트 신청을 거절당한 콘도였다. 히지카타와 오키타는 만행을 저지르는 콘도의 신원을 알아볼 수 없도록 바퀴벌레이더 가면을 씌우고 달아나 버리고…

소요 공주의 보디가드를 맡은 해결사들은 소요 공주와 함께 수박깨기 놀이를 한다. 어려움을 이겨내고 맛보는 수박의 맛은 더 달콤하다고 생각해 극한의 수박깨기 놀이를 시작하게 되는데… /여름방학도 마지막! 세이타는 밀린 방학 숙제를 들고 해결사들을 찾았다. 하지만 도움은 커녕 방해만 되는 해결사들 때문에 골머리를 앓게 된다. 최대의 난관인 그림일기 숙제를 무사히 끝낼 수 있을까

교통사고로 서로 영혼이 바뀌어버린 긴토키와 토시로. 본래의 몸을 되찾기 위해 중구난방으로 방법을 알아보지만 쉽지 않다. 설상가상 주변 사람들 에게마저 의심을 받게 되어버리는데…과연 이 둘은 본래의 몸을 되찾을 수 있을까

원래의 몸을 되찾기 위해 킨토키와 토시로는 긴토키의 영혼을 흡수한 고양이를 찾으러 다니는 사이 진선조와 해결사 무리가 에도 거리에서 맞닥뜨리게 된다. 서로의 이념이 달라 일촉즉발의 상황이 되자 갑자기 변해버린 리더들의 태도에 진선조와 해결사들은 혼란스러워하게 된다.

도자에몬을 돌보고 있는 오타에에게 긴토키와 히지가타는 오타에를 설득해 보지만, 오타에는 도자에몬을 넘기기를 완강히 거부한다. 이에 리더들의 지원군으로 부하들이 오타에 집에 들이닥치지만, 부하들의 상태가 어딘가 이상해 보인다. 과연 이들은 원래의 몸을 되찾을 수 있을까

우주 해적인 무츠와 상인 사카모토가 손을 잡고 장사를 하지만, 얼마 못가 사카모토는 무츠로부터 바다 한가운데에 버려지게 된다. 이에 우주 해적의 잔당들이 사카모토를 발견하고 무츠와 거래를 하려 한다. 과연 무츠와 긴토키는 해적 잔당들로부터 사카모토를 구할 수 있을까.

적들의 배에 잠입에 성공한 긴토키와 무츠는 함장 사카모토 타츠마를 구하기 위해 적들과 싸운다. 무츠는 과거를 회상하며 자신이 해적이 아닌 장사치의 길을 선택한 진정한 의미에 대해 알아가게 된다.

오타에의 도움을 받아 해결사들은 스타일 변화를 시도한다. 모두들 자기만의 스타일이 확고해 옷 하나 고르는데 난관에 봉착하는데... 과연 이들은 새로운 스타일로 바뀔 수 있을까. / 향도관을 이끌고 있는 신파치는 도장의 상황이 여의치 않자 걱정을 하는데 이때 아버지가 남긴 필살기가 적혀 있는 두루마리를 발견한다. 이걸로 신파치는 도장의 위기를 넘길 수 있을까.

오늘 밤도 콘도 이사오는 순찰이라는 명목하에 오타에의 일거수일투족을 보기 위해 집에 숨어든다. 그때 멀리서 대도 원숭이 소년이 콘도의 재빠른 몸놀림을 보고 자신의 뒤를 이을 후계자가 되라고 제안을 한다.

양이지사인 카츠라 코타로는 진선조 조직을 와해시키기 위해 진선조 신입 채용 때 지원자로 잠입한다. 카츠라는 사람들 눈에 들어 용케 잠입에 성공해 3번대 대장 밑으로 들어가게 된다. 하지만 카츠라의 계획을 성공시키기 위해서는 3번대 대장 사이토 시마루를 없애야 하는데 과연 카츠라는 성공할 수 있을까.

카츠라 코타로는 진선조 3번대 대장 사이토 시마루를 궁지로 몰아넣는데 성공했다. 시마루는 진선조의 대규를 어긴 자로 처형 당할 위기에 처했는데 오랫동안 침묵을 지켜왔던 시마루, 이 위기를 넘기기 위해 그는 입을 열 것인가.

무더운 여름 해결사 식구들은 불륜 현장의 증거를 얻기 위해 어느 남녀의 뒤를 쫓는다. 그런데 미행 도중 햇빛에 약한 카구라가 갑자기 쓰러지게 되면서 병원에 입원하게 된다. 단순한 일사병이 아니라는 의사의 말에 긴토키와 신파치는 자책하게 되는데…

카구라와 앙숙인 소고는 이 기회를 놓칠세라 아예 카구라의 장례까지 진행시킨다. 장례식에 모인 사람들은 모두 제각각의 방법으로 카구라의 명복을 빌어준다. 하지만 이로 인해 카구라는 정말로 생명의 위기에 처하고 만다. 카구라는 과연 관속에서 나올 수 있을까.

긴토키는 형무소에 있는 만화가 아쿠로기의 일을 도와준다. 아쿠로기는 의무실에서 일하는 선생님을 좋아한다. 긴토키는 그런 아쿠로기에게 특기를 살려 고백을 하라고 조언한다. 그 후 아쿠로기는 만화가로서 점프에 데뷔할 수 있는 기회가 주어지지만, 하루 만에 일을 마쳐야 하는 곤란한 상황에 처하게 된다.

해결사는 대장장이 테츠코의 부탁으로 잠시 대장간 일을 본다. 용사와 마왕은 대립관계로 앞으로 큰 싸움을 치를 준비를 한다. 이를 위해 이들은 자신들의 전설의 칼을 손보기 위해 해결사에게 자신들의 칼을 맡기는데… / 타마는 오토세의 심부름을 하던 중 자신과 같은 기계, 자판기를 보며 왠지 모를 동질감과 연민을 느낀다. 그래서 매일 같이 자판기를 찾아가 일도 도와주고 이야기를 나눈다. 하지만 너무 오래되어 고철이 된 자판기는 처분 위기에 놓이고 마는데...

암살 위기에 처한 장군을 지키기 위해 지위, 신분을 막론하고 각기 계층이 모여 장군을 호위한다. 사루토비는 장군을 호위하였던 전 어정번중의 수령인 핫토리 젠조를 설득시켜 장군 호위에 힘을 보태달라고 하지만 젠조는 끝내 거절하고 만다. 그런데 갑자기 장군 호위 작전에서 젠조가 합류를 하게 되는데…

젠조에 의해 장군이 살해당했다. 이 소식을 알리 없는 그림자 무사들은 적들이 심어둔 간자에 의해 속수무책으로 당하게 된다. 닌자 마을의 가문마저 적에 편으로 돌아서고 긴토키 일당은 그들이 파놓은 덫에 걸리고 만다. 하지만 적인 줄만 알았던 모모치가 도와주면서 상황은 역전되는데 그 뒤로 예상치 못한 인물이 나온다.

모모치의 비호 아래 무사할 수 있었던 장군. 한편 젠조는 장군을 죽인 핵심 인물로 적들의 중심부에 들어간다. 하지만 장군이 죽은 것을 알고도 살육을 멈추지 않는 타카스기. 그를 막기 위해 젠조와 닌자들이 나선다.

타카스기와 야토족의 공격으로 장군을 지킬 자는 이제 얼마 남지 않았다. 끝까지 장군을 지키기 위해 진선조와 해결사는 서로 등을 맞대며 적과 싸운다. 한편 이념을 달리한 긴토키와 타카스기는 서로의 목에 칼을 겨누게 되는데…

과거 같은 신념으로 함께 싸워온 동료가 이제는 서로의 목에 칼을 겨누게 되고 카구라와 카무이마저 혈육의 관계를 끊으려고 한다. 서로 얽혀있던 과거가 드러나기 시작하는데… 과연 이들은 마지막까지 에도를 지킬 수 있을까.

과거 양이 전쟁에서 카츠라와 신스케는 스승 쇼요와 함께 인질로 잡히게 된다. 여기서 긴토키는 스승이 지키고자 했던 동료를 살리고 자신의 손으로 스승님의 목을 베어버린다. 이로 인해 신스케와 긴토키의 사이가 벌어지게 되는데…

천도중과 손을 잡은 하루사메는 아군이었던 신스케 무리마저 치게 되면서 싸움은 또 다른 국면에 이르게 된다. 긴토키와 신스케는 스승님을 죽음으로 내몰고 자신들을 이렇게 만든 천도중과 맞서 싸우게 된다

수세에 몰린 장군파를 돕기 위해 진선조와 지원군이 나타났다. 하지만 장군은 장군직을 실권하게 되고 쿄에서 다시 힘을 모아 재기하기 위해 에도를 떠난다. 긴토키와 친구들은 장군이 돌아올 때까지 에도에 남기로 하는데...

도쿠가와 시게시게는 믿었던 벗에게 죽임을 당하고 그를 지켰던 진선조는 새로운 막부에 의해 해체된다. 히지가타외 부하들이 장군의 장례를 호위하는 사이 국장 콘도 이사오는 긴토키에게 한 가지 부탁을 하고 떠난다.

진선조 국장 콘도 이사오가 옥에 하옥된 후 무기력한 나날을 보내고 있는 진선조. 한편 긴토키와 히지가타가 있는 술집에 새로 부임한 장군이 찾아오게 되면서 서늘한 긴장감이 감돌게 된다.

위험을 무릅쓰고 콘도를 구하기 위해 감옥으로 들어온 카츠라. 그런 카츠라는 콘도에게 힘을 합쳐 나라를 구하자고 제안한다. 한편 히지가타는 바리케이드가 쳐진 진선조 본청 앞에서 결단을 내리게 되는데…

긴토키와 양이지사 그리고 진선조가 힘을 합쳐 흑승도에 수감되어 있는 콘도를 구하기 위해 길을 나선다. 시작부터 이 셋의 사이는 여전히 삐걱거리지만 에도와 자신들이 있을 곳을 지키기 위해 맞서 싸우기로 결심한다.

사사키는 수색 끝에 숲에서 콘도와 카츠라를 맞닥뜨리게 된다. 콘도의 우직함과 조금은 무모한 결정에 사사키는 과거 진선조가 탄생하기 전 낭이조가 결성되었던 일을 회상하게 된다.

진선조에게 첫 임무가 주어졌던 그날, 함정에 빠진 진선조를 도와준 사사키는 천도중에 의한 한 암살자 꼬마에게 일가족을 몰살당한다. 그리고 꼬마에게 칼을 겨누게 되는데…

사사키 이사부로는 이 나라를 끝장내고 자신 또한 가족의 곁으로 돌아갈 결심을 한다. 한편 싸움에는 나락까지 가세하게 되면서 긴토키는 나락의 선대 수령과 맞서게 되는데…

사사키는 딸의 이름으로 지으려고 했던 '노부메'라는 이름을 무쿠로에게 지어주었다. 그리고 노부메는 그런 사사키의 곁에 묵묵히 함께 있어주고 싶다고 말하지만…

나락의 추적을 피해 흑승도 탈출에 성공하였지만 더 이상 에도에 살기 힘들어진 진선조는 에도를 떠나 후일을 기약하려 한다. 히지가타는 떠나기 전 긴토키와 만나는데…