星月フェラーリは、彼女の2人の姉、カズキとハズキが見知らぬ人に襲われると同時に、未知の人物に追われます。彼らはなぜ彼らが標的になるのか分かりませんが、警察は彼らがフェラーリの家族の家を守ることを要求する状況を決定します。そこで、フェラーリは予想外のゲストに遭遇します...

ホヅキはシシーニョと彼の乗組員を追い払うことに成功したが、警察が突然武器を引き抜いて家族を収容室に連れて行くので、フェラーリ家族の救済は短命である。拘留を回避する唯一の人、ホヅキはアンナという名前のガリレオ狂信者に出くわします。アンナが一連の出来事の背後にある真実を彼女に話した後、ホヅキは彼女が彼女の家族を救う必要があると決定します。

国際指名手配の汚名を着せられ、星月の作った飛行艇ガリレオ号（アンナが勝手に命名）で逃避の旅をする事になった三姉妹とアンナ。星月の才能にコンプレックスを持つ神月はそれがイヤでたまらない。ギクシャクした空気が流れる中、突如現れるアザ・アイアン。メシェのリーダー、ロベルトがガリレオテゾロを奪いに来たのだ。掴まれるガリレオ号。強い握力で機体はミシミシと音を立て、恐怖に神月は震え上がる。

食料も、替えの下着もない。神月の怒りもあって雰囲気は最悪だ。その状況を打破し、ガリレオの書いた「月のスケッチ」を見つけるためにドイツにやってきた星月たち。変装して買い物をするが、ブラックガニメデ団に見つかってしまう。

ガリレオの姉妹は、極寒のオランダの村でブルーホークと呼ばれる泥棒の輪に出会います。穂月はメンバーの一人、テオという少年とそれを打ち負かした。テオは別の女の子、カレンの誕生日プレゼントとして望遠鏡を作りました、そしてホヅキは彼らのロマンスがどのように展開するかを見たいと思っています、しかし...

穂月と一樹はアンナと一緒に病院に忍び込み、葉月の薬を手に入れる。そこで、彼らは空からお互いを撃ち落としたシシーニョとロベルトに出くわします。吹雪が外で猛威を振るうと、停電により病院内の人々の間で緊張が高まります。

ガリレオテゾロは膨大なエネルギーだった。それは星月の持つ砂時計の中にある。三姉妹から奪うため、ロベルトはガリレオ号を捕まえる。三姉妹は必死に抵抗するが、本気を出したロベルトにとっては赤子も同然だった。

スケッチを探す旅を続ける三姉妹たち。次の目的地は日本。それぞれの気持ちは晴れないまま、京都の父の実家に顔を出す。祖父に迎えられ、束の間の安らぎを得た姉妹たち。星月は夏至生の作りかけの装置を完成させようとする。

５枚目のスケッチが指し示したのはリビアの砂漠。そこで６枚のスケッチが揃った。これを解読すれば、ガリレオテゾロが解明できる！そう思った瞬間、グランデロッソが敵襲を告げる。

ガリレオの協力もあって元の世界に戻ることができた星月。そして、死地を脱したかに見えた三姉妹だったが、インターポールに捕まり、裁判にかけられてしまう。「ガリレオ裁判」だ。今までの破壊と逃走を罪として問われ、反論する事ができない三姉妹たちに最後の危機が訪れる！