雖然打倒的野呂瀨是複製人，但是拓巳的生活也暫時恢復了平靜。拓巳和梨深、三住一起去醫院探望入院的綾瀨。在那裡，拓巳知曉了綾瀨過去曾經經受過拷問。從醫院回到基地的拓巳卻突然被瀨名襲擊。瀨名告訴了拓巳，希科技是以拓巳小學時作文裡塗鴉的公式為基礎才開發出了人工創造giga-lo-maniacs之力的裝置“諾亞Ⅱ”。由於那個實驗而失去了母親和妹妹的憎恨，瀨名沖向了拓巳。救了拓巳的，竟然還是……

Yua goes to the police with information concerning Takumi, who receives a disturbing call for help from his little sister. Meanwhile, another New Gen incident occurs!

倒したはずの野呂瀬は偽者だったが、ひとまず拓巳の生活は平穏を取り戻したかのようにみえた。拓巳は梨深・三住と共に入院しているあやせのお見舞いに行く。そこで拓巳は、あやせが過去に拷問を受けていたことを知る。病院からベースに帰るとセナが突然拓巳を襲ってきた。セナは、希テクノロジーが拓巳が小学生時代に作文に書いた公式を元に、ギガロマニアックスの力を人工的に作る装置｢ノアⅡ｣を開発したと告げ、その実験で母親と妹を失った憎しみを拓巳にぶつけてきたのだった。拓巳の危機を救ったのは、またしても…