Tutti i Puffi sono impegnati nei preparativi del festival della libellula, ma approfittano del Puffo Gentilone, che non sa mai dire di no, a cui chiedono di continuare i lavori al posto loro senza farsi scoprire dal Grande Puffo.

I Puffi sono occupati a spegnere un incendio nella foresta che si sta avvicinando pericolosamente al villaggio, ma mentre Forzuto e Puffetta cercano di mettersi in salvo arriva la pioggia e Puffetta resta impantanata in una pozzanghera. Forzuto cerca di aiutarla, ma un carro si ferma davanti a loro e un uomo li cattura.

L'infallibile naso del Puffo Segugio sente che una tempesta di neve si sta avvicinando in piena estate, ma nessuno sembra credergli. Grande Puffo consulta il suo almanacco e gli dà ragione chiedendo a tutti di prepararsi per un inverno prematuro, ma i Puffi trascurano i lavori per il troppo caldo e continuano a sottovalutare le previsioni.

Le esigenze tipicamente femminili di Puffetta non vengono comprese dagli altri Puffi e lei si allontana dal villaggio. Nel frattempo nel bosco una bambina di nome Laura viene schernita dai suoi fratelli più grandi perché si ostina a giocare con la sua amica immaginaria, la principessa dei folletti.

I Puffi si imbattono nella foresta in uno strano fiore, ma Grande Puffo lo recide informandoli del pericolo che può scatenare l'elleboro nero. Non si accorge però che un nuovo germoglio sta per spuntare.

Gli umani combattono tra loro vicino a Pufflandia e i Puffi si rifugiano nelle tane delle talpe e nei tronchi degli alberi. Poco dopo il villaggio viene devastato dagli zoccoli dei cavalli. Le promesse di vendetta da parte di Forzuto vengono subito sedate da Grande Puffo che spiega come i soldati non sapessero dell'esistenza del villaggio.

Nella rappresentazione teatrale allestita dai Puffi, le famiglie di Puffingham e Puffington sono in lotta tra di loro.

Gargamella e Birba perdono i sensi mentre inseguono i Puffi e Burlone escogita uno scherzo per far loro credere di essere morti.

Sognatore si interroga sull'esistenza dei "marziapuffi" e spera sempre di poterne incontrare uno. Quando vede un globo di luce cadere nella foresta il suo desiderio si avvera perché incontra uno strano essere che galleggia nell'aria a testa in giù e parla una strana lingua.

Solfami chiede delle pozioni a Grande Puffo con cui esercitarsi in esperimenti di alchimia, ma non ottiene grandi risultati. Dopo aver trasformato la corona d'oro del re in piombo, viene condannato a continui lavori nel castello durante i quali incontra un cane parlante che però torna ad abbaiare al cospetto degli altri.

Puffetta trova un topolino privo di forze e decide di curarlo. Quando l'animaletto si riprende viene chiamato Squitty e Puffetta chiede a Grande Puffo se può tenerlo con sé, ma lui le consiglia di riportarlo nella foresta dandogli la possibilità di ricongiungersi alla sua famiglia.

Tontolone cade in un rifugio sotterraneo dove trova un'antica pergamena che porta subito a Grande Puffo, che però non riesce a decifrarla subito poiché è scritta in una lingua antica.

Johan e Solfami partecipano ad un pic-nic dei Puffi e raccontano di quando, prima che si conoscessero, un folletto terrorizzava tutti quelli che passavano nella Foresta Pietrificata mangiando le loro provviste.

Golosone è diventato troppo pesante e Grande Puffo lo mette a dieta. Segugio prova a togliergli tutti i dolci che ha nascosto in casa e Forzuto lo segue nella ginnastica, ma Golosone di notte saccheggia il magazzino del villaggio.

I Puffi sono stanchi di trasportare pesanti carretti pieni di puffragole e Inventore crea la "macchina raccoglitrice puffomatica" che si occupa del raccolto al posto loro.

Dopo essere stato informato da tre sudditi della presenza di un orco che minaccia il suo regno, il re dà ordine all'intero esercito di abbandonare il castello per dargli la caccia, ma in realtà si tratta di un inganno. I tre impostori ritornano il giorno dopo spacciandosi per attori girovaghi, assieme alla loro compagnia.

Curiosone è un po' troppo invadente e disturba il lavoro degli altri Puffi, fino a far distrarre Grande Puffo durante un esperimento. Per farsi perdonare si reca nella Grande Palude per raccogliere gli ingredienti necessari per ricreare la pozione.

Johan e Solfami portano Grande Puffo in mare per aiutarlo a raccogliere alghe, ma la loro nave affonda durante una tempesta. I Puffi vengono trascinati dalle onde in un cestino mentre i due ragazzi approdano su un'isola e vengono tratti in salvo da una coppia di agricoltori che poco dopo difendono dai soprusi del perfido Gracco che chiede loro più grano.

I Puffi costruiscono un'arpa per il compleanno di Solfami, mentre un finto sarto penetra nel castello per poi sostituirsi al re come suo sosia ed arrivare al tesoro.

Gargamella crea un filtro pietrificante, ma ne rimane vittima assieme a Birba. I Puffi in un primo momento festeggiano finché Grande Puffo spiega a tutti che si sente in dovere di trovare un antidoto, altrimenti sarebbe come comportarsi al suo stesso modo.

Burlone prova a far scomparire uno dei suoi pacchi esplosivi, ma l'esito è disastroso. I suoi amici si fanno beffe di lui e Grande Puffo chiede spiegazioni. Burlone rivela di aver provato a realizzare un trucco magico che ha letto su un libro di Melchiorre il Magnifico, un mago che vive molto lontano in un castello circondato da un labirinto.

Durante un temporale Johan e Solfami trovano riparo in un castello abbandonato. Poco dopo anche Grande Puffo, Quattrocchi e Puffetta condividono la stessa sorte con loro.

Grande Puffo racconta un'avventura accaduta qualche anno prima a Sognatore partito per mare con alcuni compagni a bordo del "Puffo del mare".

Tontolone viene salvato da Inventore dalle grinfie di Gargamella e non sa come sdebitarsi. Pur provando ad offrire il suo aiuto, non fa che provocare guai. Inventore non sa come sbarazzarsi di lui senza urtare la sua suscettibilità e chiede aiuto a Grande Puffo che escogita un piano.

I Puffi raccolgono le zengiberacee, bacche verdi e succose, che germogliano nella foresta una volta all'anno, ma vengono interrotti dall'arrivo di un rospo. Grande Puffo capisce il suo linguaggio e spiega agli altri che si tratta di un principe trasformato da un mago cattivo con un incantesimo che diventa irreversibile dopo tre giorni e ormai è già arrivato al terzo giorno.

Gargamella inventa un filtro esilarante che sparge nella foresta con la speranza di catturare qualche Puffo. Brontolone e Burlone sono le sue prime vittime che tornano al villaggio senza smettere di ridere. Grande Puffo riesce a guarirli con un antidoto, ma vede avvicinarsi la nuvola magica che potrebbe contagiarli tutti.

Il conte Gregor è il nuovo precettore di Savina, ma il suo scopo è solo quello di rapirla. Dopo aver riacquistato le sue vere sembianze, si presenta come "il mago corvo" e vola via con la principessa, ma prima Solfami gli strappa un sacchetto che contiene una pietra preziosa. Johan decide di portarla al mago Omnibus.

Un uomo sviene per la fame davanti ai Puffi e cadendo perde il suo anello. Quando si riprende arriva ad una locanda in cui stanno pranzando Johan e Solfami e si presenta come Uberto, duca di Castellac, che tutti credevano scomparso in mare tre anni prima, mentre in realtà era stato rinchiuso nelle prigioni di ser Ercole di Grottascura da cui era finalmente riuscito a fuggire. Nel frattempo i Puffi trovano l'anello su cui è inciso il suo nome e decidono di cercarlo per restituirglielo.

Grande Puffo è costretto a letto da una forte allergia, mentre fuori il cielo si riempie di fumo. Pauroso e Forzuto vanno in ricognizione con Bianca e vengono investiti da una pioggia di pietre e cenere. Tornati al villaggio riferiscono agli altri Puffi che il cielo sta crollando. Grande Puffo ricorda di aver avuto la stessa forma di allergia trecento anni prima durante l'eruzione del vulcano Stropuffoli e decide di far evacuare Pufflandia.

Dopo l'ennesimo agguato di Gargamella, Grande Puffo decide di renderlo meno cattivo, ma Tontolone rovescia il suo filtro su Puffetta e Brontolone che si scambiano la personalità.

Sir Leopold, zio di re Gerardo e primo ministro del regno, vuole aumentare le tasse e non condivide la politica del nipote. Deciso a prendere il potere, Leopold pensa come prima cosa di sbarazzarsi del Puffo Meccanico. Nel frattempo Gerardo invita la cugina Savina alla festa per il primo anniversario del suo regno e Johan e Solfami naturalmente la accompagnano.

Un gigante bambino cammina sulla diga dei Puffi che cede sotto il suo peso facendo inondare il villaggio. Mentre inizia la ricostruzione, il piccolo incontra un gruppo di Puffi a cui dice di chiamarsi Simon e di essersi perso. Grande Puffo si offre di aiutarlo a ritrovare i genitori e gli chiede di aspettarlo nella foresta.

Il folletto Rugiadino ogni mattina riempie di rugiada ogni pianta grazie alla sua bacchetta magica. Rimasto prigioniero della sua stessa goccia, Rugiadino viene liberato da Pauroso a cui, per sdebitarsi, presta la sua bacchetta per un giorno.

Mentre Grande Puffo è via, i Puffi, stufi dei guai causati dalla sbadataggine di Pigrone, decidono di fargli uno scherzo. Quando questi si risveglia da uno dei suoi soliti sonnellini, trova il villaggio in abbandono e poco dopo incontra Puffetta, notevolmente invecchiata, che gli spiega come siano passati trecento anni dalla sua scomparsa.

Solfami compra un falcone per addestrarlo e lo chiama Romoletto. Intanto in un regno vicino il principe di Vallechiara è imprigionato dal malvagio Vladimiro che aumenta le tasse e sottomette i contadini. Quando il principe fugge, i sudditi decidono di trovarlo prima di Vladimiro.

Due malviventi rapiscono un bambino dotato di poteri magici per chiederne il riscatto, ma il piccolo riesce a fuggire e ad apparire tra i Puffi che chiedono aiuto a Johan. La principessa Savina decide di occuparsi del bambino finché non si fosse scoperta l'identità dei genitori.

Tontolone trova una pietra magica che gli mostra il futuro. Tutti i Puffi gli stanno intorno per conoscere il proprio destino, ma Grande Puffo raccomanda a tutti di non lasciarsi ossessionare dalle previsioni poiché ognuno è artefice delle proprie scelte.

Gargamella chiede aiuto a Madame Dolcezza per catturare i Puffi dandole in cambio un falso rubino.

Pigrone non riesce più a dormire e Grande Puffo gli consiglia di fare sport. Quattrocchi origlia alla porta del laboratorio e crede che Grande Puffo parli di solo tre giorni di vita per Pigrone, mentre in realtà si stava riferendo ad una piantina portatagli da Vanitoso.

Il mago Mordain cerca nella foresta gli ingredienti per le sue formule, ma sente avvicinarsi i Puffi e li cattura per portarli al suo laboratorio nel castello del suo re Argon. Grande Puffo, Puffetta, Tontolone e Quattrocchi vengono imprigionati in un'ampolla da cui assistono agli esperimenti del mago. Grande Puffo gli fa notare che le sue formule sono sbagliate e cerca di aiutarlo per guarire il mal di stomaco del re barattando la libertà con la cura giusta.

Segugio sta per tornare al villaggio con un carico di tartufi, ma viene assalito da Birba che gli strappa il sacco. Per evitare di dipendere sempre da lui, gli altri Puffi accettano di seguirlo per imparare a trovare i tartufi da soli, ma nella foga di raccoglierli colpiscono Segugio sulla testa che sviene e perde la memoria.

Tutti i Puffi sembrano avere degli incubi e sospettano che dietro ci sia lo zampino di Gargamella, ma anche il mago ha lo stesso problema ed accetta di collaborare con loro per risolvere la situazione. Assieme al Grande Puffo, con una pozione magica scopre che l'origine del disturbo è la corona dei sogni, che si trova sul Monte del Teschio ed ha il potere di trasformare gli incubi in realtà.

In una grotta in cima ad una montagna, un eremita lotta contro i dispettosi poteri di una scatola magica che non riesce a neutralizzare. L'unico modo per disfarsene è quello di cederla ad un nuovo proprietario che sia completamente pazzo e poco dopo arriva da lui Gargamella per chiedergli un consiglio su come catturare i Puffi.

Per una serie di equivoci, Grande Puffo sente all'improvviso il peso dell'età. Nel frattempo nel suo sinistro castello il grande mago Balthazar si rende conto che per completare la collezione di creature della foresta gli manca solo un Puffo. Ninfabel, una piccola ninfetta dei boschi sua prigioniera si offre di aiutarlo in cambio della libertà e dopo essersi avvicinata ai Puffi, finge di essersi fatta male alle ali e si fa ospitare per la notte in casa di Grande Puffo che chiama affettuosamente "barbino", mentre da lontano il corvo di Balthazar la sorveglia.

Gargamella vede due fatine mentre nascondono dell'oro sotto un tronco e poco dopo se ne impossessa. Quando la principessa delle fate non lo trova, sentendo le voci dei Puffi lì vicino arriva al galoppo ma rimane tramortita dall'esplosione di un pacco regalo di Burlone. I Puffi corrono ad avvertire Grande Puffo e mentre la fata riprende conoscenza, vedendoli correre via, crede che i ladri siano loro.