在迪奥的威胁结束后的一个月，各地的电脑世界陆续开始出现了异常的暖化现象。因为暖化现象的关系，导致被冰封起来的泡泡人解冻。就在此时，电脑世界里出现了一条通往“彼方世界”的次元裂缝，在裂缝旁发现了神秘的婴儿，而在那个被称为彼方世界的异界里存在着大量狂爆的病毒。

　　另一方面，现实世界里出现了两个实体化的电脑兽——“古雷加”和“法尔札”，两只电脑兽互相厮打并开始破坏街道。网路救星热斗、炎山和雷火虽然使用了双向融合，但还是无法阻止电脑兽。最后，两只电脑兽能量用尽，退回电脑世界后继续厮打，就在洛克人、布鲁斯和侦察人束手无策之际，神秘的婴儿突然和洛克人融合，洛克人的外观竟然转变成野兽姿态，并以超强的威力击倒了两只电脑兽。

　　在这之后，接连出现了自称为兽裔生命体的领航员及兽化病毒。神秘事件接踵而来，到底彼方世界是个怎样的世界？那两只电脑兽和兽裔生命体他们的目的为何？那个神秘婴儿的真面目是什么？还有兽化洛克人到底存在什么秘密？热斗与洛克人将在充满漩涡般的谜团中展开新的战斗。

在迪奧的威脅結束後的一個月，各地的電腦世界陸續開始出現了異常的暖化現象。因為暖化現象的關繫，導致被冰封起來的泡泡人解凍。就在此時，電腦世界裏出現了一條通往“彼方世界”的次元裂縫，在裂縫旁發現了神秘的嬰兒，而在那個被稱為彼方世界的異界裏存在著大量狂爆的病毒。

　　另一方面，現實世界裏出現了兩個實體化的電腦獸——“古雷加”和“法爾札”，兩隻電腦獸互相廝打幷開始破壞街道。網路救星熱斗、炎山和雷火雖然使用了雙向融合，但還是無法阻止電腦獸。最後，兩隻電腦獸能量用盡，退回電腦世界後繼續廝打，就在洛克人、布魯斯和偵察人束手無策之際，神秘的嬰兒突然和洛克人融合，洛克人的外觀竟然轉變成野獸姿態，幷以超強的威力擊倒了兩隻電腦獸。

　　在這之後，接連出現了自稱為獸裔生命體的領航員及獸化病毒。神秘事件接踵而來，到底彼方世界是個怎樣的世界？那兩隻電腦獸和獸裔生命體他們的目的為何？那個神秘嬰兒的眞面目是什麽？還有獸化洛克人到底存在什麽秘密？熱斗與洛克人將在充滿漩渦般的謎團中展開新的戰斗。

各地の電脳世界では異常な温暖化現象が確認され始めた。その影響で氷漬けから解かれたバブルマンは、謎の赤ん坊ナビを発見、さらに電脳世界にできた光の裂け目と、その奥に広がる異世界（＝ビヨンダード）で暴れる数々のウイルスの姿を目撃する。

一方、現実世界では、半実体化した2体の電脳獣グレイガとファルザーが出現、争いながら街を破壊し始めた。ネットセイバー光熱斗、炎山、ライカは、クロスフュージョンで立ち向かうが歯が立たない。

そして電脳世界に戻って暴れ続ける2体にロックマン、ブルース、サーチマンが絶体絶命となったその時、謎の赤ん坊ナビがロックマンと融合、獣の姿へと変貌したロックマンは超絶な力を発揮し2体の電脳獣を一蹴する。この出来事をきっかけに、獣化したウイルスやゾアノロイドと名乗る者達による謎の事件が多発し始めるのだった。

果たしてビヨンダードとはどんな世界なのか？2体の電脳獣、ゾアノロイドらの目的は何か？謎の赤ん坊ナビの正体は？そして獣化したロックマンにはどんな秘密が？渦巻く数々の謎の中、熱斗とロックマンの新たなる戦いが始まった！！