丁戈、茉莉花和查理等拥有迪奥徽章的网路战士突然失踪，令热斗百思不得其解。此时，黑暗洛克人再派其旗下的黑暗机器生命体攻击地球，热斗单人匹马应战，只能节节败退，这时候查理等人以双向融合的姿态加入战围，才令热斗松一口气，但毕黑暗生命体有备而来，大战一触即发….

Dark MegaMan's Darkloids invade NetCity and then retaliate against Lan in the real world, destroying his SynchroChip. To have it repaired, Lan travels to Sharo's CrossFusion Research Institute where Dr. Hikari is stationed. Along the way, the Darkloids attack again, but Lan is rescued by Raika and Charlie, and he is surprised to discover that Charlie has now CrossFused as well.

サイバーワールド内にダークロイドが次々と出現、対応に追われる熱斗とロックマンだが実体化したコスモマンとの戦いに破れ、シンクロチップが壊れてしまう。シンクロチップを直してもらうには、シャーロに出張中の祐一朗の所へ行かなければならない、ということで熱斗はチャーリーのヘリで祐一朗のいるクロスフュージョン研究所へ。だがそこにもダークロイドが現れ破壊活動を開始、熱斗の行く手を阻む。