光热斗从5年级升到了6年级。一次偶然的事件使他获得了双向融合的能力。与此同时，黑暗机器生命体与黑暗组织星云（Nebula）联手，通过异次元空间技术，妄图给世界带来恐怖。幕后主使究竟是谁？……这一切都是一个谜，等待着光热斗与洛克人去解开……

光熱斗從5年級升到了6年級。一次偶然的事件使他獲得了雙向融合的能力。與此同時，黑暗機器生命體與黑暗組織星雲（Nebula）聯手，通過異次元空間技術，妄圖給世界帶來恐怖。幕後主使究竟是誰？……這一切都是一个謎，等待著光熱斗與洛克人去解開……

科学省を訪れる熱斗とメイル。科学省では、熱斗の父・光裕一朗博士を中心に、ネットナビの三次元化の研究を行っていた。 新しく開発した、オペレーターとネットナビの融合(クロスフュージョン)を可能にするシンクロチップを使って、ディメンショナルエリアという特殊な空間にネットナビを疑似物質化する実験だ。実験が成功すれば、いつか自分たちも融合出来る・・・?と期待の目で実験を見守る熱斗とロックマン。 「クロスフュージョン!」の掛け声で、PETにシンクロチップを挿入する実験要員。

しかしネットナビと融合したのは一瞬で、すぐに分離してしまった!実験結果にがっかりの熱斗であったが、その直後科学省のメインコンピューターに大量のウィルスが侵入!破壊活動を開始するウィルス達に対し立ち向かう熱斗であったが・・。