Depois de um longo tempo vagando no deserto, Ken é feito prisioneiro enquanto vagava por uma aldeia em busca de água. Lá, ele divide uma cela com um jovem ladrão chamado Bato (Bart), e torna-se amigo de seu guarda de cela, uma garota órfã chamada Rin (Lynn). Pouco depois, uma gangue de motoqueiros ataca a vila e seu líder Zeed faz Rin como refém. Ken sai de sua cela e derrota Zeed, resgatando Rin. Ken deixa a aldeia com Bato o seguindo, enquanto Rin fica para trás.

Ken resgata um velho chamado Smith de Spade, um membro dos Four Jacks que trabalhava para a organização King. O velho procura entregar um saco de sementes de arroz para sua aldeia, na esperança de colhê-las para o futuro. Ken e Bato levam Smith para sua aldeia, sem saber que Spade e seus homens os estão seguindo. Spade, que perdeu o olho durante seu encontro inicial com Ken, ataca a vila e mata Smith em retaliação. Incapaz de resgatar Smith, um Ken furioso mata Spade com uma técnica que faz a vítima sentir remorso antes de morrer. Após a batalha, Ken planta a semente de Smith sobre seu túmulo.

Bato vê Rin em um caminhão cheio de aldeões capturados sendo levado para a aldeia de Dorado, que é ocupada pela gangue King. No caminho para lá, Ken encontra dois dos Jacks restantes, Diamond e Club, que estão torturando os aldeões de Dorado. Com a ajuda de Bato, Ken se reencontra com Rin.

Ken fica sabendo que os prisioneiros transportados com Rin foram levados para um campo de prisioneiros em um vale próximo. Ken consegue libertar os aldeões presos, mas durante sua fuga, eles são todos massacrados em uma emboscada liderada pelo Sr. Heart, o último dos Quatro Jacks. Enquanto o excesso de carne de Heart prova ser resistente a seus ataques, Ken eventualmente usa uma técnica que penetra através de seu corpo. Em sua batalha com Heart, Ken descobre uma pista importante que lhe revela a identidade de King.

Tendo aprendido que King não é outro senão seu velho amigo que se tornou nêmesis Shin, Ken se lembra de como um ano atrás Shin o derrotou em combate, gravou as sete cicatrizes em seu peito e sequestrou sua noiva Yuria (Julia). Ken chega a um castelo local onde Shin estava hospedado, mas só encontra o braço direito de Shin, Joker, que revela que Shin e sua gangue já deixaram o castelo, levando Yuria com ele. Joker escapa e incendeia o castelo com Ken dentro, mas Ken consegue escapar, jurando encontrar Shin.

Ken e seus amigos chegam a um oásis sob a vigilância do Exército de Deus, um fanático grupo militar composto por ex-membros das forças especiais. Ken se torna o alvo deste grupo depois que Ken mata um dos oficiais de segurança em batalha.

Os membros do Exército de Deus conduzem uma busca em grande escala do oásis para Kenshiro. Quando a equipe de busca começa a executar aldeões aleatórios para atraí-lo, Ken se permite ser capturado para se infiltrar em seu centro de treinamento. Lá, ele enfrenta o instrutor de treinamento do exército, o Sargento Maluco.

Ken penetra no quartel-general do Exército de Deus e confronta seu líder, o Coronel, um iludido seguidor de Shin que dominou a arte de Nanto Muonken.

Ken e seus amigos visitam um vilarejo onde rapazes e moças são oferecidos como escravos a Madame Patra, uma feiticeira local que controla o abastecimento de água do vilarejo.

Ken se aventura no covil de Patra na Montanha Dragon God para salvar os jovens aldeões. Lá ele enfrenta o parceiro de Patra, Dragon, um respirador de fogo que tenta coagir Ken para o seu lado.

Ken e seus companheiros conhecem Taki, um velho amigo de Bato. Taki os leva para sua aldeia natal, onde tia Toyo, uma senhora idosa que cuida de crianças órfãs e abandonadas, está tentando cavar um poço. Sem saber dele, a gangue de motoqueiros do Warriors liderada por Jackal seguiu Ken, buscando reivindicar a vila de Toyo como seu novo esconderijo.

Depois que Toyo é morto por Jackal, Ken deixa Bato e Rin para cuidar dos órfãos de Toyo enquanto ele persegue a gangue de Jackal. Enquanto procura por pistas do destino de Jackal, Ken encontra Fox, o braço direito de Jackal.

Ken persegue Jackal até as ruínas da prisão de Villainy, um lugar que costumava aprisionar os mais cruéis criminosos. Na esperança de derrotar Ken, Jackal libera Devil's Rebirth, um gigante assassino semelhante a um demônio que dominou a arte proibida do Arhat Deva Fist.

Ken e seus amigos visitam um vilarejo onde o médico local, um homem chamado Duran, oferece sua hospitalidade. No entanto, o ex-parceiro de crime de Duran, Dante, é contratado por Shin para caçar Ken. Dante aproveita a situação para chantagear Duran a fazer seu lance.

Ken é pego no meio de uma guerra de gangues entre os Escorpiões e as Cobras, cada um procurando recrutar Ken para o seu lado.

Shin reúne todo o seu exército para uma reunião enquanto ele oficialmente declara guerra contra Kenshiro. Barcom, o general do exército de King, conta a seus homens como Ken derrotou alguns dos melhores lutadores de Shin. Enquanto isso, Yuria conta a Saki como ela se tornou cativa de Shin e sua ascensão ao poder.

Uma das gangues subordinadas de King ataca um vilarejo que Ken está visitando, enquanto Yuria tenta escapar de Southern Cross com a ajuda de sua jovem empregada Saki.

Ken é forçado a retornar à vila de Jeena quando Garekki da gangue Gold Wolf tenta invadi-la, enquanto o irmão mais velho de Saki, Temjina, foge do Cruzeiro do Sul, tentando dizer a Ken sobre o paradeiro de Yuria.

Com Ken tendo aprendido a localização da cidade de Southern Cross com as últimas palavras de Temjina, Shin usa um helicóptero gigante como seu último recurso.

Com Ken dado como morto, o General Barcom lidera um motim contra Shin, tentando assumir o controle da gangue King para si mesmo. Em outro lugar, Joker procura o corpo de Ken nos destroços da nave, não convencido de que ele está realmente morto.

Com o Cruzeiro do Sul em ruínas após a revolta de Barcom, Shin é deixado sozinho em seu próprio palácio, protegido pelos poucos seguidores que ainda lhe restam. Ken confronta Shin pela primeira vez em um ano e o derrota, apenas para descobrir que Yuria já se matou.