Als Sarah feststellt, dass es sich bei ihr und den anderen „Orphans“ um Klone handelt, möchte sie am liebsten mit dem Geld die Stadt verlassen. Ihre Karriere als falsche Polizistin gerät in Gefahr, als ihre echten Kollegen die Leiche finden, die Sarah vergraben hat und fortan Beth mit dem Fall betraut wird. Als Sarah dem Mörder zu nahe kommt, wird aus der Jägerin die Gejagte.

Sarah kehrt für Antworten nach Hause zurück und mit Cosimas Hilfe taucht sie tiefer in die Geheimnisse hinter dem Klonexperiment ein. Ihre Nachforschungen bringen sie alsbald zur Wurzel allen Übels. Um sich aber wieder aus der prekären Situationen zu befreien, in der sie sich wiederfindet, muss sie eventuell einen höheren Preis bezahlen, als es ihr lieb ist.

Mit Ferdinand schickt Topside eine einflussreiche Person, um die jüngsten Ereignisse bei Dyad zu untersuchen. Dieser droht, zusammen mit „Rachel“ (Sarah) ein Protokoll einzusetzen, welches die Auslöschung aller weiblichen Klone in die Wege leitet. Derweil sind auch die männlichen Castor-Klone nicht untätig: Einer von ihnen stattet Siobhan einen unangenehmen Besuch ab, um Informationen über Duncan und dessen Arbeit zu erhalten.

Sarah und Helena erleben eine schwierige Wiedervereinigung. Familie Leda macht sich indes Sorgen wegen Sarah's Abwesenheit.

Sarah fällt in alte Verhaltensmuster zurück, während sie mit den Konsequenzen ihrer Entscheidungen ringt. In einer dunklen Nacht der Seele tritt sie außerdem wieder mit Beth in Verbindung. Im Labor wird Cosima derweil von traumatischen Erinnerungen und Nachrichten von Delphine heimgesucht, die einen letzten Versuch macht, ein Heilmittel zu finden.

Nun, da Susan Duncan entthront wurde, findet sich Sarah in der gleichen Position wieder wie Rachel - unter der Kontrolle eines neuen HBIC, wodurch die Erzfeindinnen für einen guten Zweck zusammengeführt werden. Cosima und Susan streiten sich derweil über die Ethik menschlicher Experimente.

Westmoreland befiehlt eine aggressivere Handhabung von Kira während Sarah dafür kämpft ihre Tochter zu retten. Rachel entdeckt ein dunkles Geheimnis und Cosmina hat eine Idee, was die Identität von Westmoreland angeht.

Sarah bekommt mit, das Helena entführt wurde. Der Klon-Club schließt sich zusammen, um Helena zu finden bevor ihre Kinder geboren werden.