Le club d'investigation paranormale enquête sur les événements étranges qui se produisent dans l'enceinte de l'école.

L'académie Seikyou est un ensemble de bâtiments et de structures qui ne cesse de s'agrandir. Il y a des salles de classe qui sont devenues des entrepôts, des escaliers que personne ne monte et des couloirs qui se terminent brusquement. Teiichi est perdu dans l'une des sections les plus anciennes, seul...

Teiichi n'est pas le seul à voir les fantômes ; il reçoit une lettre lui demandant de rencontrer l'expéditeur. Ils disent à Teiichi qu'il est hanté et qu'il sera entraîné dans sa chute. Ne voient-ils pas la même Yuuko que lui ?

Le club d'investigation paranormale organise un camp d'entraînement à l'école. Teiichi aperçoit Yuuko du coin de l'œil, mais elle ne s'arrête pas pour lui parler. Ce soir-là, elle l'emmène dans une partie oubliée de l'école, pour voir le rocher maudit.

Le club d'investigation paranormale organise une maison hantée à l'occasion du festival culturel ; les personnes qui y pénètrent sont exposées à leur plus grande peur.

Une rumeur circule à propos d'un monstre appelé Akahito. Les élèves y ajoutent leur grain de sel et la situation devient incontrôlable. La loi de la mafia éclate, mettant en danger le club d'investigation paranormale.

Yuuko n'est plus vraiment elle-même ces derniers temps ; c'est quelque chose que Teiichi n'arrive pas à mettre en évidence. Kirie entend la voix qu'elle pensait être celle de Yuuko. La vérité commence à se faire jour et le danger augmente.

Yuuko ne se souvient plus de Teiichi et de tout ce qu'ils ont fait ensemble. Teiichi perd sa capacité à la voir et, peu à peu, la mémoire de leur relation. Qu'adviendra-t-il du club d'investigation paranormale ?

Les souvenirs de Yuuko sont revenus, mais quelque chose ne va pas. Elle manifeste des émotions que Teiichi et Kirie n'ont jamais vues auparavant. Avec ces nouvelles émotions, Shadow Yuuko commence à se déchaîner davantage.

Piégé dans les souvenirs de Yuuko, Teiichi revit les derniers jours de sa vie. Il va être témoin et vivre tout ce qu'elle a ressenti, y compris la naissance de quelque chose de plus sombre.

Yuuko ne peut plus voir ni entendre Teiichi, il est devenu un fantôme pour elle. Lorsqu'il lui tend la main, il ne lui fait que de la peine.

Tous les mystères ont été résolus, Yuuko est à nouveau entière. Mais maintenant qu'elle n'a plus de regrets, peut-elle rester un fantôme ?