Fontana e Green si trovano ad indagare sul rapimento di una bambina, creduto inizialmente come un furto d'auto. Grazie ad un identikit, il rapitore viene individuato e catturato; perquisendo la sua abitazione, trovano delle tracce di sangue e ciò fa credere che la bambina sia stata uccisa. Però la madre della bambina riceve la telefonata della figlia, che si trova con una complice del rapitore, che nel frattempo viene trovata uccisa in una camera del motel e il suo compagno confessa l'omicidio. Il rapitore si offre di rivelare il luogo in cui la bambina è stata imprigionata, in cambio di una pena leggera per un crimine quasi commesso. McCoy, messo alle strette, nonostante il parere contrario di Branch, accetta un patteggiamento, anche se si dovrà fare i conti con un giudice che non approva l'accordo.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di un uomo e scoprono che la vittima stava cercando di chiamare Olivia Benson. Proprio la Benson collabora con le indagini, arrivando a sospettare di due donne, cioè madre e figlia, in precedenza arrestate da Benson per una truffa di qualche anno prima, e rilasciate per mancanza di prove. Poiché la vittima era anche lui un truffatore, Fontana, Green e Benson scoprono che i tre erano complici della truffa, e Benson crede che le due donne lo abbiano ucciso per non spartire il bottino. La madre, infatti afferma di averlo ucciso per legittima difesa, sostenendo che la figlia era stata molestata dalla vittima dieci anni prima. Però la figlia nega la versione della madre, e la Benson indaga sul passato della ragazza e scopre che la madre dice la verità.

Fontana e Green riaprono il caso sull'omicidio di una dodicenne avvenuto 10 anni prima, in cui un uomo ucciso in una sparatoria con la polizia aveva confessato di averla uccisa con l'aiuto di un complice. All'epoca Fontana si occupò del caso, e aveva sempre ritenuto colpevole il padre della vittima, mai incriminato per mancanza di prove. Fontana capisce subito di aver commesso un errore quando numerose prove confermano la versione. McCoy incrimina il complice del delitto ma dovrà fare i conti con l'ostilità del padre della vittima, che dopo le vecchie accuse di Fontana non intende collaborare con McCoy, e con lo scetticismo di Branch, che preferisce che McCoy patteggia con il vero colpevole del delitto.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di un uomo, che aveva preso la decisione di staccare la spina che teneva in vita la moglie, malata terminale. Si sospetta sui gruppi di attivisti pro-vita che da giorni manifestavano davanti all'ospedale, e in particolare su un pastore, amico dei genitori della donna in coma, che aveva più volte espresso le sue opinioni sul caso. McCoy e la Borgia capiscono che, pur essendo il mandante del delitto, gli esecutori materiali erano la stessa famiglia della donna, tra cui il fratello di lei.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di un'aspirante giornalista che si era infiltrata in una pericolosa gang, per scrivere un articolo e dare così una svolta alla sua carriera. I sospetti dei detective si concentrano prima sulla gang, e poi su un uomo di mezz'età, incensurato e irreprensibile, e nella sua macchina vengono trovate tracce di sangue della vittima. McCoy e la Borgia lo incriminano, ma non capiscono quale sia il movente, in seguito scoprono che il figlio dell'uomo si trova in carcere, nello stesso penitenziario i cui si trovano rinchiusi i membri della banda. Infatti, minacciando la vita del figlio, la banda ha costretto il padre ad uccidere la vittima. A quel punto, i procuratori, offrono all'uomo un patteggiamento in cambio della testimonianza contro la banda, ma rifiuta, scegliendo di non difendersi attivamente al processo.

Fontana e Green arrestano una sedicenne di colore che aveva ucciso un venditore ambulante, che l'aveva denunciata ai servizi sociali per i maltrattamenti che sottoponeva alla figlia, ma alcune ore dopo la ragazza muore in circostanze misteriose. L'autopsia rivela che la ragazza soffriva di anemia falciforme, e che è morta a causa di un farmaco illegale per la sterilizzazione che ha complicato la sua condizione medica. A quel punto, Fontana e Green sospettano di un'infermiera che praticava una procedura a delle povere e problematiche ragazze senza il loro consenso, per migliorare le loro condizioni di vita. McCoy e la Borgia la incriminano per omicidio colposo, facendo testimoniare la nonna della vittima.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di una giovane donna e sul rapimento del figlio di 5 anni, i sospetti cadono prima sul suo ex fidanzato e dopo una testimone riferisce agli inquirenti di aver visto una donna uscire dall'appartamento della vittima con il bambino in braccio. La donna, dopo essere stata individuata e arrestata, afferma di aver rapito il bambino negando di avergli ucciso la madre. Il suo difensore invoca una gravissima forma di depressione in seguito ad un aborto; ma proprio quando il processo si complica, McCoy e la Borgia scoprono un inaspettato contatto tra l'imputata e l'ex compagno della vittima.

Fontana e Green indagano sull'omicidio del proprietario di un'impresa di trasporti. Indagando sulla sua attività lavorativa, scoprono che la vittima trasportava con i suoi camion i clandestini provenienti dal Sudamerica, tramite un membro di un'associazione che sorveglia i confini per impedire l'ingresso dei clandestini; proprio l'uomo viene identificato da una donna che lo ha visto nascondere l'arma del delitto, ma quest'ultimo si difende affermando di aver agito da solo per proteggere le leggi del suo paese. McCoy e la Borgia scoprono che è stato spinto da un altro componente del gruppo, sospettato di un omicidio commesso in Arizona.

Fontana e Green indagano su una serie di omicidi avvenuti in tre zone differenti di Manhattan e riescono a capire che l'assassino vuole eliminare la persona di cui conosce solo il nome. Indagando, identificano il killer e rintracciano il veicolo, nel quale trovano una lista di sei nomi, tra cui quelli delle tre vittime e altri due mancanti, una delle due vittime designate si scopre essere incredibilmente McCoy. Quest'ultimo spiega ai detective il legame tra le persone identificate nella lista: nove anni prima, ha fatto condannare un uomo che aveva ucciso sua moglie e i colleghi di lavoro di lei per vendetta: la terza vittima e gli altri due erano testimoni, i quali saranno tra poco saranno chiamati nuovamente a prestare la loro testimonianza nel processo d'appello...

Fontana e Green indagano sul suicidio di una ragazza, la figlia di una compagna di college della Van Buren, lei stessa chiede ai detective di indagare sul suo ex fidanzato, che alcuni mesi prima le aveva sfigurato il volto con una sostanza acida, portando la ragazza a togliersi la vita. L'uomo non era mai stato incriminato per aggressione con l'acido perché la vittima non l'aveva denunciato, affermando che si era trattato di un incidente. La Van Buren chiede la collaborazione della madre della ragazza, la quale però, dopo aver identificato in un confronto l'ex fidanzato che ha visto sulla scena dell'incidente, ritratta perché da mesi l'uomo minaccia lei e l'altra figlia. A quel punto la Van Buren sfiora la falsa testimonianza confermando durante il processo l'identificazione senza menzionare la successiva identificazione, e poi confessa a McCoy l'inganno, costringendolo ad far archiviare il caso.

Fontana e Green indagano sul furto di una preziosa edizione della Torah ebraica sottratto dal proprietario, un rabbino che l'aveva ricevuta dal padre che l'aveva portata dalla Polonia. Ma il libro viene distrutto e i detective dovranno indagare anche sull'omicidio del responsabile del furto e della distruzione del libro. I sospetti di Fontana e Green si concentrano sul cugino del rabbino, per guadagnare del denaro, aveva pagato un uomo per lacerare il libro sacro, e per questo l'avrebbe ucciso per salvare quel libro. A quel punto confessa il crimine, ma McCoy persegue anche il cugino dell'imputato, accusandolo di aver messo in pericolo l'uomo incaricato di distruggere il libro.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di un commercialista, amico d'infanzia di un boss mafioso, avvenuto nel suo appartamento mentre la moglie viene gravemente ferita dopo aver sorpreso l'assassino. I loro sospetti si concentrano su un criminale di basso livello che viene arrestato, dopo che è stato identificato dalla moglie della vittima. Ma l'uomo viene assolto in seguito ad una serie di ostacoli che ha impedito a McCoy di farlo condannare. Però poco dopo essere assolto, un ex poliziotto, anche lui amico d'infanzia del boss e della vittima lo uccide, ma l'uomo afferma di averlo ucciso per legittima difesa; al contrario, Fontana, Green, McCoy e la Borgia credono che si tratti di omicidio volontario ordinato dal boss. Davanti alla prospettiva di finire in prigione, l'ex poliziotto minaccia McCoy di rivelare pubblicamente di aver falsificato le prove in tante indagini per omicidio di cui si è occupato, cosa che pregiudicherebbe gli esiti dei processi.

Fontana e Green indagano sullo strano suicidio di un giornalista, avvenuto in una stanza d'albergo. I detective pensano che si sia trattato di omicidio, e scoprono che il reporter era completamente instabile e che la sua compagna l'aveva da poco lasciato perché aveva avuto un figlio da un'altra donna. Interrogata da Fontana e Green, la compagna afferma che il giornalista soffriva di una gravissima forma di depressione e che le aveva chiesto di assisterlo al suicidio, come confermato dal video, girato pochi minuti prima della sua morte; nonostante l'opinione contraria della Borgia, McCoy processa l'ex compagna della vittima per omicidio, ma scopre che in quella stanza d'albergo c'era un'altra persona, cioè il fratello del giornalista.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di uno studente di 18 anni, dovuto allo strangolamento con l'archetto del suo violoncello. I detective scoprono che per guadagnare denaro vendeva i risultati degli esami ai suoi compagni, tra cui un ragazzo di una famiglia altolocata a cui la vittima, dopo un litigio, aveva rifiutato il suo aiuto per superare un esame importante. McCoy lo incrimina per omicidio ma deve vedersela insieme alla Borgia con un'agguerrita avvocatessa di grado, secondo lei il gesto del suo cliente è stato cagionato da un particolare farmaco per la concentrazione che l'imputato assumeva per migliorare le proprie prestazioni scolastiche ed essere all'altezza delle aspettative dei genitori.

Una mamma confessa ai detective di aver sparato e ucciso suo figlio per paura che il ragazzo diventasse una seria minaccia per la società.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di un operatore di sicurezza privato nonché ex militare avvenuto nella sua stanza d'albergo. La vittima era rientrata da poco dall'Iraq, dove aveva partecipato ad un'operazione a capo di un gruppo di appaltatori, in cui due di loro sono stati uccisi in un agguato. I sospetti di Fontana e Green cadono su un altro componente del gruppo che ha partecipato all'operazione, il quale riteneva la vittima responsabile della morte dei loro compagni e del fratello di una delle vittime dell'agguato. I due vengono incriminati per omicidio, e il loro avvocato Danielle Melnick, intercetta le simpatie della giuria mostrando un video in cui ritrae le vittime dell'agguato in Iraq catturate e incentrando la sua difesa sulla crudeltà del conflitto iracheno...

Fontana e Green indagano su una rapina in banca, in cui il rapinatore è stato ucciso dalla guardia giurata e il direttore della banca arrestato come complice. I detective scoprono che l'uomo aveva aiutato la vittima e il suo complice a rapire una bambina di 6 anni, cioè sua figlia. Fontana, dopo aver individuato il secondo rapitore lo incita a rivelare il luogo dove era nascosta la bambina. Infatti la bambina viene ritrovata e il difensore dell'imputato accusa Fontana di averlo aggredito, chiedendo il proscioglimento del suo cliente.

Fontana e Green indagano sull'omicidio del proprietario di una tavola calda, scoprono subito il responsabile del delitto, un quattordicenne problematico che non aveva nessun legame con la vittima. Interrogando i genitori adottivi del ragazzo, Fontana e Green scoprono che la sorella del ragazzo era morta di AIDS, e che era stata ricoverata in una clinica poco distante da dove è stato commesso l'omicidio. A quel punto scoprono che il vero obiettivo dell'agguato era una cliente dell'amministrazione della clinica. Dopo che il responsabile del delitto si è tolto la vita, Fontana e Green indagano sulla morte della sorella dovuta a un cocktail letale di farmaci anti-AIDS non approvati dalle autorità sanitarie. McCoy incrimina il medico che aveva in cura la ragazza morta, e dopo aver scoperto che lui stesso è ammalato di AIDS lo aveva accusato di averla usata come cavia per motivi personali.

Fontana e Green indagano sull'omicidio di una giovane agente di polizia che lavorava sotto copertura e sospettano dei trafficanti di droga albanesi su cui la vittima indagava. Uno dei sospettati afferma di aver scoperto che la vittima era una poliziotta grazie ad una foto pubblicata su un giornale, insieme ad un articolo relativo scritto da suo padre, un attivista repubblicano, che aveva attaccato molto duramente un parlamentare democratico: i sospetti di Fontana e Green cadono sul capo dello staff del deputato, che per colpire il padre, aveva rivelato la copertura della figlia al giornale, provocandone la morte. Per McCoy e la Borgia sarà molto dura processarlo per omicidio.

Fontana e Green cercano di scagionare il detective Falco, accusato dell'omicidio di una ragazza con cui aveva passato la notte, avvenuto proprio nel suo appartamento. Falco è il maggior sospettato del delitto e Fontana e Green scoprono che la vittima faceva cadere in trappola alcuni ricchi per poi essere derubati dai suoi complici. Quindi i sospetti di Fontana e Green cadono sul capo della banda, nonché ex gangster e padre di uno dei membri della banda, arrestato da Falco molto tempo prima. Poi si concentrano sulla fidanzata di suo figlio, furibonda dopo aver saputo che la vittima aspettava un figlio da lui. Tuttavia, le intrusioni di Falco nelle indagini influenzano McCoy e la Borgia, fino a quando Fontana e Green capiscono che il responsabile dell'omicidio era una persona apparentemente insospettabile.

Fontana e Green indagano sul massacro di una famiglia, e scoprono che il vero obiettivo era il padre, che al momento della tragedia non era in casa. L'uomo aveva fornito dei falsi distintivi della polizia ai due malviventi, che li avevano utilizzati per delle rapine, e poi aveva collaborato con la Borgia per arrestarli, ma con esiti disastrosi. Ma la Borgia viene rapita e uccisa dagli stessi che hanno commesso il massacro. Fontana e Green sospettano di un poliziotto corrotto che ha fornito il distintivo come modello per le imitazioni, e McCoy cerca con tutti i mezzi di fare giustizia per la Borgia, fino a quando gli assassini non vengono arrestati dopo aver ucciso il poliziotto corrotto, e il vice procuratore federale fa esonerare McCoy dal caso.