Wayward Pines wird durch eine Rebellion gegen die Schreckensherrschaft der ersten Generation erschüttert. Inmitten dieser Unruhen findet sich plötzlich der Chirurg Dr. Theo Yeldin wieder, als er aus seinem Kälteschlaf geweckt wird. Der Neuankömmling merkt, dass Wayward Pines keine Stadt wie jede andere ist. Bald wird auch ihm klar, dass die Zukunft der gesamten Menschheit auf dem Spiel steht.

Theo hat Schwierigkeiten, sich mit seinem neuen Leben in Wayward Pines zu arrangieren. Doch dann erkennt er, als einziger Chirurg in der Stadt kann er Druck auf Jason Higgins, den Anführer der ersten Generation, ausüben, um die Wahrheit über Wayward Pines zu erfahren.

In einer Reihe von Rückblenden wird geschildert, wie und warum Jason Higgins zum Anführer der ersten Generation von Wayward Pines herangezogen wurde. Derweil taucht Schwester Pam wieder auf und wird für die Stadt zu einer tödlichen Bedrohung

Nachdem Xander jenseits des Stadtzaunes festsaß, schafft er es nun endlich nach Wayward Pines zurück. Begleitet wird er von einem unerwarteten Rückkehrer, der ihn dabei unterstützt, mehr über die Absichten der Abbies zu erfahren.

Rebecca erinnert sich an ihr erstes Treffen als Architektin mit David Pilcher. Dabei wird die Entstehung von Wayward Pines enthüllt. Theo ist wiederum schockiert, als Rebecca ihm ein Geheimnis gesteht. Unterdessen vertraut Theresa CJ Mitchum und Adam Hassler an, sie möchte fortan außerhalb des schützenden Zaunes leben.

Die Abbies greifen CJ Mitchum und seine Erntegruppe an. Dabei wird Theresa lebensgefährlich verletzt. Zudem steht die Stadt nun vor einer Nahrungsmittelknappheit. Daraufhin stellt Theo eine provisorische Aufnahmestelle zur Einteilung der Verletzten zusammen.

Theo und Megan sind sich uneinig bezüglich der Intelligenz der Abbies. Auf jeden Fall will Theo versuchen, mit deren Anführer zu kommunizieren. Dabei hat die Unterschätzung der Situation jedoch tödliche Folgen. Derweil lässt CJ Mitchum sein Leben Revue passieren. Er denkt auch über die große Verantwortung nach, die er über die Jahrhunderte getragen hat.

Ausnahmezustand in Wayward Pines: Die gefangene Abbyanführerin ist ausgebrochen! Theo schließt sich mit Adam Hassler zusammen, um sie wieder ausfindig zu machen. Währenddessen bekommt Jason niederschmetternde Neuigkeiten über Kerry.

Nach und nach rücken immer mehr Abbies an den elektrischen Zaun von Wayward Pines, weswegen Jason eine fatale Entscheidung fällt. Theo und Xander müssen nun ihre Differenzen beiseitelegen, um ihn aufzuhalten, bevor die Menschheit endgültig verloren ist. In Rückblenden wird unterdessen David Pilchers Suche nach seinem Auserwählten erzählt.

Während sich eine Horde von Abbies vor Wayward Pines versammelt, wird die Evakuierung der Stadt eingeleitet. Aufgrund von Platzproblemen wird Theo zu einer schwierigen Entscheidung gedrängt, die das Schicksal der Menschheit endgültig besiegeln könnte. Werden alle Bewohner der Stadt überleben können?