Píše se rok 4032 a městečko Wayward Pines stojí na prahu občasné války mezi dvěma frakcemi. Město ovládají členové První generace. Jejich odpůrci chystají rebelii, která by ve Wayward Pines nastolila jiný druh vlády. Jejich vůdci jsou mladý Ben Burke a Xander Beck. Do tohoto chaosu se probouzí doktor Theo Yedlin, který není ani pořádně seznámen se současnou situací. Naopak je hned postaven na operační sál, kde leží ve vážném stavu Kate Hewsonová, která patří mezi frakci odporu. Theo ji má zachránit život, aby vůdce První generace, Jason Higgins, mohl zjistit, kde se ukrývají členové odporu.

Tvorové na vnější straně zdi mění strategii. Snaží se sami obětovat, aby mohli překonat bezpečnostní plot. Když ke kritickému místu doráží jednotky První generace, je po útoku Kerry vážně zraněna. Jason si uvědomí, že udělal obrovskou chybu, když poslal doktora Yedlina za zeď zemřít. Vysílá jednotku, aby ho zachránili. Theo si tak uvědomuje, že nyní svírá velkou moc a může se dozvědět všechny informace, které chce vědět. Mezitím se Benova matka, Theresa, snaží přemluvit vojáky, aby se vydali najít Bena, protože je jedním z nich.

Jason a celé městečko Wayward Pines čelí nečekané zprávě o tom, že nestvůry migrovaly pryč od města. Jason tak chce naplnit sny Davida Pilchera, který vždy chtěl osídlit vnější stranu zdi. Jeho plány naruší návrat Pamely, sestry Davida Pilchera. Megan začíná být ohledně ní velice podezřívavá a tuší, že chystá něco, čím by mohla ohrozit celé Wayward Pines. Mezitím Kerry neustále klade Jasonovi otázku, zda udělal správnou věc, když vyhnal Bena za zeď.

Xander Beck se ocitá na vnější straně zdi, která chrání Wayward Pines. Sám je překvapen, že je vůbec naživu. Daleko větší překvapení je moment, kdy se setká s Adamem Hasslerem, který kdysi z Wayward Pines unikl. Mezitím se chystá výprava za zeď a Theresa se mermomocí snaží přidat k expedici ve snaze zachránit svého syna. Současně musí Megan Fisherová řešit komplikace při zajišťování budoucí generace. Dívky kolem 11 let nemají žádnou jinou možnost než otěhotnět.

Uprostřed ulic Wayward Pines je odchycena neznámá samice druhu Abby. Megan a ostatní chtějí zjistit veškeré informace, které by mohli maximálně využít v boji proti jejímu druhu. Theo Yedlin se mezitím dozvídá od své manželky Rebeccy pravdu, která ho tvrdě zasáhne, zatímco musí řešit problémy s mladým Frankem, jenž má problémy rozmnožovat se s dívkami, což by ho mohlo dovést do těžkých nesnází, které by skončily smrtí.

Flashback: Pohled, jak se Rebecca Yedlin stala nedílnou součástí megaplánů vizionáře jménem David Pilcher.

Abbies mění strategii a pomocí ohně zapalují úrodu určenou pro Wayward Pines. Jason je jejich chováním silně překvapen a navíc musí řešit komplikovanou situaci ohledně jídla. Na současných zásobách město vydrží pouze tři týdny. Mezitím roste napětí mezi Theem a Xanderem, kteří mají za manželku tu samou ženu a nehodlají se o ni dělit. Na uvězněném ženském druhu probíhají testy, které odhalí fascinující zjištění o jejím mozku.

Jak se zdá, zajatá samice Abby je vůdkyní svého druhu. Doktor Yedlin naznačuje, že může být daleko chytřejší než jakýkoliv člověk. Proto se chystá provést několik testů a cvičení, které by jim pomohly domluvit se s ní a v nejlepším případě dojednat mírové podmínky. Jason celý pokus zatracuje od samého začátku a chce použít vojenskou sílu.

Flashback: Pohled do minulosti CJ Mitchuma, jak se stal svědkem konce světové civilizace a jeho následné probuzení ve 41. století.

U hranic Wayward Pines se shromažďuje obrovské množství Abbies, kteří se pravděpodobně chystají na město zaútočit a pomstít tak svoji královnu, která je těžce zraněná. Jason vidí jen jediná východisko. Zamknout se v horách do stázových komor, kde by přečkali několik stovek let, než by se situace utišila. Jediný problém může být fakt, že komory poberou sotva polovinu populace města. Jason za těchto podmínek musí provést selekci, kdo bude žít.

Jason je mrtvý a Abbies se před městem shromažďují k drtivému útoku. Z Thea je neoficiálně nový vůdce komunity. Jasonův plán ale stále platí. 60 % populace se odebere do stázových komor, aby se mohli probudit v lepší budoucnosti, kdy bude město Wayward Pines bezpečné. Během toho všeho zmatku musí Theo udělat nejtěžší rozhodnutí svého života, aby odrazil hrozbu Abbies.