Dr. Theo Yedlin je novi stanovnik Wayward Pines_a i tu je samo da pokuša spasiti Kejt vođu otpora.Nakon uspješne operacije Kejt pokušava doktoru saopštiti istinu ali umješa se Megan.Džejson samoproglašeni vođa Wayward Pines_a bori se protiv šacice pobunjenika na čijem je čelu Ben Burke.Javnom egzekucijom nekolicine pobunjenika Ben i društvo se predaju a Džejson ih baca iza zida nadajući se da će otarasiti svjedoka i konkurencije.

Doktor, Ben i Xander su napolju prepušteni sami sebi.Džejson shvaća da što prije moraju pokupiti hranu koja se nalazi iza zida.Keri je ranjena i doktor je spašen samo radi toga.Benova majka vodi bitku da vrati sina nazad.

Pam se ponovo pojavljuje u gradu i ima pakleni plan, Džejson joj oprašta za ubistvo njihovog vođe a njenog brata Pilčera.Aberi su nestali i niko ne zna gdje se kriju.Doktor Teo kopa dublje zašto je on baš izabran da bude dio populacije u Wayward Pines_u.

Xander je živ i uspjeva da pobjegne iz pećine u koju su ga ubacili abiji, putem nabasa na neočekivanog poznanika za kojeg su svi mislili da je već odavno mrtav.Adam i Xander se vraćaju u Wayward Pines.Rebeka ima sukob sa Megan i izlazi kao pobjednik.CJ vodi prvu ekspediciju koja se namjerava naseliti izvan zidova Wayward Pines_a.

Aberi napadaju CJ_a i žeteoce koji trpe velike gubitke a prva je nastradala Teresa kojoj Doktor Teo jedva spasi život.Džejson se polako gubi u svom liderstvu.Ženka Abija je ustvari njihov vođa i dolaze po nju!

Vodi se polemika oko inteligencije Abija i šta su ustvari oni.Džejson kao i uvijek donosi pogrešne odluke.Podcjenjivanje vođe Abija za Megan znači smrtne posljedice.

Svi u Wayward Pines imaju samo jedan zadatak, pronaći ženku Abija koja je pobjegla.Xander uvjerava Rebeku da prihvati istinu o njima a Džejson je razočaran priznanjem koje čuje od Keri.

Prošlost je ono što veže sve stanovnike wayward Pines_a.Džejson odlučuje da svi idu u kapsule i tako izbjegnu smrt od Abija.Doktor Teo i Xander imaju nešto drugo na umu posebno nakon objave da sve kapsule nisu u funkciji i da će samo izabrani biti spašeni.Keri ulazi u sukob sa Džejsonom.

Aberi se skupljaju da napadnu grad, stanovnici Wayward Pines_a čekaju da na njih dođe red i polako shvataju da su obmanjeni.Doktor Teo se vraća u grad po Xandera i Franka a nakon  toga planira sebe zaraziti najgorim virusima i tako uništiti Abije.Doktorov plan uzima na sebe Keri i izlazi van ograde.Hoće li Wayward Pines opstati?