Efter att ha överlevt en bilkrasch upptäcker Secret Service-agenten Ethan Burke att han har hamnat i den lilla staden Wayward Pines i Idaho. Men han upptäcker snart att något inte står rätt till.

Ethan försöker förstå varför sheriffen inte vill att han ska lämna Wayward Pines. Samtidigt börjar Theresa bli frustrerad över att inte få veta något om Ethans försvinnande.

Omskakad efter den senaste tidens händelser blir Ethan lättad när han får se någon han känner i Wayward Pines.

Ethan har fått en ny roll i staden och försöker anpassa sig till den medan han letar efter en väg ut.

Ethan tar sig genom skogen och utanför staketet i sin jakt på sanningen. Samtidigt går Ben på en lektion i skolan där han får veta vad som verkligen händer i Wayward Pines.

Ethan får veta sanningen om Wayward Pines, medan Theresa gör efterforskningar på egen hand.

Trots att Ethan har fått veta att han inte får berätta sanningen om Wayward Pines för någon, bestämmer han sig ändå för att säga vad han vet till Theresa. Men hon har svårt att tro på honom.

Den hemliga motståndsrörelsen i staden gör nya försök att fly från Wayward Pines, och Ethan gör vad han kan för att hindra dem.

Ethan och David Pilcher försöker hitta en lösning på upploppen i Wayward Pines, men de har olika idéer om vad som måste göras. Till slut är situationen ohållbar och Pilcher tar saken i egna händer.

The electricity in Wayward Pines is turned off with deadly repercussions. As Ethan and Kate take the necessary steps to move everyone out of harm's way, Nurse Pam confronts Pilcher on his decision and tries to convince him to reconsider.