Amikor Ethan Burke FBI ügynök autóbalesete után magához tér Wayward Pinesban, elkezdi felfedezni az ártalmatlannak tűnő kisváros sötét titkait...

Miután Ethan megtalálja Bill Evans titkosügynök holttestét egy elhagyatott házban, Beverly segítségével további nyomok után kezd kutatni. Mindeközben Theresa és Ben úgy dönt, hogy Idahóba utazik Ethan után, aki megtudja, hogy Wayward Pines lakosai miért kötelesek felvenni a telefont.

Amikor Beverlyvel végeznek a főtéren, Ethant teljesen megdöbbenti, hogy Kate is részt vesz a barbár szertartáson. Bár elhatározza, hogy megtalálja a Wayward Pinesból kivezető utat, Peter találkozik Peter McCall ingatlanügynökkel, akitől kap egy új házat. Mindeközben Theresa és Ben Idahó felé tart, hogy megtalálják Ethant, aki újra összetűzésbe kerül Pope seriffel.

Miután Burke-ék összetűzésbe keverednek Pope seriffel, visszatérnek a városba, ahol kiderül, hogy Ethan fontos pozíciót kapott a városban. Új szerepének köszönhetően Pam nővér arra utasítja Ethant, hogy vezesse a tömeg elé Peter McCallt, egy „árulót”, aki graffitit festett a Main Streetre. Mindeközben Ben első napját tölti a Wayward Pines Academyn, ahol magánórát kap Megan Fishertől, Theresának pedig munkát ajánlanak ingatlanosként.

Ethan kimerészkedik Wayward Pinesból, ahol felfedi a megdöbbentő igazságot. Mindeközben Theresa megkezdi munkáját ingatlanosként, és találkozik az első kliensével, aki pont olyan zavarodott a különös városka miatt, mint maga Theresa. Ben részt vesz az orientáción, és tanárától, Megan Fishertől megtudja az igazságot Wayward Pinesról.

Ethan finds a bomb planted in his car, which leads him to question people he thought he could trust; Kate and Harold discuss their fertility issues with Nurse Pam; Ben's relationship with Amy heats up.

David suspects a traitor inside the complex helping the insurgents, and orders Pam to question the technicians. Meanwhile, Ethan is determined to stop more terrorist attacks like the one that put Ben in the hospital.

Harold's failed attempt to break past the fence surrounding Wayward Pines leads to questions from Ethan about other insurgents who have gone off the grid. Amy's health takes a turn for the worse. Nurse Pam pushes Theresa to investigate Plot 33. Ben is encouraged by his teacher to speak publicly about current events.

The electricity in Wayward Pines is turned off with deadly repercussions. As Ethan and Kate take the necessary steps to move everyone out of harm's way, Nurse Pam confronts Pilcher on his decision and tries to convince him to reconsider.