Luego de sobrevivir a un terrible accidente automovilístico, el Agente Especial Ethan Burke se encuentra en la encantadora ciudad rural Wayward Pines, donde pronto descubrirá que algo no está bien.

Ethan intenta entender por qué el sheriff Pope no quiere que se vaya del pueblo. Por otro lado, frustrada por la falta de información y de respuestas sobre el paradero de Ethan, Theresa decide ir a buscarlo.

Ethan se resiste a su nueva función en el pueblo y sigue buscando un modo de salir, sobre todo ahora que su familia llegó y necesita mantenerlos a salvo.

Ethan se abre camino a través del bosque y traspasa la línea de la cerca, donde descubre algunas verdades sobre el pueblo.

Ethan es llevado a un lugar secreto en el pueblo, donde se entera del resto de la verdad acerca de Wayward Pines. Mientras tanto, Theresa investiga por cuenta propia.

Agobiado por la verdad, Ethan decide confiarle a Theresa todo lo que sabe. Por otro lado, un grupo de insurgentes se convierten en una amenaza para la supervivencia del pueblo.

Ethan investiga al grupo insurgente que provocó el caos en Wayward Pines. Por otro lado, convocan una reunión para distraer y reunir a la gente del pueblo.

La reacción de Ethan frente a los insurgentes da como resultado una polarización en el pueblo, en especial de parte de su hijo y los otros jóvenes. Pilcher toma el asunto en sus manos, lo que pone en peligro la ciudad y a todos sus habitantes.

Pam se enfrenta a Pilcher, mientras Megan cambia de parecer y ayuda a Ethan a conducir a la gente del pueblo hacia la seguridad y la verdad.