Nach einer Explosion auf der Hauptstraße befinden sich zwei Bewohner von Wayward Pines in einem kritischen Zustand. Aber wer ist für die schreckliche Tat verantwortlich? Ethan nimmt unverzüglich die Ermittlungen auf. Derweil beschließt Harold aus dem Geheimprojekt auszusteigen, das er mit Kate geplant hatte. Schwester Pam wiederum plagen andere Sorgen: Sie will herausfinden, ob Falschinformationen über die Bewohner von Wayward Pines weitergegeben wurden – und wenn ja, von wem.

Nachdem Harold versucht hat, den Zaun um Wayward Pines zu durchbrechen, nimmt Ethan ihn ins Verhör, um mehr über die anderen Aufrührer herauszufinden. In der Zwischenzeit geht es mit Amys Gesundheitszustand bergab. Schwester Pam ermutigt Theresa, das mysteriöse Grundstück 33 zu untersuchen, während Ben von seiner Lehrerin Megan Fisher dazu verleitet wird, öffentlich über die aktuellen Ereignisse in Wayward Pines zu sprechen. Ethan enthüllt schließlich allen die Wahrheit über den Ort

Pilchers Beschluss, den Strom in Wayward Pines abzuschalten, hat ein tödliches Nachspiel. Ethan und Kate ergreifen daraufhin kurzentschlossen die Initiative, um alle in Sicherheit zu bringen. Schwester Pam will Pilcher derweil dazu bewegen, seine Entscheidung noch einmal zu überdenken. Und während Ethan und Kate sich auf einen Angriff vorbereiten, will die erste Generation die Zukunft von Wayward Pines schützen und nimmt die Geschicke selbst in die Hand.