Agente do FBI, Ethan Burke acorda na cidade perfeita de Wayward Pines e começa a descobrir os segredos mais sombrios da cidade aparentemente inocente.

Ethan esforça-se para compreender por que o Xerife Pope não quer que ele deixe Wayward Pines; frustrado pela falta de informação e respostas sobre o paradeiro de Ethan, Theresa decide que ela vai em busca dele sozinha.

Ethan é levado a uma estrutura secreta na cidade, onde aprende o resto da verdade sobre Wayward Pines; Theresa faz algumas investigações por conta própria.