중립국 지오르의 제1스피어 모듈 77에 위치한 사키모리 고교.

학교는 오늘도 평화로웠고, 하루토와 쇼코는 오늘도 평범하지만 시끄러운 하루를 보내고 있었다.

그런데 처음 보는 한 무리의 학생들이 학교 안을 어슬렁거리는 것과 때를 같이하여 도르시아 연방의 군대가 침공해 온다.

하루토는 눈앞에 자기가 쓰러져 있는 모습을 보고 혼란에 빠진다.

자기가 자신을 찔렀던 남자 몸이 되어 있고, 학교 친구와 선배들도 전혀 믿기지 않는 상황.

하지만 그럼에도 하루토는 쇼코의 복수를 위해서 발브레이브를 되찾기로 결심한다.

아루스 군에 의해 구조받은 사키모리 학생들은 탈출 준비에 들어간다.

한편 하루토는 인기를 실감하면서도 자신의 신체 변화에 괴로워 하는데...

그때, 잡혀 있던 엘 엘프가 탈출하여 아루스 군과 학생들의 발을 묶는다.

자신과 계약하라는 엘 엘프의 요구를 거절한 하루토. 하지만 상황은 결코 쉽지 않았다. 결국 아루스는 학생들을 버리고 발브레이브와 하루토만 가로채 도망치기로 한다. 이를 저지하고 가까스로 발브레이브를 되찾았지만 상황은 사면초가. 그런데 그때 쇼코가...

쇼코의 독립선언 이후 일주일, 사키모리 학생들은 어른 없이 자유를 만끽했다.

하지만 그 평화는 모듈 전체가 갑자기 겨울이 되면서 깨지고 말았는데...

여기저기에서 불평불만과 불안의 목소리가 나오기 시작한다.

사키는 대뜸 발브레이브 하나에 올라타 인간을 포기하고, 하루토는 소스라치게 놀란다. 그런데 갑자기 도르시아 군의 공격이 재개되고, 모듈을 호위해주던 아루스는 속수무책.

한편 하루토와 함께 출격한 사키는 처음 경험하는 전장의 공포에 압도당하고 만다.

엘 엘프는 신생 지오르의 군사 국가화가 거절당하자 쿠데타를 감행한다.

하루토는 이에 대항하려 발브레이브로 향하지만 엘 엘프는 거기까지 예측했는데...

거기에 왼쪽 눈에 붕대를 감은 아드라이가 난입한다.

아이나가 죽은 걸 알게 된 하루토는 견디기 어려운 죄책감과 슬픔에 휩싸인다. 한편 엘 엘프는 또다시 도르시아 군이 공격해 올 것이라는 예언을 하는데... 엘 엘프는 나라를, 그리고 친구들을 구하기 위해서 자신과 계약하라며 재차 하루토를 압박한다.

모듈 77은 중립지대 달로 향하고, 학생들은 엘 엘프의 지도 하에 군사훈련을 받게 된다.

하지만 이누즈카와 썬더는 자기 손으로 원수를 갚고 싶어 견딜 수가 없었는데...

하루토와 사키가 도르시아 군을 쫓아간 사이 숨어있던 적 주력이 모듈에 맹공을 가한다.

나나미의 제안으로 신생 지오르의 새 총리를 선출하게 된다.

출마를 놓고 고심하는 쇼코를 보는 하루토는 심경이 복잡했는데...

점점 발작 간격이 짧아진다는 점이 더더욱 걱정이었다.

중립지대 달에 점점 가까워지면서 학생들은 모두 기대로 들떠 있었다.

하지만 도르시아의 대함대가 달로 가는 길을 원천봉쇄하고 공세를 가한다.

한편 쇼코의 눈앞 모니터에는 도르시아 병사들에게 결박당한 아버지의 모습이...

모듈 안에 돌입한 이디알은 거대한 드릴 머신을 사출한다.

그 드릴 머신은 독가스를 뿜어 주변 학생들을 전멸시키면서 학교 본관을 향해 돌진하는데...

한편 하루토는 엘 엘프와 합류하여 도르시아 군을 몰아낼 방법을 궁리한다.

비록 1호기를 반파시켰지만 2호기도 과열되어 카인은 후퇴할 수밖에 없었다. 한편 모듈 77은 무사히 달에 도착했지만 학생들은 냉엄한 국제사회의 현실에 부딪친다. 결국 외교 카드로 쓰기 위해 지구 위력 정찰을 계획하지만 발브레이브들이 모두 멈추어 버리는데...

가까스로 도르시아 함대를 돌파하여 지구 궤도까지 당도한 하루토 일행. 하지만 도르시아 함대에 또다시 발각당하면서 조용히 강하하려던 계획은 수포로 돌아가고... 지구 강하를 둘러싸고 피말리는 시간싸움이 펼쳐진다.

엘 엘프는 도르시아군의 수송기를 빼앗아 지오르로 이동할 계획을 세운다. 그리고 도르시아군에 잠입할 멤버로 사키와 아키라를 점찍는데... 한편 작전 개시를 기다리던 하루토는 발브레이브 안에 타고 있는 마리에를 목격한다.

마리에의 총상이 낫는 것을 보고 놀라는 하루토와 엘 엘프, 그리고 마리에 본인. 한편 1호기의 부재와 도르시아의 신 형병기 때문에 상황은 점점 수세가 되어가는데... 폭격으로 인해 무너진 바위 안에 갇힌 마리에는 결국 발브레이브에 타게 된다.

마지막 빛을 발하며 발브레이브 속에서 목숨을 잃은 마리에. 하루토와 엘 엘프는 피노를 추궁해보지만 얻을 수 있는 건 하루토도 발브레이브를 계속 타다 보면 언젠가 그렇게 될 수 있다는 절망적인 사실뿐이었다.

모듈 77이 위험하다는 소식을 들은 멤버들은 구식 로켓을 탈취하여 우주로 돌아가기로 한다. 한편 하루토 일행은 로켓이 준비되는 틈에 근처로 끌려온 지오르인 구출 계획을 세우는데... 지하시설에서 만난 하루토의 아버지는 충격적인 이야기를 늘어놓는다.

박물관의 로켓을 이용한다는 작전은 카인에게 간파당하고, 동료들은 궁지에 몰린다. 엘 엘프는 도개교를 내리겠다면서 동쪽 도로를 활주로로 이용하라고 지시를 내리고... 활주하는 로켓을 바라보면서 리제로테가 무사히 도망치기를 기원한다.

심장을 관통당하고도 상처가 아무는 루키노, 그리고 팬텀의 배에서 자행된 룬 채취. 마기우스의 시나리오대로 대중들은 경악하고 모듈 77 학생들은 위험생명체로 규정된다. 하지만 피비린내나는 학살극 속에서 필사의 탈출을 꾀하는 와중에도 멤버들은 서로를 믿지 못하는데...

구조신호를 보내려 하지만 통신기는 먹통이고 산소는 점점 떨어져가는 상황. 그 급박한 상황에서 지금까지 쌓인 감정이 폭발한 둘은 급기야 뒤엉켜 싸우기 시작하고... 하지만 하루토도 엘 엘프도 아직은 죽을 수 없다는 의지가 남아있었다.

40만 연합군이 지키고 있는 모듈 77. 발브레이브는 넷. 10만대 1의 절대적인 숫자 차이를 무릅쓴 모듈 77 탈환작전이 시작된다. 필사적으로 우주공간을 누비는 발브레이브들과 은밀하게 움직이는 엘 엘프 일행은...

엘 엘프는 총통의 정체를 폭로하는 데 성공하지만 마기우스는 바로 언론통제로 대처한다. 그리고 그 가운데 카인이 2호기를 타고 하루토의 1호기를 몰아붙이는데... 하루토 혼자서는 도저히 상대가 되지 않는다고 판단한 엘 엘프는 자기 몸을 가로채라고 말한다.