Черепахи считают, что они победили большинство своих старых врагов, но вскоре обнаруживают, что из пепла поднимается новое зло.

Карай ищет легендарного Куро Кабуто, претендующего на роль законной наследницы Клана Фут, когда она внезапно встречает старого соперника.

У Дона Визиосо оказывается сердце Шреддера. Черепашки и Тигриный коготь пытаются забрать его у него.

Черепахи должны победить могущественного Каваксаса, чтобы он не уничтожил мир.

Нейтритон возвращается в Нью-Йорк - более мощным, чем когда-либо прежде, и объединяет силы с опасным и неожиданным союзником. С помощью Моны Лизы Черепашки встают на защиту своего города.

Черепашки попадают в альтернативное измерение, где встречают кролика-самурая по имени Миямото Усаги.

Усаги проводит Черепашек сквозь лес, населенный призраками, где они сталкиваются с озорными и опасными духами.

Когда Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело со своим другом Усаги достигают цели своего назначения, они сразу же должны помочь Кинтаро исполнить свою судьбу.

Когда Сплинтер только мутировал в крысу, он был вынужден учиться выживать в условиях постоянного преследования, а также защищать четырех черепах-мутантов-младенцев.

Постаревший, закаленный Рафаэль сражается с дорожными бандами в пост-апокалиптической пустыне мутантов.

Рафаэль, Донателло и Мира по-прежнему находятся в ловушке постоянных песчаных бурь во всей пустыне, но спасаются не кем иным, как Чомпи Пикассо, который вырос за годы своего существования на Земле. По пути им удается найти «Святого Анчоуса», который, по правде говоря, является пожилым худым Микеланджело. Он берет их к себе домой из пиццы, где ждет мороженое Китти. В то время как три Черепахи догоняют и пытаются принять потерю своего лидера и старшего брата Леонардо, на них всех атакует Верматор Рекс, который похищает Мира, но за ним следует по пятам рассерженный Рафаэль.

Угодив в Яму, Рафаэль побеждает лидеров банд и занимает их место. После чего, объединенные банды, под предводительством Рафаэля, и при поддержке Микеланджело, Миры и Чомпи, отправляются на поиски Оазиса. По пятам их преследует Максимус Конг - предводитель банд Пустошей, которым оказывается повторномутировавший и потерявший память Леонардо.

Когда Ренет возвращается, Черепашки, с помощью путешествий во времени, должны помочь ей остановить Саванти Ромеро, который хочет обрушить на Нью-Йорк армию мертвецов.

После событий предыдущего эпизода, Черепашки и Ренет отправляются в прошлое. Их цель - не допустить создание Саванти Ромеро армии зомби при помощи освобождения Дракулы из его гробницы.

Саванти Ромеро удаётся выпустить Дракулу, который, к тому же, кусает Рафа и превращает его в вампира-мутанта-черепаху. Пока Эйприл, Кейси и Караи все еще в настоящем сражаются с ордой ужасных существ, трое Черепашек и Ренет обращаются за помощью к молодому доктору Виктору Франкенштейну и его помощнику Игорю.

Пока Донни и Игорь помогают Виктору с его экспериментом, а остальная часть команды занимается зомби и новыми вампирами в Нью-Йорке, Лео ведет Майки и Ренет на опасную охоту, чтобы освободить и вылечить Рафа от зависимости Дракулы. Им нужно сделать это прежде, чем они вернутся домой в свое время, а город будет уничтожен эпидемией зомби.

Когда в измерении м/с 2012 появляются Шреддер и Кренг из 80-х, они привлекают на свою сторону Бибопа и Рокстеди, что дает возможность их планам осуществляться гораздо лучше.

Черепашкам приходится тренировать своих собратьев из 80-х годов, чтобы остановить наибольшую угрозу из всех, с чем они когда-либо сталкивались.

Черепашки заручаются поддержкой Мутанималов, чтобы остановить Бибопа и Рокстеди.