Tým se setkává s podivným mimozemským robotem Prchatroidem, který je vezme do vesmíru.

Když tým i jeho nepřátelé havarují na měsíci, musí všichni zapomenout na to, co je rozděluje.

Casey objeví hyperkrychli a vypustí bytost ze čtvrté dimenze: Wyrma.

Želvy se ocitnou na planetě čirého zla, Xaava-Dal.

Do Mikeyovi mysli vniknou vetřelci. Želvy je musí pronásledovat skrze jeho podvědomí.

Želvy padnou do zajetí a jsou vhozeny do Triceratoní arény.

Želvy musí získat důvěru Utromů a najít kus generátoru černé díry.

Želvy musí najít druhý kus generátoru v oblasti vesmíru, která se podobá oceánu.

Želvy se setkávají se svými protějšky z alternativní reality 80. let.

Donatello se cítí podřadně vůči Prchatroidovi. Jeho intelekt je vystaven zkoušce, když zaútočí Triceratoni.

Raphael ztrácí svého bojového ducha. Musí ale překonat své pocity, aby zachránil své bratry.

Bratři překonají několik překážek, aby získali poslední kus generátoru černé díry.

Tým se konečně dostane na Zemi. Prchatroid odhalí děsivé tajemství o své minulosti.

April dokončuje výcvik na Kunoichi a čelí novému nepříteli, zatímco želvy bojují se starými nepřáteli.

Když se Leo tajně spojí s Karai, dostane se do většího nebezpečí, než by ho kdy napadlo.

Tým čelí hmyzím poskokům Skockman-mouchy. Raphael musí překonat svůj strach z hmyzu.

Gang Dona Viziosa sleduje želvy a má spoustu zbraní proti mutantům.

Michelangelo se spřátelí se dvěma podivnými novými superhrdiny, Křídlákem a Šroubákem.

Želvy narazí na vyzývatele, kterého nemohou porazit: Super Trhače.

Želvy hledají ztraceného senseje a zjišťují, že i po nich někdo jde.

Starostlivý Donnie zkouší April a zjišťuje, že její psychické schopnosti nabývají na síle.

Raphael navazuje spojení s Chompym. Tokka přijíždí na Zemi a hledá Raphaela.

Po Tygřím Drápovi pátrá nový tajemný nepřítel s nadlidskou rychlostí.

Tříska vede želvy a Mocné Mutatvory, aby vysledovali a porazili jeho starého nepřítele.

Želvy, April a Casey vniknou do doupěte k Trhačovi, aby ho zastavili.