Gerade als Michelangelo kurz davor steht, das Zeitliche zu segnen, wird er von einigen Neuankömmlingen aus seiner verzwickten Lage gerettet. Splinter, der durch Mozars Nachricht an alle Welt von den Vorfällen Wind bekommen hat, ist am Ort des Geschehens eingetroffen, in Begleitung von April, den Mutanimals, Muckman und Mondo Gecko. Die Freunde stürzen sich nun gemeinsam auf die Triceratonier, doch selbst mit vereinten Kräften können sie weder gegen ihre außerirdischen Feinde noch gegen deren Schwarzlochgenerator, dessen Konstruktion viel zu stabil ist, etwas Ernsthaftes ausrichten.

Die Turtles sind des Nachts mit dem Shellraiser in den Straßen auf Patrouille, begleitet von April und Casey, denen sie von ihrem kürzlich zurückliegenden Konflikt mit Zog erzählen. Während der Fahrt aber bemerkt Donatello durch die Kameras ihres Fahrzeugs eine schwarze Limousine, die ihnen seit geraumer Zeit folgt... mit einem Kraang am Steuer! Dieser überholt sie und provoziert die Turtles dazu, ihm in eine Sackgasse zu folgen, wo er wie vom Erdboden verschluckt verschwindet. Dafür aber finden die Freunde eine an eine Wand geschriebene Nachricht, die sie zu einem mitternächtlichen Treffen in der Bayfront Street auffordert; als Unterschrift werden die Zeilen von einer Schachfigur - einem Läufer (im Englischen "bishop") - abgeschlossen.

Eines Abends begeben sich die Mutanimals in die New Yorker Kanäle, um einer geheimnisvollen Entdeckung ihres Freundes Kurtzman nachzugehen, der in den unterirdischen Tunneln einem "Dinosauriermann" begegnet ist. Auf ihrer Suche werden Slash und Dr. Rockwell jedoch völlig überraschend mit diesem "Dinosauriermann" - einem verwirrten, humanoiden Triceratops - konfrontiert und und trotz tapferer Gegenwehr besiegt.

Von einem Augenblick zum anderen erwacht Raphael aus einer Ohnmacht, ohne sich daran erinnern zu können, was mit ihm passiert ist. Er findet sich in einer vollkommen ausgangslosen Zelle wieder; keine Fenster, keine Türen - nur vier Öffnungen, die sich plötzlich in den Ziegelwänden öffnen und die Hitze eines Hochofens in seine Zelle einlassen, durch die er erneut das Bewusstsein verliert...

Zuhause in seinem Labor versucht Donatello mit dem kürzlich beschafften Gedankenkontrollwurm einige Experimente durchzuführen; doch seine Arbeit wird von Michelangelo erschwert, der ausgelassen im Raum herumtollt und jede Trophäe, welche sein Bruder im Labor zur Untersuchung aufbewahrt hat, in die Hände nimmt. Schließlich gehen Michelangelos Kapriolen Donatello derart auf die Nerven, dass er versucht, seinen Bruder zur Räson zu rufen; beim anschließenden Kleinunfall aber wird ein Reagenzglas mit Gehirnwurmserum angestoßen, und ein Tropfen der Substanz spritzt Donatello auf die Hand.

Im Genlabor im Schoße des Foot Clan-Hauptquartiers begibt sich der Shredder zur Zelle seiner "Tochter" Karai, welche nun regelmäßig mit den Gedankenkontrollwürmern versetzt werden muss, damit er weiterhin die Kontrolle über sie behält. Ohne sich seine eigene Missetat an ihr einzugestehen, schwört er weiterhin Rache an Splinter und den Turtles; und da er vermutet, dass seine Feinde bald wieder zuschlagen werden, lässt er die Sicherheitsmaßnahmen seines Domizils von Rocksteady und Bebop verschärfen.

When the Turtles are accidentally transported to the past, they happen to cross paths with a familiar ninja clan.

When the Turtles are whisked through time by apprentice Time Master Renet, they all must work together to defeat the evil Time Master Savanti Romero.

When Karai is brainwashed, she begins hunting the Turtles.

Michelangelo and Casey become friends with Mondo Gecko, a radical, skateboarding, reptilian teenager.

The Shredder kidnaps and experiments on the Mighty Mutanimals.

A new and unfamiliar mutant known as Muckman begins to gain notoriety as New York City's "Monster Hero."

Casey Jones thinks he can take on the criminal underworld on his own, but soon discovers that he is in over his head.

Während die Mighty Mutanimals das TCRI angreifen, versuchen die Turtles in der bizarren Welt der Dimension X, die versklavten Menschen von New York zu retten.

Leo traut Slash nicht über den Weg, der als Anführer eines neuen Teams auftaucht, das sich „Mighty Mutanimals“ nennt.

Donnie stellt neues Retro-Mutagen in der Hoffnung her, Karai retten zu können, aber dann stoßen die Turtles auf Shredders neue, brutale Gehilfen: Bebop und Rocksteady!

Als die Turtles Karai suchen, schlagen sie sich nicht nur mit Kraangdroiden herum, sondern auch mit Zeck und Steranko, die aus eigenen Motiven Jagd auf Karai machen.

Auf der Suche nach Splinter stellen die Turtles bei ihrer Rückkehr nach New York fest, dass es in der Stadt von Kraang nur so wimmelt.

Leo führt mit den Turtles im Wald ein Ninja-Ritual durch, bei dem sie ihre Schwächen überwinden und sich ihren größten Feinden stellen müssen.

Als Casey, Raph, Mikey und Donnie von einem neuen Mutanten gefangengenommen werden, müssen April und Leo ihre Schwächen überwinden, um sie zu retten.

Casey und Donnie werden beim Bau von Caseys neuem Hot Rod Freunde, als sie sich dem Speed Dämon, einem Hot Rod Mutanten, stellen müssen, der die Straßen terrorisiert.

Wesen, die sich durch Träume ernähren, fangen die Turtles in ihren eigenen Träumen, während April und Casey einen Weg finden müssen, ihre Freunde zu wecken.

Ein genervter Mikey läuft weg und freundet sich im Wald mit einem Mutanten-Frosch an, dessen Gang plant, die Welt der Menschen anzugreifen, was Mickey natürlich verhindern will.

In dem Kraang-Schiff, das unter Aprils Haus begraben liegt, findet das Team Aprils Mutter! Aber schon bald fragen sich alle außer April: Ist sie wirklich die Mutter, die sie zu sein scheint?

Die Turtles entdecken im Wald einen Bigfoot. Donnie freundet sich mit ihm an und besteht darauf, dass sie ihn vor einem Jäger schützen, der hinter ihm her ist.

Das Team befürchtet, dass Leo vielleicht nicht gesund wird, und dann kommt es sogar noch schlimmer: Ein neuer Mutant bringt Raph in seine Gewalt!