Después de los acontecimientos de la invasión, Casey, Abril, y las Tortugas, toman como refugio la casa de verano de Abril. Las Tortugas luchan con la ausencia de Splinter y la posibilidad de que Leo no se recupere, a la vez que son acechados por una misteriosa criatura.

Donatello descubre una criatura similar a Pie grande, con quien traba amistad. Este monstruo es perseguido por un cazador, por lo que Donnie convence a los demás de protegerlo.

Las Tortugas descubren una nave Kraang, debajo de casa de Abril, allí Abril descubre a su madre perdida. Pero esta señora levanta las sospechas de Miguel Ángel, quién cree que ella oculta algo.

Cuando Mikey se ofende, él decide huir de su hogar, y en el proceso, traba amistad con una rana de mutante en los bosques. Pero termina por descubrir que la rana y su familia tienen proyectos infames.

Criaturas que se alimentan de sueños, atrapan las Tortugas dentro de sus propios sueños. Ahora Abril y Casey deben encontrar un modo de despertarlos.

Casey y Donatello crean un vínculo trabajando el vehículo de Casey. Pero su amistad se ve desafiada por un mutante de las carreras de autos.

Cuando Casey, Rafa, Mikey y Donnie son capturados por un nuevo mutante, Abril y Leo deben superar sus dificultades para salvarlos.

Leo lleva a las Tortugas para entrenar en el bosque en un avanzado ritual ninja; las Tortugas debe superar sus debilidades y enfrentarse a sus enemigos para convertirse en verdaderos ninja.

Cuando las Tortugas regresan a Nueva York para buscar a Splinter, descubren que la ciudad ha caído en ruinas tras la invasión de la Kraang.

Durante la búsqueda de las Tortugas para encontrar a Karai, ellos se ven obligados a hacer frente a una ciudad llena de Kraangdroides así como también a Anton Zeck e Iván Steranko.

Donnie termina un nuevo lote de retromutágeno con la esperanza de salvar Karai; pero entonces las tortugas son cazadas por los nuevos secuaces de Destructor, Bebop y Rocksteady.

Leo desconfía de Slash cuando este aparece como líder de un equipo llamado los Poderosos Mutanimales; las Tortugas deberán enfrentarse al extraño mundo de Dimensión X para salvar al pueblo esclavizado de Nueva York.

Casey Jones cree que puede enfrentar el mundo criminal por su cuenta, pero pronto descubre que esa idea sólo está en su cabeza.

Mientras la ciudad de Nueva York está tratando de recuperarse tras los anteriores acontecimientos, un nuevo mutante comienza a hacerse conocido; un tal MuckMan o como el prefiere llamarse "un héroe monstruoso".

El Peligro acecha a los Poderosos Mutanimales, ya que Destructor y sus secuaces, han logrado secuestrar a estos mutantes con fines experimentales.

Miguel Ángel y Casey se hacen amigos de un reptil adolescente que es un gran patinador, un mutante conocido como Mondo Gecko.

Cuando la mente de Karai es controlada, ella se lanza en la cacería contra las Tortugas.

Cuando las tortugas son llevados a través del tiempo por la aprendiz del maestro del Tiempo, Renet, todos deben trabajar juntos para derrotar al malvado Maestro Savanti Romero.

Transportados accidentalmente al pasado, las Tortugas se cruzan con un clan ninja familiar.

Leonardo decide colarse en la guarida de Destructor por su cuenta, y termina frente a la mayor amenaza mutante conocida.

Tras sufrir un accidente, Donnie termina perdiendo poco a poco su inteligencia.

Las Tortugas son atraídas por un un enemigo desconocido hacia trampas mortales.

Rafael se hace amigo de Zog, un alien Triceraton que encontró en las alcantarillas, y que se declara enemigo del Kraang.

Cuando las Tortugas se enteran del regreso del Kraang, se dan cuenta de que una amenaza aún más grande viene a la Tierra.

Cuando las Tortugas se enteran del regreso del Kraang, se dan cuenta de que una amenaza aún más grande viene a la Tierra.