Las Tortugas descubren que Kraang sobrevivió al enfrentamiento anterior y ahora han caído botes de Mutágeno en todo Nueva York. Los hermanos deben recuperar los botes antes de que haya más mutantes en el mundo.

La guarida de las tortugas es invadida por ardillas mutantes, las "Ardillanoides".

Las tortugas se enfrentan a un ejército de soldados del pie robot; Karai captura a Leonardo y lo obliga a luchar con ninjas que pueden adaptarse a todos sus movimientos.

Donatello experimenta con Mutágeno en un intento de encontrar una cura para Kirbilago. Pero uno de sus experimentos va mal y Timothy huye hacia la ciudad en busca de Abril.

Miguel Ángel juega con el retromutágeno de Donatello, y contrae una infección peligrosa que muta fuera de control.

Abril intenta reanudar su vida normal, pero se da cuenta de hay cosas que pueden salirse de control, sobre todo cuando Karai envía una poderosa arma a destruirla.

Donnie y Mikey son cazados por una tortuga mutante llamada Slash (que es la tortuga mascota de Rafa, Spike), que tiene una venganza personal contra los hermanos de Rafa, después de escuchar lo mucho que Rafa se queja de ellos.

Rafael conoce a un nuevo rival Casey Jones. Pero cuando las cosas se complican en la alcantarilla, Rafa y Casey deben dejar su enojo por los demás para derrotar a un enemigo en común.

Abril se siente excluida de las misiones ninja, e insiste en unirse a las Tortugas en una misión en el TCRI; El secreto de los Kraang y del pasado de Abril se revelan...

Un hongo mutante se crea en las alcantarillas provocando que Abril, Casey, y las tortugas vean sus peores temores; Leo tiene que enfrentarse a su mayor temor...perder a su equipo.

Después de que Donnie actualiza la inteligencia artificial de Cabeza Metálica, debe decidir si puede confiar en un Cabeza Metálica sensible.

Cuando el Rey Rata regresa, Splinter tiene que superar sus miedos para derrotarlo. Mikey se ocupa del nuevo gato mutante de Abril llamado Gatito Helado.

Terremotos en la ciudad, Leo considera pedir ayuda a Splinter mientras que se enfrenta a la nueva arma de Destructor, Garra de Tigre; Donnie debe dejar a un lado su pequeña rivalidad con Casey para descubrir el complot de los Kraang.

Terremotos en la ciudad, Leo considera pedir ayuda a Splinter mientras que se enfrenta a la nueva arma de Destructor, Garra de Tigre; Donnie debe dejar a un lado su pequeña rivalidad con Casey para descubrir el complot de los Kraang.

Las Tortugas tratan de relajarse jugando un juego de roles, pero el juego se convierte en algo más que un simple juego.

Las Tortugas se sienten culpables por convertir al padre de Abril en un murciélago de mutante, entonces Donnie perfecciona un retro-mutageno para ayudarlo. Lamentablemente las cosas empeoran cuando Baxter Stockman, que ahora se ha convertido en una mosca mutante, amenaza con mutar a Abril.

Rafael está preocupado sobre 'la inhabilidad' de Casey para manejar amenazas mutantes grandes; Rafael y Casey cruzan los caminos. Y Slash tiene un nuevo compañero.

Mikey lucha para convencer los demás que un nuevo mutante, captura las mentes de los ciudadanos usando Pizzas vivientes.

Mientras Leo trata de convencer el equipo de rescatar a Karai, el casco de la Destructor es robado por un maestro del crimen.

Rafael rompe una máquina del Kraang, que lo hace cambiar de mentes con uno de esos seres. Ahora, Rafa debe encontrar un modo de convencer a sus hermanos y a Splinter de que realmente es él; y a la vez sus hermanos deben hallar el modo de volver todo a la normalidad.

Leonardo organiza un rescate para Karai en contra de los deseos de Splinter. Sin embargo, Karai busca la venganza sobre Destructor, lo que termina por poner en peligro a cada uno.

Donnie se vuelve cada vez más celoso de la relación de Casey con Abril; pero cuando Abril es secuestrada por un malvado espíritu, Donnie y Casey deben ponerse de acuerdo para salvarla.

Mikey queda atrapado en la Dimensión X cuando él trataba de ir a salvar a Cabeza de Piel, sus hermanos van a su rescate, pero al encontrarlo ellos descubren que su hermanito ha cambiado mucho.

Después de que Leonardo y Donatello discrepan sobre la misión para detener la invasión Kraang, Leonardo comete un error y se separa de sus hermanos, forzando a Donnie a tomar el papel de líder.

Después de que Leonardo y Donatello discrepan sobre la misión para detener la invasión Kraang, Leonardo comete un error y se separa de sus hermanos, forzando a Donnie a tomar el papel de líder.