ספלינטר מספר שוב לצבים איך הם הפכו למשפחה לפני חמש עשרה שנים. הוא מסכים לתת לצבים לעלות למעלה בפעם הראשונה.

הצבים מחליטים לנסות להציל את אפריל ואת אבא שלה שנחטפו.

הצבים קיבלו מידע שהקראנג עומדים לפרוץ למעבדה. כאשר הם מופיעים, ויק מצלם וידאו של הצבים נלחמים בהם בטלפון והצבים צריכים להשמיד אותו.

מיכלאנג'לו רוצה שיהיה לו חבר אנושי. הוא מחליט להתחבר עם קריס בראדפורד, אך מתברר שהוא נשלח על ידי שרדר ורק מעמיד פני חבר כדי להגיע לספלינטר.

ספלינטר מעניש את הצבים על שגלשו במאורה. הם יוצאים החוצה אף שהם בעונש ונתקלים באדם מוזר בעל שריון, שמתחזק לאחר שהוא משיג את ה"טי-פוד", נגן המוזיקה שדונטלו הכין משבב מיוחד שמצא.

דונטלו בונה רובוט שילחם במקומו. הוא שולח את הרובוט להלחם עם שאר הצבים כשהוא נשאר בבית ושולט בו משם. העניינים מסתבכים כשקראנג משתלט על הרובוט ודונטלו נאלץ לצאת לעזרתם.

דוקטור טיילר רוקוול מדווח כנעדר. אפריל חושבת שאולי יש קשר בין המקרה הזה לחטיפה של אבא שלה, כיוון ששוב מדובר במדען. אפריל ודונטלו יוצאים לחקור את העניין.

אפריל לוקחת את הצבים למסעדת הנודלס של מוראקאמי. הצבים מצילים את מוראקאמי מבריונים שתוקפים אותו ואחר כך נאלצים להתמודד גם מול בראדפורד וזבר.

אפריל מותקפת על ידי מוטציה של יונה. צבי הנינג'ה נחלצים לעזרתה ומגלים שליונה היו מטרות אחרות.

סנסיי מתיש את הצבים באימונים מפרכים. שרדר ונתיניו זוממים תכנית מרושעת נגד הצבים.

כנופיית הדרקונים הסגולים גונבת לאפריל את הטלפון. הצבים שיוצאים למשימה כדי להשיבו נתקלים באויב בלתי צפוי.

צבי הנינג'ה נתקלים במוטציה חדשה שנלחמת בקראנג. מאוחר יותר הם מגלים כי למוטציה יש משהו ששייך לקראנג.

צבי הנינג'ה נתקלים באויב חדש, מוטציית צמח. רפאל קורא תיגר על מנהיגותו של לאונרדו. לאונרדו מכיר בחורה חדשה.

צבי הנינג'ה נתקלים באויב חדש, "מלך החולדות", שכשמו כן הוא שולט בכל חולדות העיר ניו-יורק. יחד הם יוצאים להילחם בו ולעזור למאסטר ספלינטר בצרה שאליה נקלע.

מאסטר שרדר ממשיך בניסיונותיו לחסל את הצבים. אפריל נתקלת באויבת בלתי צפויה, גברת זקנה, וקוראת לצבים לעזרתה. לאונרדו נתקל באויבת/ידידה מן העבר.

בזמן שהם מוציאים את השריונית לנסיעת מבחן, הצבים פוגשים את המעריץ הראשון שלהם, נער מתבגר מחופש כדי להילחם בפשע, "הכותש". בקסטר סטוקמן מכין זוג רגליים קיברנטיות לפרצוף-דג באמצעות הטכנולוגיה של קרנג.

בזמן שהם פורצים לסביבה העוינת של מטה טי-סי-אר-איי לאחר שראש-עור מסר להם את מיקומו, הצבים מגלים את כוונתם האמתית של קראנג: לפתוח את השער לממד איקס ולפתוח בפלישה המונית.

שעה שהם מנסים לסכל את מזימתם של קרנג לקדוח אל תוך ליבת כדור הארץ, המקק המרגל של דונטלו עובר מוטציה בטעות. כשהצבים מוצאים אותו, הם מגלים שהמקק-גל סימן את רפאל, שלמרבה האירוניה, מפחד ממקקים.

בעקבות קרב בין הצבים, שבט הרגל והקרנג, בקסטר סטוקמן משכנע את שרדר לאפשר לו להשתמש בתכנית חסינת תקלות. כוונתו האמתית כוללת נקמה בצבים , במכלאת כלבים ובפרצוף-דג על-ידי כך שימשוך את כולם למבוך קטלני.

כשמזימת הפלישה של קראנג מאיימת להשמיד את הצבים ולהעמיד את העולם כולו בסכנה, קאריי מציעה לצבים לכרות איתה ברית. לאחר שמסרבים לעצתה של קאריי, הצבים מחליטים בסופו של דבר שזה רעיון טוב לאחד איתה כוחות.

קאריי תוקפת את אפריל, אך הצבים לא יכולים להגיע לעזרתה, והיא נאלצת להתמודד מולה לבד.

המכסח חוזר ומתברר שהוא עובד עם חיל רגלים. הוא מתנדב להפוך למוטציה כי הוא רוצה להיות כמו הצבים.

הצבים בודקים מה זוממים הקראנג ונתקלים בביצה של יצור מוטנטי שמסבך אותם.

אפריל מקבלת מסר סודי מאביה. דוני, שמנסה למצוא חן בעיני אפריל, מפענח את ההודעה ויוצא למשימת יחיד להציל אותו.

הצבים מגלים שהקראנג עומדים להתחיל בשלב הסופי של התוכנית שלהם ויוצאים לנסות לעצור אותם ולהציל את העולם.

פרק אחרון לעונה. הצבים מגלים שאפריל נחטפה וספלינטר מתמודד מול שרדר. הם יוצאים להשיב את אפריל ולעצור את פלישת הקראנג לכדור הארץ.