Quando Splinter permette ai suoi figli adolescenti, le Tartarughe Ninja, di visitare la superficie per la prima volta, scoprono che il mondo di superficie non è così semplice come sembra.

Durante uno scontro con i Kraang, Raph perde le staffe quando viene insultato da un caustico newyorkese di nome Vic che riprende le tartarughe e minaccia di esporle al mondo.

Per dimostrare che le tartarughe possono essere amiche degli umani, Michelangelo usa un sito di social network per fare amicizia con Chris Bradford, un famoso artista marziale che è segretamente il miglior luogotenente di Shredder.

Quando le Tartarughe escono di soppiatto contro gli ordini del Maestro Splinter, combattono Baxter Stockman, un frenetico ex inventore del TCRI che indossa un'armatura da battaglia meccanica.

Stanco di usare un semplice Bo per combattere l'avanzato Kraang, Donatello crea Metalhead, un robot telecomandato, per combattere al suo posto.

Quando Donatello e April iniziano a indagare sulla scomparsa di uno scienziato, scoprono invece la cospirazione di una bizzarra scimmia psichica.

Leonardo teme che il suo atto di pietà sia tornato a perseguitarlo quando Xever tiene in ostaggio il proprietario di un negozio di noodle locale.

Dopo che April riceve un avvertimento da suo padre imprigionato, lei e le Tartarughe intraprendono una missione per salvarlo e impedire ai Kraang di far esplodere una bomba mutagena in città.

Le tartarughe devono difendere la loro casa nelle fogne quando gli scagnozzi di Shredder cercano di distruggerla con una pericolosa sostanza chimica.

Quando le minacce simultanee dei Purple Dragons e dei Mouser meccanici di Baxter Stockman costringono le Tartarughe a dividersi in due gruppi, Michelangelo e Donatello cercano di dimostrare che la loro "Squadra B" è preziosa quanto la "Squadra A" di Raffaello e Leonardo.

Michelangelo fa amicizia con un alligatore mutante, Leatherhead, che possiede uno strano pezzo di tecnologia Kraang.

Le Tartarughe devono combattere un nuovo nemico che minaccia di impadronirsi della città e della mente di Splinter.

Leonardo, stanco delle continue critiche di Raffaello, lascia che il fratello si cimenti per un po' al comando della squadra. Nel frattempo, Leonardo incontra una bella e pericolosa ninja che cerca di attirare Leonardo verso il lato oscuro.

Le tartarughe ottengono il loro primo assaggio di scuola superiore quando il progetto scolastico di April attira l'attenzione di Kraang.

Le Tartarughe incontrano il loro primo fanboy quando un aspirante eroe adolescente decide di combattere il crimine e travestirsi da "Il Polverizzatore".

Irrompendo nell'ambiente ostile del quartier generale della T.C.R.I, le Tartarughe scoprono il vero intento dei Kraang e decidono di fermare l'invasione dei Kraang una volta per tutte.

Mentre le tartarughe cercano di sventare un complotto per l'invasione dei Kraang, vengono cacciate da uno scarafaggio gigante e indistruttibile.

Stufo di essere umiliato da Fishface e Dogpound e sconfitto dalle Tartarughe, Baxter Stockman cerca vendetta attirando entrambe le parti in un labirinto mortale.

Dopo aver visto i Kraang in azione, Karai si rende conto della gravità della minaccia aliena e si avvicina alle Tartarughe per proporre un'alleanza.

Mentre le tartarughe si stanno infiltrando in una base sottomarina Kraang, il clan del piede tenta di catturare April, costringendola a difendersi da sola in una battaglia di ingegno contro Karai.

Quando Shredder progetta di creare un temibile esercito di mutanti, le tartarughe non hanno altra scelta che fare affidamento sull'aiuto del nuovo membro del clan del piede: il polverizzatore!

Michelangelo deve combattere i suoi fratelli quando cadono sotto il controllo di una vespa parassita.

Donatello irrompe in un centro di detenzione segreto dei Kraang per salvare Kirby O'Neil, ma finisce intrappolato all'interno con un prigioniero mortale noto come Newtralizer.

Le Tartarughe si impegnano in una battaglia molto difficile mentre attaccano disperatamente l'edificio del T.C.R.I.. La loro missione consiste nell'abbattere il portale Kraang e salvare il mondo....

Le Tartarughe si impegnano in una battaglia molto difficile mentre attaccano disperatamente l'edificio del T.C.R.I.. La loro missione consiste nell'abbattere il portale Kraang e salvare il mondo....