Splinter giver ninja-skildpadderne lov til at besøge overfladen for første gang. Her prøver de at redde en pige fra nogle banditter, men finder hurtigt ud af, de ikke kan finde ud af at kæmpe sammen som team.

Padderne opdager at April og hendes far er taget til fange af Kraang'erne - en ond rumrace forklædt i menneskelignende androidekroppe. Kan padderne infiltrere fjendens gemmested og lære at kæmpe sammen som et team?

Raphael mister besindelsen, da en ubehøvlet newyorker optager en video af padderne, der kæmper imod en flok Kranng'er. Padderne må have fat i optagelsen, inden den falder i de forkerte hænder.

Michelangelo vil gerne bevise at ninjaskildpadder godt kan være venner med mennesker, så han finder en menneskeven via et socialt netværks-site. Men er denne ven til at stole på?

Da Padderne sniger sig væk imod Splinters ønske møder de Baxter Stockman, en sindsforvirret opfinder iført en mekanisk kamprustning.

I frustration over at skulle bruge sin enkle bo-stav til at kæmpe mod de tekonologisk avancerede Kraang'er bygger Donatello Stålfjæs, en fjernstyret robotpadde der kan kæmpe i stedet for ham.

Donatello og April undersøger en forskers forsvinden men opdager i stedet en sammensværgelse der drejer sig om en bizar synsk abe.

Leo frygter at hans medlidenhedshandling giver tilbageslag da Xever holder en lokal nuddelbutik-indehaver som gidsel

April får en meddelelsefra sin far, der sidder i fængsel, og hun og skildpadderne tager ud på en mission for at redde ham og stoppe Kraang'erne fra at detonere en mutagen-bombe i byen.

Michelangelo bliver venner med en uligevægtig mutantalligator, der er i besiddelse af et mærkværdige stykke Kraang-teknologi. Kan man stole på ham?

Adskillige trusler tvinger padderne til at opdele sig i to grupper. Donnie og Mikey må bevise, at deres B-hold er lige så værdifuldt som Leo og Raphs A-hold.

Michelangelo bliver venner med en uligevægtig mutantalligator, der er i besiddelse af et mærkværdige stykke Kraang-teknologi. Kan man stole på ham?

Padderne står ansigt til ansigt med en ny fjende, The Rat King, der truer med ikke bare at tage kontrol over byen, men også over Splinters sind.

Leo er træt af Raphs konstante kritik, så han lader sin bror prøve at få kommandoen. Samtidig møder Leonardo en smuk, men farlig kvindelig ninja.

Aprils skoleprojekt tiltrækker Kraang'ernes opmærksomhed, så nu må padderne på skolebænken.

Padderne kommer i knibe, da en teenage wannabe-helt, "Pulverizer", forsøger at bekæmpe kriminalitet sammen med dem.

Padderne bryder ind i TCRI-hovedkvateret og opdager, hvad Kraang'ernes egentlig mission er.

Under forsøget på at forpurre en Kraand-invasionsplan bliver padderne pludselig forfulgt af en enorm, usårlig kakerlak.

Baxter Stockman er træt af at blive ydmyget af Fishface og Dogpound og besejret af padderne, så han tilrettelægger den ultimative hævn.

Efter at have set Kraang'erne i aktion opsøger Karai padderne for at foreslå en alliance. Men kan de stole på hende?

Shredder planlægger at skabe en frygtindgydende hær af mutanter, og padderne må sætte deres lid til en gammel fan.

Leonardo, Raphael og Donatello bliver hjernevasket af en parasithveps, og nu er det op til Michelangelo at redde sine brødre.

Donatello bryder ind på et hemmeligt Kraang-forvaringscenter for at redde Kirby O'Neill. Men da han opdager, de er spærret inde med en drabelig mutantfange, indser han, at den letteste del af missionen var at bryde ind.

Padderne indleder et desperat angreb på TCRI for at lukke en rumportal, men opdager, de har indladt sig på deres sværeste kamp til dato.

Padderne indleder et desperat angreb på TCRI for at lukke en rumportal, men opdager, de har indladt sig på deres sværeste kamp til dato.